Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL9A3Q14050 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL9A3Q14050 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL9A3Q14050 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL9A3Q14050 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL9A3Q14050 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL9A3Q14050 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL9A3Q14050 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL9A3Q14050 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL9A3Q14050 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL9A3Q14050 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL9A3Q14050 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL9A3Q14050 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL9A3Q14050 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL9A3Q14050 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.12
COL9A3Q14050 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL9A3Q14050 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL9A3Q14050 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL9A3Q14050 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL9A3Q14050 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL9A3Q14050 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL9A3Q14050 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
COL9A3Q14050 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL9A3Q14050 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL9A3Q14050 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL9A3Q14050 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL9A3Q14050 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL9A3Q14050 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL9A3Q14050 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL9A3Q14050 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL9A3Q14050 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL9A3Q14050 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL9A3Q14050 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
COL9A3Q14050 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL9A3Q14050 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL9A3Q14050 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL9A3Q14050 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL9A3Q14050 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL9A3Q14050 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL9A3Q14050 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL9A3Q14050 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL9A3Q14050 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL9A3Q14050 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL9A3Q14050 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL9A3Q14050 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL9A3Q14050 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL9A3Q14050 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL9A3Q14050 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL9A3Q14050 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
COL9A3Q14050 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL9A3Q14050 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
COL9A3Q14050 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL9A3Q14050 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL9A3Q14050 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL9A3Q14050 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
COL9A3Q14050 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL9A3Q14050 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
COL9A3Q14050 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL9A3Q14050 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL9A3Q14050 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL9A3Q14050 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL9A3Q14050 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL9A3Q14050 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL9A3Q14050 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL9A3Q14050 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL9A3Q14050 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL9A3Q14050 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
COL9A3Q14050 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL9A3Q14050 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
COL9A3Q14050 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL9A3Q14050 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL9A3Q14050 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL9A3Q14050 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL9A3Q14050 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL9A3Q14050 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL9A3Q14050 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL9A3Q14050 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
COL9A3Q14050 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
COL9A3Q14050 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
COL9A3Q14050 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
COL9A3Q14050 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
COL9A3Q14050 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
COL9A3Q14050 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC28.21■■■□□ 2.11
COL9A3Q14050 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC28.2■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC28.2■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC28.18■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC28.18■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
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