Protein–RNA interactions for Protein: P17096

HMGA1, High mobility group protein HMG-I/HMG-Y, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 107 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGA1P17096 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
HMGA1P17096 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC25.1■■□□□ 1.61
HMGA1P17096 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
HMGA1P17096 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
HMGA1P17096 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
HMGA1P17096 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
HMGA1P17096 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
HMGA1P17096 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
HMGA1P17096 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
HMGA1P17096 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
HMGA1P17096 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.6
HMGA1P17096 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC25.07■■□□□ 1.6
HMGA1P17096 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
HMGA1P17096 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC25.07■■□□□ 1.6
HMGA1P17096 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
HMGA1P17096 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
HMGA1P17096 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
HMGA1P17096 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
HMGA1P17096 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
HMGA1P17096 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
HMGA1P17096 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
HMGA1P17096 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
HMGA1P17096 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
HMGA1P17096 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
HMGA1P17096 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
HMGA1P17096 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
HMGA1P17096 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
HMGA1P17096 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
HMGA1P17096 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
HMGA1P17096 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
HMGA1P17096 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
HMGA1P17096 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
HMGA1P17096 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
HMGA1P17096 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
HMGA1P17096 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC25.03■■□□□ 1.6
HMGA1P17096 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
HMGA1P17096 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
HMGA1P17096 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
HMGA1P17096 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
HMGA1P17096 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
HMGA1P17096 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
HMGA1P17096 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
HMGA1P17096 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
HMGA1P17096 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC25.01■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.98■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC24.98■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
HMGA1P17096 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
HMGA1P17096 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
HMGA1P17096 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
HMGA1P17096 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
HMGA1P17096 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
HMGA1P17096 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
HMGA1P17096 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
HMGA1P17096 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
HMGA1P17096 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
HMGA1P17096 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
HMGA1P17096 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
HMGA1P17096 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.2 ms