Protein–RNA interactions for Protein: Q8N1M1

BEST3, Bestrophin-3, humanhuman

Predictions only

Length 668 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BEST3Q8N1M1 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC22.58■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC22.57■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC22.54■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
BEST3Q8N1M1 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
BEST3Q8N1M1 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
BEST3Q8N1M1 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
BEST3Q8N1M1 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
BEST3Q8N1M1 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
BEST3Q8N1M1 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
BEST3Q8N1M1 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
BEST3Q8N1M1 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
BEST3Q8N1M1 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
BEST3Q8N1M1 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
BEST3Q8N1M1 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
BEST3Q8N1M1 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC22.49■■□□□ 1.19
BEST3Q8N1M1 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
BEST3Q8N1M1 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
BEST3Q8N1M1 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
BEST3Q8N1M1 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
BEST3Q8N1M1 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
BEST3Q8N1M1 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
BEST3Q8N1M1 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
BEST3Q8N1M1 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
BEST3Q8N1M1 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
BEST3Q8N1M1 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
BEST3Q8N1M1 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
BEST3Q8N1M1 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
BEST3Q8N1M1 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
BEST3Q8N1M1 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
BEST3Q8N1M1 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
BEST3Q8N1M1 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
BEST3Q8N1M1 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
BEST3Q8N1M1 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
BEST3Q8N1M1 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
BEST3Q8N1M1 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
BEST3Q8N1M1 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
BEST3Q8N1M1 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
BEST3Q8N1M1 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
BEST3Q8N1M1 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
BEST3Q8N1M1 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
BEST3Q8N1M1 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC22.45■■□□□ 1.18
BEST3Q8N1M1 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
BEST3Q8N1M1 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
BEST3Q8N1M1 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
BEST3Q8N1M1 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
BEST3Q8N1M1 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
BEST3Q8N1M1 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
BEST3Q8N1M1 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
BEST3Q8N1M1 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
BEST3Q8N1M1 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
BEST3Q8N1M1 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
BEST3Q8N1M1 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
BEST3Q8N1M1 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
BEST3Q8N1M1 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
BEST3Q8N1M1 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
BEST3Q8N1M1 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
BEST3Q8N1M1 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
BEST3Q8N1M1 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
BEST3Q8N1M1 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
BEST3Q8N1M1 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
BEST3Q8N1M1 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC22.41■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.9 ms