Protein–RNA interactions for Protein: O75161

NPHP4, Nephrocystin-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,426 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP4O75161 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC35.3■■■■□ 3.24
NPHP4O75161 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC35.3■■■■□ 3.24
NPHP4O75161 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
NPHP4O75161 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.29■■■■□ 3.24
NPHP4O75161 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.29■■■■□ 3.24
NPHP4O75161 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC35.29■■■■□ 3.24
NPHP4O75161 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.29■■■■□ 3.24
NPHP4O75161 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.28■■■■□ 3.24
NPHP4O75161 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC35.28■■■■□ 3.24
NPHP4O75161 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
NPHP4O75161 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC35.27■■■■□ 3.24
NPHP4O75161 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.27■■■■□ 3.24
NPHP4O75161 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC35.27■■■■□ 3.24
NPHP4O75161 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.26■■■■□ 3.24
NPHP4O75161 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.26■■■■□ 3.24
NPHP4O75161 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC35.26■■■■□ 3.24
NPHP4O75161 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
NPHP4O75161 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
NPHP4O75161 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
NPHP4O75161 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
NPHP4O75161 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
NPHP4O75161 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
NPHP4O75161 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC35.23■■■■□ 3.23
NPHP4O75161 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
NPHP4O75161 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
NPHP4O75161 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC35.23■■■■□ 3.23
NPHP4O75161 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
NPHP4O75161 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
NPHP4O75161 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC35.22■■■■□ 3.23
NPHP4O75161 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC35.2■■■■□ 3.23
NPHP4O75161 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.2■■■■□ 3.23
NPHP4O75161 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC35.2■■■■□ 3.23
NPHP4O75161 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC35.19■■■■□ 3.22
NPHP4O75161 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC35.19■■■■□ 3.22
NPHP4O75161 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC35.18■■■■□ 3.22
NPHP4O75161 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC35.17■■■■□ 3.22
NPHP4O75161 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC35.17■■■■□ 3.22
NPHP4O75161 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC35.17■■■■□ 3.22
NPHP4O75161 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.17■■■■□ 3.22
NPHP4O75161 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.17■■■■□ 3.22
NPHP4O75161 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC35.16■■■■□ 3.22
NPHP4O75161 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC35.16■■■■□ 3.22
NPHP4O75161 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.16■■■■□ 3.22
NPHP4O75161 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.16■■■■□ 3.22
NPHP4O75161 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC35.16■■■■□ 3.22
NPHP4O75161 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.16■■■■□ 3.22
NPHP4O75161 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC35.15■■■■□ 3.22
NPHP4O75161 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.15■■■■□ 3.22
NPHP4O75161 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.15■■■■□ 3.22
NPHP4O75161 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC35.15■■■■□ 3.22
NPHP4O75161 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.14■■■■□ 3.22
NPHP4O75161 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.14■■■■□ 3.22
NPHP4O75161 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.14■■■■□ 3.22
NPHP4O75161 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC35.14■■■■□ 3.22
NPHP4O75161 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC35.14■■■■□ 3.22
NPHP4O75161 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.13■■■■□ 3.21
NPHP4O75161 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC35.13■■■■□ 3.21
NPHP4O75161 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC35.13■■■■□ 3.21
NPHP4O75161 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.12■■■■□ 3.21
NPHP4O75161 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC35.12■■■■□ 3.21
NPHP4O75161 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC35.12■■■■□ 3.21
NPHP4O75161 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC35.12■■■■□ 3.21
NPHP4O75161 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC35.12■■■■□ 3.21
NPHP4O75161 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.11■■■■□ 3.21
NPHP4O75161 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.11■■■■□ 3.21
NPHP4O75161 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC35.11■■■■□ 3.21
NPHP4O75161 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.1■■■■□ 3.21
NPHP4O75161 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC35.1■■■■□ 3.21
NPHP4O75161 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC35.1■■■■□ 3.21
NPHP4O75161 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC35.1■■■■□ 3.21
NPHP4O75161 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC35.1■■■■□ 3.21
NPHP4O75161 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC35.1■■■■□ 3.21
NPHP4O75161 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.1■■■■□ 3.21
NPHP4O75161 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC35.09■■■■□ 3.21
NPHP4O75161 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC35.09■■■■□ 3.21
NPHP4O75161 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC35.09■■■■□ 3.21
NPHP4O75161 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.09■■■■□ 3.21
NPHP4O75161 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC35.08■■■■□ 3.21
NPHP4O75161 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC35.08■■■■□ 3.21
NPHP4O75161 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC35.08■■■■□ 3.21
NPHP4O75161 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC35.08■■■■□ 3.21
NPHP4O75161 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.08■■■■□ 3.21
NPHP4O75161 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC35.07■■■■□ 3.21
NPHP4O75161 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC35.07■■■■□ 3.2
NPHP4O75161 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC35.06■■■■□ 3.2
NPHP4O75161 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC35.06■■■■□ 3.2
NPHP4O75161 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.06■■■■□ 3.2
NPHP4O75161 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC35.06■■■■□ 3.2
NPHP4O75161 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC35.06■■■■□ 3.2
NPHP4O75161 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC35.06■■■■□ 3.2
NPHP4O75161 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC35.05■■■■□ 3.2
NPHP4O75161 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC35.05■■■■□ 3.2
NPHP4O75161 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC35.05■■■■□ 3.2
NPHP4O75161 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC35.04■■■■□ 3.2
NPHP4O75161 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.04■■■■□ 3.2
NPHP4O75161 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC35.04■■■■□ 3.2
NPHP4O75161 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC35.03■■■■□ 3.2
NPHP4O75161 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.03■■■■□ 3.2
NPHP4O75161 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC35.03■■■■□ 3.2
NPHP4O75161 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC35.03■■■■□ 3.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.2 ms