Protein–RNA interactions for Protein: Q08174

PCDH1, Protocadherin-1, humanhuman

Predictions only

Length 1,060 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDH1Q08174 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
PCDH1Q08174 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
PCDH1Q08174 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
PCDH1Q08174 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
PCDH1Q08174 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
PCDH1Q08174 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
PCDH1Q08174 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
PCDH1Q08174 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
PCDH1Q08174 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
PCDH1Q08174 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
PCDH1Q08174 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
PCDH1Q08174 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
PCDH1Q08174 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
PCDH1Q08174 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
PCDH1Q08174 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
PCDH1Q08174 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
PCDH1Q08174 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
PCDH1Q08174 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
PCDH1Q08174 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC23.66■■□□□ 1.38
PCDH1Q08174 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
PCDH1Q08174 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
PCDH1Q08174 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
PCDH1Q08174 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
PCDH1Q08174 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
PCDH1Q08174 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
PCDH1Q08174 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC23.64■■□□□ 1.38
PCDH1Q08174 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
PCDH1Q08174 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
PCDH1Q08174 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
PCDH1Q08174 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
PCDH1Q08174 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC23.59■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
PCDH1Q08174 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
PCDH1Q08174 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
PCDH1Q08174 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
PCDH1Q08174 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
PCDH1Q08174 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
PCDH1Q08174 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
PCDH1Q08174 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
PCDH1Q08174 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
PCDH1Q08174 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
PCDH1Q08174 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC23.55■■□□□ 1.36
PCDH1Q08174 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
PCDH1Q08174 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
PCDH1Q08174 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
PCDH1Q08174 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
PCDH1Q08174 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
PCDH1Q08174 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31 ms