Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC41.81■■■■■ 4.28
CUX1P39880 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC41.81■■■■■ 4.28
CUX1P39880 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.8■■■■■ 4.28
CUX1P39880 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.8■■■■■ 4.28
CUX1P39880 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC41.79■■■■■ 4.28
CUX1P39880 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC41.79■■■■■ 4.28
CUX1P39880 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC41.79■■■■■ 4.28
CUX1P39880 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.79■■■■■ 4.28
CUX1P39880 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC41.79■■■■■ 4.28
CUX1P39880 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC41.79■■■■■ 4.28
CUX1P39880 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC41.79■■■■■ 4.28
CUX1P39880 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.78■■■■■ 4.28
CUX1P39880 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.78■■■■■ 4.28
CUX1P39880 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC41.77■■■■■ 4.28
CUX1P39880 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC41.77■■■■■ 4.28
CUX1P39880 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC41.77■■■■■ 4.28
CUX1P39880 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.75■■■■■ 4.27
CUX1P39880 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC41.75■■■■■ 4.27
CUX1P39880 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC41.75■■■■■ 4.27
CUX1P39880 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.74■■■■■ 4.27
CUX1P39880 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC41.74■■■■■ 4.27
CUX1P39880 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC41.74■■■■■ 4.27
CUX1P39880 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC41.74■■■■■ 4.27
CUX1P39880 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC41.73■■■■■ 4.27
CUX1P39880 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC41.73■■■■■ 4.27
CUX1P39880 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC41.71■■■■■ 4.27
CUX1P39880 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC41.71■■■■■ 4.27
CUX1P39880 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC41.71■■■■■ 4.27
CUX1P39880 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC41.71■■■■■ 4.27
CUX1P39880 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC41.7■■■■■ 4.27
CUX1P39880 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC41.69■■■■■ 4.27
CUX1P39880 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC41.69■■■■■ 4.26
CUX1P39880 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC41.69■■■■■ 4.26
CUX1P39880 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC41.69■■■■■ 4.26
CUX1P39880 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC41.69■■■■■ 4.26
CUX1P39880 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC41.69■■■■■ 4.26
CUX1P39880 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC41.69■■■■■ 4.26
CUX1P39880 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC41.68■■■■■ 4.26
CUX1P39880 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC41.68■■■■■ 4.26
CUX1P39880 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC41.68■■■■■ 4.26
CUX1P39880 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC41.67■■■■■ 4.26
CUX1P39880 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC41.67■■■■■ 4.26
CUX1P39880 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.67■■■■■ 4.26
CUX1P39880 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC41.67■■■■■ 4.26
CUX1P39880 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC41.66■■■■■ 4.26
CUX1P39880 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.65■■■■■ 4.26
CUX1P39880 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC41.64■■■■■ 4.26
CUX1P39880 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC41.64■■■■■ 4.26
CUX1P39880 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC41.64■■■■■ 4.26
CUX1P39880 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.64■■■■■ 4.26
CUX1P39880 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC41.64■■■■■ 4.26
CUX1P39880 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.64■■■■■ 4.26
CUX1P39880 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC41.64■■■■■ 4.26
CUX1P39880 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC41.63■■■■■ 4.25
CUX1P39880 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.63■■■■■ 4.25
CUX1P39880 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC41.63■■■■■ 4.25
CUX1P39880 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC41.62■■■■■ 4.25
CUX1P39880 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.62■■■■■ 4.25
CUX1P39880 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.61■■■■■ 4.25
CUX1P39880 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.61■■■■■ 4.25
CUX1P39880 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC41.6■■■■■ 4.25
CUX1P39880 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.59■■■■■ 4.25
CUX1P39880 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC41.58■■■■■ 4.25
CUX1P39880 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.58■■■■■ 4.25
CUX1P39880 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.58■■■■■ 4.25
CUX1P39880 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC41.57■■■■■ 4.25
CUX1P39880 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.57■■■■■ 4.25
CUX1P39880 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC41.57■■■■■ 4.24
CUX1P39880 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.56■■■■■ 4.24
CUX1P39880 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC41.56■■■■■ 4.24
CUX1P39880 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC41.56■■■■■ 4.24
CUX1P39880 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC41.55■■■■■ 4.24
CUX1P39880 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC41.55■■■■■ 4.24
CUX1P39880 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.55■■■■■ 4.24
CUX1P39880 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC41.55■■■■■ 4.24
CUX1P39880 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC41.55■■■■■ 4.24
CUX1P39880 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC41.55■■■■■ 4.24
CUX1P39880 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.55■■■■■ 4.24
CUX1P39880 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC41.54■■■■■ 4.24
CUX1P39880 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC41.54■■■■■ 4.24
CUX1P39880 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.53■■■■■ 4.24
CUX1P39880 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC41.53■■■■■ 4.24
CUX1P39880 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC41.53■■■■■ 4.24
CUX1P39880 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC41.53■■■■■ 4.24
CUX1P39880 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC41.53■■■■■ 4.24
CUX1P39880 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC41.53■■■■■ 4.24
CUX1P39880 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC41.52■■■■■ 4.24
CUX1P39880 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC41.52■■■■■ 4.24
CUX1P39880 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC41.51■■■■■ 4.24
CUX1P39880 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC41.51■■■■■ 4.24
CUX1P39880 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC41.5■■■■■ 4.23
CUX1P39880 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC41.5■■■■■ 4.23
CUX1P39880 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC41.5■■■■■ 4.23
CUX1P39880 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC41.5■■■■■ 4.23
CUX1P39880 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC41.5■■■■■ 4.23
CUX1P39880 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC41.49■■■■■ 4.23
CUX1P39880 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC41.49■■■■■ 4.23
CUX1P39880 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC41.49■■■■■ 4.23
CUX1P39880 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.48■■■■■ 4.23
CUX1P39880 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC41.48■■■■■ 4.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 147.3 ms