Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC3Q9BQI4 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC3Q9BQI4 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC3Q9BQI4 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC3Q9BQI4 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC3Q9BQI4 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC3Q9BQI4 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC3Q9BQI4 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
CCDC3Q9BQI4 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
CCDC3Q9BQI4 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC3Q9BQI4 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC3Q9BQI4 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC3Q9BQI4 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC3Q9BQI4 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC3Q9BQI4 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC3Q9BQI4 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC3Q9BQI4 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC3Q9BQI4 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC3Q9BQI4 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC3Q9BQI4 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC3Q9BQI4 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC3Q9BQI4 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC3Q9BQI4 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC3Q9BQI4 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC3Q9BQI4 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC3Q9BQI4 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC3Q9BQI4 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC3Q9BQI4 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC3Q9BQI4 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC3Q9BQI4 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC3Q9BQI4 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC3Q9BQI4 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC3Q9BQI4 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC3Q9BQI4 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC3Q9BQI4 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC3Q9BQI4 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC3Q9BQI4 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC3Q9BQI4 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC3Q9BQI4 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC3Q9BQI4 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC3Q9BQI4 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC3Q9BQI4 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC3Q9BQI4 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC3Q9BQI4 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC3Q9BQI4 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
CCDC3Q9BQI4 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC3Q9BQI4 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC3Q9BQI4 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC3Q9BQI4 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC3Q9BQI4 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC3Q9BQI4 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC3Q9BQI4 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC3Q9BQI4 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC3Q9BQI4 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC3Q9BQI4 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC3Q9BQI4 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC3Q9BQI4 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC3Q9BQI4 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC3Q9BQI4 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC3Q9BQI4 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC3Q9BQI4 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC3Q9BQI4 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC3Q9BQI4 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC3Q9BQI4 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC3Q9BQI4 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC3Q9BQI4 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC3Q9BQI4 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC3Q9BQI4 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC3Q9BQI4 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC3Q9BQI4 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC3Q9BQI4 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC3Q9BQI4 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC3Q9BQI4 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC3Q9BQI4 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC3Q9BQI4 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC3Q9BQI4 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC3Q9BQI4 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC3Q9BQI4 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC3Q9BQI4 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC3Q9BQI4 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC3Q9BQI4 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 271.7 ms