Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPC8

SIX2, Homeobox protein SIX2, humanhuman

Predictions only

Length 291 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SIX2Q9NPC8 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
SIX2Q9NPC8 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
SIX2Q9NPC8 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
SIX2Q9NPC8 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
SIX2Q9NPC8 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
SIX2Q9NPC8 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
SIX2Q9NPC8 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
SIX2Q9NPC8 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
SIX2Q9NPC8 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.84
SIX2Q9NPC8 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
SIX2Q9NPC8 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC26.51■■□□□ 1.83
SIX2Q9NPC8 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
SIX2Q9NPC8 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
SIX2Q9NPC8 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
SIX2Q9NPC8 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
SIX2Q9NPC8 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
SIX2Q9NPC8 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
SIX2Q9NPC8 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.5■■□□□ 1.83
SIX2Q9NPC8 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
SIX2Q9NPC8 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
SIX2Q9NPC8 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC26.49■■□□□ 1.83
SIX2Q9NPC8 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC26.48■■□□□ 1.83
SIX2Q9NPC8 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC26.48■■□□□ 1.83
SIX2Q9NPC8 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
SIX2Q9NPC8 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
SIX2Q9NPC8 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
SIX2Q9NPC8 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
SIX2Q9NPC8 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
SIX2Q9NPC8 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
SIX2Q9NPC8 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
SIX2Q9NPC8 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
SIX2Q9NPC8 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC26.46■■□□□ 1.83
SIX2Q9NPC8 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.46■■□□□ 1.83
SIX2Q9NPC8 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC26.46■■□□□ 1.83
SIX2Q9NPC8 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
SIX2Q9NPC8 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
SIX2Q9NPC8 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
SIX2Q9NPC8 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
SIX2Q9NPC8 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.83
SIX2Q9NPC8 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
SIX2Q9NPC8 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
SIX2Q9NPC8 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
SIX2Q9NPC8 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC26.44■■□□□ 1.82
SIX2Q9NPC8 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
SIX2Q9NPC8 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
SIX2Q9NPC8 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
SIX2Q9NPC8 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
SIX2Q9NPC8 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
SIX2Q9NPC8 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
SIX2Q9NPC8 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
SIX2Q9NPC8 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
SIX2Q9NPC8 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
SIX2Q9NPC8 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
SIX2Q9NPC8 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
SIX2Q9NPC8 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
SIX2Q9NPC8 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
SIX2Q9NPC8 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC26.41■■□□□ 1.82
SIX2Q9NPC8 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
SIX2Q9NPC8 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
SIX2Q9NPC8 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
SIX2Q9NPC8 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
SIX2Q9NPC8 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
SIX2Q9NPC8 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
SIX2Q9NPC8 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
SIX2Q9NPC8 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
SIX2Q9NPC8 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.81
SIX2Q9NPC8 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
SIX2Q9NPC8 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SIX2Q9NPC8 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SIX2Q9NPC8 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC26.37■■□□□ 1.81
SIX2Q9NPC8 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
SIX2Q9NPC8 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
SIX2Q9NPC8 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SIX2Q9NPC8 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
SIX2Q9NPC8 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
SIX2Q9NPC8 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC26.36■■□□□ 1.81
SIX2Q9NPC8 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
SIX2Q9NPC8 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
SIX2Q9NPC8 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
SIX2Q9NPC8 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
SIX2Q9NPC8 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
SIX2Q9NPC8 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
SIX2Q9NPC8 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
SIX2Q9NPC8 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
SIX2Q9NPC8 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
SIX2Q9NPC8 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SIX2Q9NPC8 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SIX2Q9NPC8 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SIX2Q9NPC8 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SIX2Q9NPC8 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
SIX2Q9NPC8 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
SIX2Q9NPC8 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SIX2Q9NPC8 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SIX2Q9NPC8 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
SIX2Q9NPC8 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
SIX2Q9NPC8 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
SIX2Q9NPC8 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.33■■□□□ 1.8
SIX2Q9NPC8 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
SIX2Q9NPC8 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
SIX2Q9NPC8 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 235.4 ms