Protein–RNA interactions for Protein: P55347

PKNOX1, Homeobox protein PKNOX1, humanhuman

Predictions only

Length 436 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PKNOX1P55347 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
PKNOX1P55347 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
PKNOX1P55347 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
PKNOX1P55347 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
PKNOX1P55347 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
PKNOX1P55347 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
PKNOX1P55347 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
PKNOX1P55347 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
PKNOX1P55347 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
PKNOX1P55347 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
PKNOX1P55347 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
PKNOX1P55347 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
PKNOX1P55347 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
PKNOX1P55347 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
PKNOX1P55347 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
PKNOX1P55347 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
PKNOX1P55347 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
PKNOX1P55347 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
PKNOX1P55347 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
PKNOX1P55347 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
PKNOX1P55347 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
PKNOX1P55347 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
PKNOX1P55347 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
PKNOX1P55347 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
PKNOX1P55347 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
PKNOX1P55347 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
PKNOX1P55347 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
PKNOX1P55347 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
PKNOX1P55347 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
PKNOX1P55347 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
PKNOX1P55347 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
PKNOX1P55347 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
PKNOX1P55347 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
PKNOX1P55347 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
PKNOX1P55347 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
PKNOX1P55347 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
PKNOX1P55347 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
PKNOX1P55347 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
PKNOX1P55347 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
PKNOX1P55347 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
PKNOX1P55347 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
PKNOX1P55347 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
PKNOX1P55347 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
PKNOX1P55347 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
PKNOX1P55347 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
PKNOX1P55347 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
PKNOX1P55347 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
PKNOX1P55347 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
PKNOX1P55347 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
PKNOX1P55347 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC23.5■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC23.49■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC23.45■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.35
PKNOX1P55347 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
PKNOX1P55347 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
PKNOX1P55347 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.6 ms