Protein–RNA interactions for Protein: Q9NSU2

TREX1, Three-prime repair exonuclease 1, humanhuman

Predictions only

Length 369 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TREX1Q9NSU2 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TREX1Q9NSU2 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TREX1Q9NSU2 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TREX1Q9NSU2 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
TREX1Q9NSU2 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
TREX1Q9NSU2 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
TREX1Q9NSU2 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
TREX1Q9NSU2 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
TREX1Q9NSU2 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
TREX1Q9NSU2 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
TREX1Q9NSU2 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
TREX1Q9NSU2 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
TREX1Q9NSU2 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
TREX1Q9NSU2 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
TREX1Q9NSU2 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
TREX1Q9NSU2 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TREX1Q9NSU2 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TREX1Q9NSU2 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TREX1Q9NSU2 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
TREX1Q9NSU2 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
TREX1Q9NSU2 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
TREX1Q9NSU2 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
TREX1Q9NSU2 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TREX1Q9NSU2 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
TREX1Q9NSU2 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
TREX1Q9NSU2 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.5
TREX1Q9NSU2 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
TREX1Q9NSU2 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
TREX1Q9NSU2 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TREX1Q9NSU2 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
TREX1Q9NSU2 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TREX1Q9NSU2 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TREX1Q9NSU2 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TREX1Q9NSU2 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
TREX1Q9NSU2 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
TREX1Q9NSU2 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
TREX1Q9NSU2 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
TREX1Q9NSU2 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
TREX1Q9NSU2 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
TREX1Q9NSU2 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
TREX1Q9NSU2 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
TREX1Q9NSU2 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
TREX1Q9NSU2 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
TREX1Q9NSU2 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
TREX1Q9NSU2 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
TREX1Q9NSU2 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
TREX1Q9NSU2 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
TREX1Q9NSU2 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
TREX1Q9NSU2 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
TREX1Q9NSU2 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
TREX1Q9NSU2 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
TREX1Q9NSU2 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
TREX1Q9NSU2 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
TREX1Q9NSU2 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
TREX1Q9NSU2 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
TREX1Q9NSU2 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
TREX1Q9NSU2 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
TREX1Q9NSU2 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
TREX1Q9NSU2 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
TREX1Q9NSU2 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
TREX1Q9NSU2 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
TREX1Q9NSU2 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.3 ms