Protein–RNA interactions for Protein: P08670

VIM, Vimentin, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VIMP08670 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VIMP08670 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
VIMP08670 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
VIMP08670 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VIMP08670 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VIMP08670 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VIMP08670 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VIMP08670 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VIMP08670 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VIMP08670 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VIMP08670 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VIMP08670 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VIMP08670 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VIMP08670 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VIMP08670 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VIMP08670 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VIMP08670 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VIMP08670 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VIMP08670 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VIMP08670 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VIMP08670 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VIMP08670 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.51
VIMP08670 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VIMP08670 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
VIMP08670 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VIMP08670 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VIMP08670 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VIMP08670 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VIMP08670 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VIMP08670 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VIMP08670 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VIMP08670 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VIMP08670 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
VIMP08670 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VIMP08670 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VIMP08670 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
VIMP08670 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
VIMP08670 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VIMP08670 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
VIMP08670 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VIMP08670 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VIMP08670 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VIMP08670 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VIMP08670 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VIMP08670 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VIMP08670 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VIMP08670 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VIMP08670 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
VIMP08670 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VIMP08670 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VIMP08670 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VIMP08670 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
VIMP08670 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
VIMP08670 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VIMP08670 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VIMP08670 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
VIMP08670 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VIMP08670 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VIMP08670 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
VIMP08670 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
VIMP08670 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
VIMP08670 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
VIMP08670 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
VIMP08670 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
VIMP08670 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
VIMP08670 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VIMP08670 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VIMP08670 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VIMP08670 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VIMP08670 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VIMP08670 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VIMP08670 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VIMP08670 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VIMP08670 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VIMP08670 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VIMP08670 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
VIMP08670 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VIMP08670 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VIMP08670 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VIMP08670 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
VIMP08670 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
VIMP08670 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
VIMP08670 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VIMP08670 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VIMP08670 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VIMP08670 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VIMP08670 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VIMP08670 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VIMP08670 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VIMP08670 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VIMP08670 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VIMP08670 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VIMP08670 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VIMP08670 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VIMP08670 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VIMP08670 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VIMP08670 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VIMP08670 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
VIMP08670 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
VIMP08670 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.8 ms