Protein–RNA interactions for Protein: P42858

HTT, Huntingtin, humanhuman

Predictions only

Length 3,142 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HTTP42858 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
HTTP42858 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC28.32■■■□□ 2.12
HTTP42858 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
HTTP42858 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
HTTP42858 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC28.32■■■□□ 2.12
HTTP42858 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
HTTP42858 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
HTTP42858 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
HTTP42858 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
HTTP42858 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
HTTP42858 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
HTTP42858 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
HTTP42858 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
HTTP42858 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
HTTP42858 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
HTTP42858 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
HTTP42858 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
HTTP42858 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
HTTP42858 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
HTTP42858 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
HTTP42858 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
HTTP42858 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
HTTP42858 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
HTTP42858 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
HTTP42858 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
HTTP42858 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC28.27■■■□□ 2.12
HTTP42858 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
HTTP42858 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
HTTP42858 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
HTTP42858 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
HTTP42858 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
HTTP42858 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
HTTP42858 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
HTTP42858 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC28.24■■■□□ 2.11
HTTP42858 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC28.24■■■□□ 2.11
HTTP42858 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
HTTP42858 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC28.23■■■□□ 2.11
HTTP42858 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC28.23■■■□□ 2.11
HTTP42858 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
HTTP42858 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
HTTP42858 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
HTTP42858 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
HTTP42858 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
HTTP42858 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
HTTP42858 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
HTTP42858 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC28.21■■■□□ 2.11
HTTP42858 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
HTTP42858 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
HTTP42858 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC28.2■■■□□ 2.11
HTTP42858 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC28.2■■■□□ 2.11
HTTP42858 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
HTTP42858 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
HTTP42858 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
HTTP42858 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
HTTP42858 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.19■■■□□ 2.1
HTTP42858 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
HTTP42858 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
HTTP42858 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
HTTP42858 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
HTTP42858 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
HTTP42858 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
HTTP42858 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
HTTP42858 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
HTTP42858 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
HTTP42858 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
HTTP42858 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
HTTP42858 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
HTTP42858 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
HTTP42858 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.09
HTTP42858 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC28.14■■■□□ 2.09
HTTP42858 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
HTTP42858 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
HTTP42858 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
HTTP42858 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
HTTP42858 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
HTTP42858 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC28.12■■■□□ 2.09
HTTP42858 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC28.12■■■□□ 2.09
HTTP42858 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
HTTP42858 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
HTTP42858 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
HTTP42858 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
HTTP42858 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
HTTP42858 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
HTTP42858 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
HTTP42858 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
HTTP42858 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
HTTP42858 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
HTTP42858 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
HTTP42858 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
HTTP42858 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
HTTP42858 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
HTTP42858 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
HTTP42858 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC28.08■■■□□ 2.09
HTTP42858 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
HTTP42858 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
HTTP42858 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
HTTP42858 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
HTTP42858 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
HTTP42858 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
HTTP42858 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 101.1 ms