Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SKA1Q96BD8 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SKA1Q96BD8 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SKA1Q96BD8 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SKA1Q96BD8 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SKA1Q96BD8 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
SKA1Q96BD8 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SKA1Q96BD8 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SKA1Q96BD8 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SKA1Q96BD8 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SKA1Q96BD8 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SKA1Q96BD8 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
SKA1Q96BD8 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SKA1Q96BD8 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SKA1Q96BD8 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SKA1Q96BD8 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SKA1Q96BD8 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SKA1Q96BD8 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SKA1Q96BD8 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SKA1Q96BD8 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SKA1Q96BD8 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SKA1Q96BD8 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
SKA1Q96BD8 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SKA1Q96BD8 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SKA1Q96BD8 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SKA1Q96BD8 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SKA1Q96BD8 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SKA1Q96BD8 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SKA1Q96BD8 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SKA1Q96BD8 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SKA1Q96BD8 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC24.45■■□□□ 1.51
SKA1Q96BD8 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SKA1Q96BD8 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SKA1Q96BD8 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SKA1Q96BD8 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SKA1Q96BD8 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SKA1Q96BD8 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SKA1Q96BD8 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
SKA1Q96BD8 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SKA1Q96BD8 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SKA1Q96BD8 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SKA1Q96BD8 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SKA1Q96BD8 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SKA1Q96BD8 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SKA1Q96BD8 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SKA1Q96BD8 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SKA1Q96BD8 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SKA1Q96BD8 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SKA1Q96BD8 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SKA1Q96BD8 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SKA1Q96BD8 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SKA1Q96BD8 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SKA1Q96BD8 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SKA1Q96BD8 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SKA1Q96BD8 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SKA1Q96BD8 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SKA1Q96BD8 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SKA1Q96BD8 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.8 ms