Protein–RNA interactions for Protein: O95639

CPSF4, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 269 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF4O95639 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CPSF4O95639 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CPSF4O95639 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CPSF4O95639 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CPSF4O95639 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CPSF4O95639 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CPSF4O95639 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CPSF4O95639 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CPSF4O95639 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CPSF4O95639 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CPSF4O95639 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CPSF4O95639 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CPSF4O95639 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CPSF4O95639 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CPSF4O95639 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CPSF4O95639 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CPSF4O95639 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CPSF4O95639 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CPSF4O95639 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CPSF4O95639 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
CPSF4O95639 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CPSF4O95639 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CPSF4O95639 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CPSF4O95639 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CPSF4O95639 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CPSF4O95639 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
CPSF4O95639 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CPSF4O95639 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CPSF4O95639 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CPSF4O95639 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CPSF4O95639 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CPSF4O95639 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CPSF4O95639 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CPSF4O95639 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CPSF4O95639 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CPSF4O95639 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
CPSF4O95639 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CPSF4O95639 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
CPSF4O95639 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CPSF4O95639 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CPSF4O95639 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CPSF4O95639 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CPSF4O95639 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
CPSF4O95639 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CPSF4O95639 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.9 ms