Protein–RNA interactions for Protein: Q8N205

SYNE4, Nesprin-4, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE4Q8N205 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
SYNE4Q8N205 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
SYNE4Q8N205 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
SYNE4Q8N205 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC30.56■■■□□ 2.48
SYNE4Q8N205 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC30.56■■■□□ 2.48
SYNE4Q8N205 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.56■■■□□ 2.48
SYNE4Q8N205 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC30.56■■■□□ 2.48
SYNE4Q8N205 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.55■■■□□ 2.48
SYNE4Q8N205 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.55■■■□□ 2.48
SYNE4Q8N205 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.54■■■□□ 2.48
SYNE4Q8N205 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.54■■■□□ 2.48
SYNE4Q8N205 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC30.54■■■□□ 2.48
SYNE4Q8N205 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
SYNE4Q8N205 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
SYNE4Q8N205 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC30.53■■■□□ 2.48
SYNE4Q8N205 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC30.53■■■□□ 2.48
SYNE4Q8N205 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
SYNE4Q8N205 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.48
SYNE4Q8N205 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.51■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.51■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC30.51■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.5■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC30.5■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.49■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC30.49■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC30.49■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC30.48■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.48■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.48■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC30.48■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.48■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC30.47■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC30.47■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC30.47■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC30.46■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC30.46■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC30.45■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC30.45■■■□□ 2.47
SYNE4Q8N205 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC30.45■■■□□ 2.46
SYNE4Q8N205 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
SYNE4Q8N205 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC30.44■■■□□ 2.46
SYNE4Q8N205 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
SYNE4Q8N205 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
SYNE4Q8N205 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.44■■■□□ 2.46
SYNE4Q8N205 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC30.44■■■□□ 2.46
SYNE4Q8N205 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC30.44■■■□□ 2.46
SYNE4Q8N205 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.43■■■□□ 2.46
SYNE4Q8N205 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC30.43■■■□□ 2.46
SYNE4Q8N205 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC30.43■■■□□ 2.46
SYNE4Q8N205 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
SYNE4Q8N205 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC30.43■■■□□ 2.46
SYNE4Q8N205 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
SYNE4Q8N205 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC30.42■■■□□ 2.46
SYNE4Q8N205 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC30.42■■■□□ 2.46
SYNE4Q8N205 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC30.42■■■□□ 2.46
SYNE4Q8N205 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC30.41■■■□□ 2.46
SYNE4Q8N205 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.41■■■□□ 2.46
SYNE4Q8N205 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.41■■■□□ 2.46
SYNE4Q8N205 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
SYNE4Q8N205 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
SYNE4Q8N205 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC30.4■■■□□ 2.46
SYNE4Q8N205 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC30.4■■■□□ 2.46
SYNE4Q8N205 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
SYNE4Q8N205 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
SYNE4Q8N205 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
SYNE4Q8N205 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
SYNE4Q8N205 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
SYNE4Q8N205 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC30.39■■■□□ 2.46
SYNE4Q8N205 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.39■■■□□ 2.46
SYNE4Q8N205 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.39■■■□□ 2.46
SYNE4Q8N205 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
SYNE4Q8N205 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC30.38■■■□□ 2.45
SYNE4Q8N205 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
SYNE4Q8N205 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.38■■■□□ 2.45
SYNE4Q8N205 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
SYNE4Q8N205 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
SYNE4Q8N205 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65 ms