Protein–RNA interactions for Protein: P55072

VCP, Transitional endoplasmic reticulum ATPase, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 806 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VCPP55072 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
VCPP55072 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VCPP55072 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VCPP55072 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
VCPP55072 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VCPP55072 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
VCPP55072 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VCPP55072 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
VCPP55072 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
VCPP55072 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
VCPP55072 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
VCPP55072 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
VCPP55072 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
VCPP55072 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
VCPP55072 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
VCPP55072 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
VCPP55072 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
VCPP55072 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
VCPP55072 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
VCPP55072 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
VCPP55072 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
VCPP55072 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
VCPP55072 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
VCPP55072 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
VCPP55072 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
VCPP55072 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
VCPP55072 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
VCPP55072 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
VCPP55072 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
VCPP55072 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
VCPP55072 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
VCPP55072 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
VCPP55072 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
VCPP55072 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
VCPP55072 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
VCPP55072 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC25.48■■□□□ 1.67
VCPP55072 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
VCPP55072 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
VCPP55072 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
VCPP55072 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
VCPP55072 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
VCPP55072 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
VCPP55072 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
VCPP55072 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
VCPP55072 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VCPP55072 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VCPP55072 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
VCPP55072 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VCPP55072 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
VCPP55072 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.67
VCPP55072 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
VCPP55072 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
VCPP55072 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
VCPP55072 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
VCPP55072 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
VCPP55072 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
VCPP55072 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
VCPP55072 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC25.45■■□□□ 1.66
VCPP55072 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
VCPP55072 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
VCPP55072 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VCPP55072 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
VCPP55072 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
VCPP55072 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
VCPP55072 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VCPP55072 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VCPP55072 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VCPP55072 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VCPP55072 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VCPP55072 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VCPP55072 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
VCPP55072 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VCPP55072 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VCPP55072 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
VCPP55072 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VCPP55072 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
VCPP55072 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
VCPP55072 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
VCPP55072 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC25.41■■□□□ 1.66
VCPP55072 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
VCPP55072 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
VCPP55072 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
VCPP55072 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
VCPP55072 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
VCPP55072 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC25.4■■□□□ 1.66
VCPP55072 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
VCPP55072 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
VCPP55072 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
VCPP55072 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
VCPP55072 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
VCPP55072 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
VCPP55072 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
VCPP55072 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
VCPP55072 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
VCPP55072 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
VCPP55072 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
VCPP55072 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
VCPP55072 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VCPP55072 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VCPP55072 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.2 ms