Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 ZNF585A-202ENST00000356958 6822 ntTSL 2 BASIC8.77□□□□□ -1.012e-11■■■■■ 213.9
SF3B1O75533 STX17-210ENST00000531035 568 ntTSL 48.34□□□□□ -1.072e-11■■■■■ 213.9
SF3B1O75533 DHX32-202ENST00000368721 2389 ntTSL 1 (best) BASIC8.32□□□□□ -1.082e-11■■■■■ 213.9
SF3B1O75533 ST6GAL1-213ENST00000448449 1055 ntTSL 58.16□□□□□ -1.12e-11■■■■■ 213.9
SF3B1O75533 ERAP1-202ENST00000443439 4805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.06□□□□□ -1.122e-11■■■■■ 213.9
SF3B1O75533 CCDC125-206ENST00000512045 3926 ntTSL 57.89□□□□□ -1.152e-11■■■■■ 213.9
SF3B1O75533 CCDC125-201ENST00000383374 2006 ntTSL 5 BASIC7.39□□□□□ -1.232e-11■■■■■ 213.9
SF3B1O75533 ZNF585A-201ENST00000292841 8618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.3□□□□□ -1.242e-11■■■■■ 213.9
SF3B1O75533 ATP6V0E1-202ENST00000517669 502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.28□□□□□ -1.242e-11■■■■■ 213.9
SF3B1O75533 ATP6V0E1-201ENST00000265093 773 ntTSL 2 BASIC7.27□□□□□ -1.252e-11■■■■■ 213.9
SF3B1O75533 CCDC125-203ENST00000396499 3615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.08□□□□□ -1.282e-11■■■■■ 213.9
SF3B1O75533 C15orf41-207ENST00000565792 1855 ntTSL 1 (best)6.82□□□□□ -1.322e-11■■■■■ 213.9
SF3B1O75533 CCDC125-202ENST00000396496 4198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC6.6□□□□□ -1.352e-11■■■■■ 213.9
SF3B1O75533 C15orf41-201ENST00000338183 2578 ntTSL 5 BASIC6.14□□□□□ -1.432e-11■■■■■ 213.9
SF3B1O75533 DHX32-201ENST00000284690 3070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.95□□□□□ -1.462e-11■■■■■ 213.9
SF3B1O75533 ST6GAL1-209ENST00000442023 570 ntTSL 45.65□□□□□ -1.512e-11■■■■■ 213.9
SF3B1O75533 AC138409.2-201ENST00000514048 5001 ntTSL 5 BASIC5.6□□□□□ -1.512e-11■■■■■ 213.9
SF3B1O75533 C15orf41-205ENST00000563167 772 ntTSL 3 BASIC5.45□□□□□ -1.542e-11■■■■■ 213.9
SF3B1O75533 AC018816.1-201ENST00000465436 330 ntTSL 24.72□□□□□ -1.652e-11■■■■■ 213.9
SF3B1O75533 C15orf41-203ENST00000562489 715 ntTSL 2 BASIC4.56□□□□□ -1.682e-11■■■■■ 213.9
SF3B1O75533 C15orf41-209ENST00000566677 5843 ntTSL 24.43□□□□□ -1.72e-11■■■■■ 213.9
SF3B1O75533 AC018816.1-202ENST00000449914 390 ntTSL 33.79□□□□□ -1.82e-11■■■■■ 213.9
SF3B1O75533 MED12-204ENST00000429213 389 ntTSL 53.73□□□□□ -1.812e-11■■■■■ 213.9
SF3B1O75533 STX17-204ENST00000525579 342 ntTSL 53.39□□□□□ -1.872e-11■■■■■ 213.9
SF3B1O75533 C15orf41-211ENST00000566932 532 ntTSL 42.9□□□□□ -1.952e-11■■■■■ 213.9
SF3B1O75533 AC018816.1-203ENST00000441894 338 ntTSL 3 BASIC2.01□□□□□ -2.092e-11■■■■■ 213.9
SF3B1O75533 UBE3A-212ENST00000626589 394 ntTSL 51.91□□□□□ -2.12e-11■■■■■ 213.9
SF3B1O75533 IK-201ENST00000417647 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.34□□□□□ -0.753e-6■■■■■ 213.7
SF3B1O75533 IK-209ENST00000515592 1964 ntTSL 26.32□□□□□ -1.43e-6■■■■■ 213.7
SF3B1O75533 ARAP1-203ENST00000393605 4778 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.022e-6■■■■■ 213.6
SF3B1O75533 RHBDF1-208ENST00000482904 556 ntTSL 325.8■■□□□ 1.722e-19■■■■■ 211.1
SF3B1O75533 PTDSS2-210ENST00000530087 596 ntTSL 210.83□□□□□ -0.685e-11■■■■■ 210.3
SF3B1O75533 PLXNA1-201ENST00000393409 9066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.261e-6■■■■■ 209.8
SF3B1O75533 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.028e-8■■■■■ 209.6
SF3B1O75533 FOXK2-202ENST00000473637 3462 ntTSL 1 (best)20.23■□□□□ 0.838e-8■■■■■ 209.6
SF3B1O75533 H2AFY-208ENST00000506218 758 ntTSL 326.52■■□□□ 1.844e-6■■■■■ 208.6
SF3B1O75533 H2AFY-212ENST00000508120 536 ntTSL 324.99■■□□□ 1.594e-6■■■■■ 208.6
SF3B1O75533 H2AFY-213ENST00000508785 966 ntTSL 217.33■□□□□ 0.364e-6■■■■■ 208.6
SF3B1O75533 HDDC2-209ENST00000609477 564 ntTSL 415.56■□□□□ 0.084e-6■■■■■ 208.6
SF3B1O75533 RANGAP1-205ENST00000446258 759 ntTSL 314.64□□□□□ -0.074e-6■■■■■ 208.6
SF3B1O75533 H2AFY-209ENST00000506532 677 ntTSL 214.56□□□□□ -0.084e-6■■■■■ 208.6
SF3B1O75533 H2AFY-214ENST00000508962 293 ntTSL 313.14□□□□□ -0.314e-6■■■■■ 208.6
SF3B1O75533 UBAC2-208ENST00000473194 861 ntTSL 1 (best)9.74□□□□□ -0.854e-6■■■■■ 208.6
SF3B1O75533 UBAC2-210ENST00000480738 1017 ntTSL 1 (best)9.44□□□□□ -0.94e-6■■■■■ 208.6
SF3B1O75533 MYO9B-207ENST00000595641 6215 ntTSL 513.26□□□□□ -0.293e-6■■■■■ 208.2
SF3B1O75533 MYO9B-201ENST00000397274 7532 ntTSL 5 BASIC12.83□□□□□ -0.363e-6■■■■■ 208.2
SF3B1O75533 POLK-203ENST00000503479 2482 ntTSL 29.52□□□□□ -0.892e-6■■■■■ 207.2
SF3B1O75533 POLK-208ENST00000506928 3820 ntTSL 54.4□□□□□ -1.712e-6■■■■■ 207.2
SF3B1O75533 POLK-201ENST00000241436 5911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.16□□□□□ -1.742e-6■■■■■ 207.2
SF3B1O75533 POLK-213ENST00000510815 2677 ntTSL 23.96□□□□□ -1.782e-6■■■■■ 207.2
SF3B1O75533 AMPD3-203ENST00000396554 3806 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.061e-7■■■■■ 207
SF3B1O75533 AMPD3-218ENST00000534047 2376 ntTSL 1 (best)14.22□□□□□ -0.131e-7■■■■■ 207
SF3B1O75533 AMPD3-211ENST00000529834 2248 ntTSL 212.25□□□□□ -0.451e-7■■■■■ 207
SF3B1O75533 AMPD3-208ENST00000528723 2753 ntTSL 2 BASIC9.36□□□□□ -0.911e-7■■■■■ 207
SF3B1O75533 AMPD3-202ENST00000396553 3680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.49□□□□□ -1.051e-7■■■■■ 207
SF3B1O75533 AMPD3-204ENST00000444303 3994 ntTSL 2 BASIC8.05□□□□□ -1.121e-7■■■■■ 207
SF3B1O75533 AMPD3-209ENST00000529507 3156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC7.16□□□□□ -1.261e-7■■■■■ 207
SF3B1O75533 BEGAIN-207ENST00000554747 625 ntTSL 330.86■■■□□ 2.533e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC30.49■■■□□ 2.473e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.273e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.262e-6■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 AC068205.1-203ENST00000637980 364 ntTSL 229.14■■■□□ 2.253e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC29.07■■■□□ 2.241e-11■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 ZC3H7A-211ENST00000574995 532 ntTSL 428.29■■■□□ 2.123e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 ADSSL1-207ENST00000555486 1012 ntTSL 528.16■■■□□ 2.13e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 BEGAIN-204ENST00000554140 632 ntAPPRIS ALT2 TSL 528.08■■■□□ 2.093e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.56■■■□□ 23e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 SLCO3A1-203ENST00000553304 567 ntTSL 427.55■■■□□ 23e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 SDF2L1-202ENST00000466935 601 ntTSL 227.55■■■□□ 24e-6■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.893e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 SHMT1-207ENST00000580002 1759 ntTSL 226.61■■□□□ 1.858e-11■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.831e-11■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.813e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 ZNF444-202ENST00000586123 574 ntTSL 426.35■■□□□ 1.813e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 ISL2-202ENST00000558437 793 ntTSL 326.16■■□□□ 1.783e-16■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 SHMT1-206ENST00000579558 1077 ntTSL 226.14■■□□□ 1.788e-11■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.763e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 MBLAC1-202ENST00000421390 718 ntTSL 226.01■■□□□ 1.753e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 MXI1-208ENST00000460667 782 ntTSL 325.95■■□□□ 1.751e-6■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 SLC22A23-208ENST00000482874 622 ntTSL 325.72■■□□□ 1.713e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.643e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 MRPL4-211ENST00000592514 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 525.19■■□□□ 1.623e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.623e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 ATG16L2-219ENST00000542908 1178 ntTSL 225.06■■□□□ 1.63e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.583e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.553e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 C15orf39-205ENST00000564848 353 ntAPPRIS ALT2 TSL 224.69■■□□□ 1.543e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 SLCO3A1-204ENST00000553653 2141 ntTSL 524.68■■□□□ 1.543e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 COPRS-205ENST00000579984 422 ntTSL 324.67■■□□□ 1.541e-11■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 COPRS-203ENST00000496655 1062 ntTSL 1 (best)24.62■■□□□ 1.531e-11■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.533e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 PSD4-207ENST00000464559 2424 ntTSL 224.59■■□□□ 1.533e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 PTPRA-207ENST00000431048 707 ntTSL 524.56■■□□□ 1.523e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 ZNF444-205ENST00000587467 646 ntTSL 224.52■■□□□ 1.523e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 BEGAIN-208ENST00000556188 1010 ntTSL 324.32■■□□□ 1.483e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 ERMP1-204ENST00000475005 1219 ntTSL 524.29■■□□□ 1.483e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.483e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 ZNF444-208ENST00000588358 642 ntTSL 224.22■■□□□ 1.473e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 VPS37C-202ENST00000535818 865 ntTSL 224.19■■□□□ 1.465e-8■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.463e-9■■■■■ 206.8
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 2736.1 ms