Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL4A3Q01955 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL4A3Q01955 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL4A3Q01955 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
COL4A3Q01955 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL4A3Q01955 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL4A3Q01955 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL4A3Q01955 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL4A3Q01955 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL4A3Q01955 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL4A3Q01955 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
COL4A3Q01955 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL4A3Q01955 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL4A3Q01955 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL4A3Q01955 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL4A3Q01955 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL4A3Q01955 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL4A3Q01955 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL4A3Q01955 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL4A3Q01955 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL4A3Q01955 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL4A3Q01955 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL4A3Q01955 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL4A3Q01955 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL4A3Q01955 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL4A3Q01955 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
COL4A3Q01955 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL4A3Q01955 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL4A3Q01955 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL4A3Q01955 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL4A3Q01955 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL4A3Q01955 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL4A3Q01955 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL4A3Q01955 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
COL4A3Q01955 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL4A3Q01955 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL4A3Q01955 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL4A3Q01955 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL4A3Q01955 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL4A3Q01955 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL4A3Q01955 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL4A3Q01955 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL4A3Q01955 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL4A3Q01955 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL4A3Q01955 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL4A3Q01955 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL4A3Q01955 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL4A3Q01955 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL4A3Q01955 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL4A3Q01955 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL4A3Q01955 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL4A3Q01955 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC25■■□□□ 1.59
COL4A3Q01955 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC25■■□□□ 1.59
COL4A3Q01955 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL4A3Q01955 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL4A3Q01955 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL4A3Q01955 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL4A3Q01955 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL4A3Q01955 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL4A3Q01955 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
COL4A3Q01955 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL4A3Q01955 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
COL4A3Q01955 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
COL4A3Q01955 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
COL4A3Q01955 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL4A3Q01955 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL4A3Q01955 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL4A3Q01955 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL4A3Q01955 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL4A3Q01955 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL4A3Q01955 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
COL4A3Q01955 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
COL4A3Q01955 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.59
COL4A3Q01955 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.5 ms