Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3P4

RHBDD3, Rhomboid domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 386 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RHBDD3Q9Y3P4 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
RHBDD3Q9Y3P4 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
RHBDD3Q9Y3P4 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
RHBDD3Q9Y3P4 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
RHBDD3Q9Y3P4 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
RHBDD3Q9Y3P4 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
RHBDD3Q9Y3P4 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
RHBDD3Q9Y3P4 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
RHBDD3Q9Y3P4 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC21.21■□□□□ 0.99
RHBDD3Q9Y3P4 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
RHBDD3Q9Y3P4 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
RHBDD3Q9Y3P4 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC21.17■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
RHBDD3Q9Y3P4 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC21.09■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
RHBDD3Q9Y3P4 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 129.2 ms