Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.11■■■■■ 4.33
CUX1P39880 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC42.11■■■■■ 4.33
CUX1P39880 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.11■■■■■ 4.33
CUX1P39880 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.1■■■■■ 4.33
CUX1P39880 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC42.1■■■■■ 4.33
CUX1P39880 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC42.1■■■■■ 4.33
CUX1P39880 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC42.09■■■■■ 4.33
CUX1P39880 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC42.08■■■■■ 4.33
CUX1P39880 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.08■■■■■ 4.33
CUX1P39880 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC42.08■■■■■ 4.33
CUX1P39880 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.07■■■■■ 4.33
CUX1P39880 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC42.07■■■■■ 4.33
CUX1P39880 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC42.07■■■■■ 4.33
CUX1P39880 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.06■■■■■ 4.32
CUX1P39880 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC42.06■■■■■ 4.32
CUX1P39880 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC42.06■■■■■ 4.32
CUX1P39880 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC42.06■■■■■ 4.32
CUX1P39880 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.05■■■■■ 4.32
CUX1P39880 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.05■■■■■ 4.32
CUX1P39880 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC42.05■■■■■ 4.32
CUX1P39880 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.05■■■■■ 4.32
CUX1P39880 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.05■■■■■ 4.32
CUX1P39880 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC42.05■■■■■ 4.32
CUX1P39880 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC42.05■■■■■ 4.32
CUX1P39880 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.04■■■■■ 4.32
CUX1P39880 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC42.03■■■■■ 4.32
CUX1P39880 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC42.03■■■■■ 4.32
CUX1P39880 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC42.02■■■■■ 4.32
CUX1P39880 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.02■■■■■ 4.32
CUX1P39880 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42■■■■■ 4.31
CUX1P39880 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC42■■■■■ 4.31
CUX1P39880 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.99■■■■■ 4.31
CUX1P39880 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC41.99■■■■■ 4.31
CUX1P39880 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC41.99■■■■■ 4.31
CUX1P39880 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC41.98■■■■■ 4.31
CUX1P39880 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC41.97■■■■■ 4.31
CUX1P39880 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC41.97■■■■■ 4.31
CUX1P39880 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC41.97■■■■■ 4.31
CUX1P39880 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.97■■■■■ 4.31
CUX1P39880 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC41.96■■■■■ 4.31
CUX1P39880 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.96■■■■■ 4.31
CUX1P39880 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.96■■■■■ 4.31
CUX1P39880 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC41.96■■■■■ 4.31
CUX1P39880 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC41.96■■■■■ 4.31
CUX1P39880 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC41.95■■■■■ 4.31
CUX1P39880 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC41.95■■■■■ 4.31
CUX1P39880 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC41.95■■■■■ 4.31
CUX1P39880 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC41.95■■■■■ 4.31
CUX1P39880 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.95■■■■■ 4.31
CUX1P39880 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC41.95■■■■■ 4.31
CUX1P39880 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC41.95■■■■■ 4.31
CUX1P39880 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.94■■■■■ 4.3
CUX1P39880 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.94■■■■■ 4.3
CUX1P39880 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.93■■■■■ 4.3
CUX1P39880 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.93■■■■■ 4.3
CUX1P39880 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC41.93■■■■■ 4.3
CUX1P39880 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC41.93■■■■■ 4.3
CUX1P39880 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC41.92■■■■■ 4.3
CUX1P39880 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC41.92■■■■■ 4.3
CUX1P39880 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC41.92■■■■■ 4.3
CUX1P39880 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.91■■■■■ 4.3
CUX1P39880 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC41.91■■■■■ 4.3
CUX1P39880 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC41.91■■■■■ 4.3
CUX1P39880 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.9■■■■■ 4.3
CUX1P39880 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC41.9■■■■■ 4.3
CUX1P39880 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.89■■■■■ 4.3
CUX1P39880 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC41.89■■■■■ 4.3
CUX1P39880 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC41.89■■■■■ 4.3
CUX1P39880 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC41.89■■■■■ 4.3
CUX1P39880 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC41.89■■■■■ 4.3
CUX1P39880 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC41.89■■■■■ 4.3
CUX1P39880 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC41.89■■■■■ 4.3
CUX1P39880 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC41.89■■■■■ 4.3
CUX1P39880 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.89■■■■■ 4.3
CUX1P39880 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC41.88■■■■■ 4.29
CUX1P39880 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC41.87■■■■■ 4.29
CUX1P39880 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.87■■■■■ 4.29
CUX1P39880 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC41.87■■■■■ 4.29
CUX1P39880 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC41.87■■■■■ 4.29
CUX1P39880 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.87■■■■■ 4.29
CUX1P39880 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC41.87■■■■■ 4.29
CUX1P39880 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC41.87■■■■■ 4.29
CUX1P39880 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC41.87■■■■■ 4.29
CUX1P39880 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.86■■■■■ 4.29
CUX1P39880 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC41.86■■■■■ 4.29
CUX1P39880 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.86■■■■■ 4.29
CUX1P39880 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC41.85■■■■■ 4.29
CUX1P39880 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.85■■■■■ 4.29
CUX1P39880 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC41.85■■■■■ 4.29
CUX1P39880 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC41.85■■■■■ 4.29
CUX1P39880 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC41.85■■■■■ 4.29
CUX1P39880 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC41.84■■■■■ 4.29
CUX1P39880 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC41.84■■■■■ 4.29
CUX1P39880 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.84■■■■■ 4.29
CUX1P39880 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC41.83■■■■■ 4.29
CUX1P39880 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC41.83■■■■■ 4.29
CUX1P39880 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.83■■■■■ 4.29
CUX1P39880 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC41.82■■■■■ 4.29
CUX1P39880 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC41.82■■■■■ 4.29
CUX1P39880 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC41.82■■■■■ 4.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55 ms