Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC26.14■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC26.14■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.1■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC26.1■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CPSF3Q9UKF6 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
CPSF3Q9UKF6 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CPSF3Q9UKF6 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
CPSF3Q9UKF6 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CPSF3Q9UKF6 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CPSF3Q9UKF6 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CPSF3Q9UKF6 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
CPSF3Q9UKF6 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
CPSF3Q9UKF6 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CPSF3Q9UKF6 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CPSF3Q9UKF6 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CPSF3Q9UKF6 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CPSF3Q9UKF6 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CPSF3Q9UKF6 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CPSF3Q9UKF6 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CPSF3Q9UKF6 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CPSF3Q9UKF6 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CPSF3Q9UKF6 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CPSF3Q9UKF6 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CPSF3Q9UKF6 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CPSF3Q9UKF6 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CPSF3Q9UKF6 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CPSF3Q9UKF6 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CPSF3Q9UKF6 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CPSF3Q9UKF6 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.9 ms