Protein–RNA interactions for Protein: Q9NNX9

VCX3A, Variable charge X-linked protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 186 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VCX3AQ9NNX9 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VCX3AQ9NNX9 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VCX3AQ9NNX9 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VCX3AQ9NNX9 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VCX3AQ9NNX9 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VCX3AQ9NNX9 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VCX3AQ9NNX9 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VCX3AQ9NNX9 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VCX3AQ9NNX9 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VCX3AQ9NNX9 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VCX3AQ9NNX9 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VCX3AQ9NNX9 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VCX3AQ9NNX9 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VCX3AQ9NNX9 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VCX3AQ9NNX9 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VCX3AQ9NNX9 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VCX3AQ9NNX9 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VCX3AQ9NNX9 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VCX3AQ9NNX9 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
VCX3AQ9NNX9 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VCX3AQ9NNX9 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VCX3AQ9NNX9 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VCX3AQ9NNX9 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VCX3AQ9NNX9 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VCX3AQ9NNX9 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VCX3AQ9NNX9 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VCX3AQ9NNX9 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VCX3AQ9NNX9 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VCX3AQ9NNX9 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
VCX3AQ9NNX9 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VCX3AQ9NNX9 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VCX3AQ9NNX9 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
VCX3AQ9NNX9 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VCX3AQ9NNX9 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VCX3AQ9NNX9 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VCX3AQ9NNX9 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VCX3AQ9NNX9 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VCX3AQ9NNX9 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
VCX3AQ9NNX9 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
VCX3AQ9NNX9 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VCX3AQ9NNX9 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VCX3AQ9NNX9 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
VCX3AQ9NNX9 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VCX3AQ9NNX9 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VCX3AQ9NNX9 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VCX3AQ9NNX9 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VCX3AQ9NNX9 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VCX3AQ9NNX9 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VCX3AQ9NNX9 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
VCX3AQ9NNX9 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VCX3AQ9NNX9 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VCX3AQ9NNX9 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VCX3AQ9NNX9 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VCX3AQ9NNX9 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VCX3AQ9NNX9 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VCX3AQ9NNX9 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VCX3AQ9NNX9 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VCX3AQ9NNX9 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VCX3AQ9NNX9 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VCX3AQ9NNX9 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VCX3AQ9NNX9 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VCX3AQ9NNX9 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VCX3AQ9NNX9 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VCX3AQ9NNX9 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VCX3AQ9NNX9 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VCX3AQ9NNX9 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VCX3AQ9NNX9 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VCX3AQ9NNX9 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VCX3AQ9NNX9 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VCX3AQ9NNX9 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VCX3AQ9NNX9 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VCX3AQ9NNX9 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VCX3AQ9NNX9 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VCX3AQ9NNX9 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VCX3AQ9NNX9 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VCX3AQ9NNX9 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VCX3AQ9NNX9 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VCX3AQ9NNX9 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VCX3AQ9NNX9 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VCX3AQ9NNX9 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VCX3AQ9NNX9 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VCX3AQ9NNX9 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VCX3AQ9NNX9 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VCX3AQ9NNX9 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VCX3AQ9NNX9 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VCX3AQ9NNX9 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VCX3AQ9NNX9 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VCX3AQ9NNX9 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VCX3AQ9NNX9 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VCX3AQ9NNX9 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
VCX3AQ9NNX9 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VCX3AQ9NNX9 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VCX3AQ9NNX9 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VCX3AQ9NNX9 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VCX3AQ9NNX9 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VCX3AQ9NNX9 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VCX3AQ9NNX9 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VCX3AQ9NNX9 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VCX3AQ9NNX9 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VCX3AQ9NNX9 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 62.2 ms