Protein–RNA interactions for Protein: O75161

NPHP4, Nephrocystin-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,426 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP4O75161 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
NPHP4O75161 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.59■■■■□ 3.29
NPHP4O75161 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC35.59■■■■□ 3.29
NPHP4O75161 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC35.57■■■■□ 3.28
NPHP4O75161 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.56■■■■□ 3.28
NPHP4O75161 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.56■■■■□ 3.28
NPHP4O75161 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC35.56■■■■□ 3.28
NPHP4O75161 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC35.55■■■■□ 3.28
NPHP4O75161 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.55■■■■□ 3.28
NPHP4O75161 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.55■■■■□ 3.28
NPHP4O75161 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC35.55■■■■□ 3.28
NPHP4O75161 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.55■■■■□ 3.28
NPHP4O75161 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC35.54■■■■□ 3.28
NPHP4O75161 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC35.54■■■■□ 3.28
NPHP4O75161 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC35.53■■■■□ 3.28
NPHP4O75161 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC35.53■■■■□ 3.28
NPHP4O75161 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.52■■■■□ 3.28
NPHP4O75161 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC35.52■■■■□ 3.28
NPHP4O75161 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.52■■■■□ 3.28
NPHP4O75161 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC35.52■■■■□ 3.28
NPHP4O75161 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC35.52■■■■□ 3.28
NPHP4O75161 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.52■■■■□ 3.28
NPHP4O75161 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.52■■■■□ 3.28
NPHP4O75161 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC35.52■■■■□ 3.28
NPHP4O75161 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.51■■■■□ 3.28
NPHP4O75161 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC35.51■■■■□ 3.28
NPHP4O75161 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC35.5■■■■□ 3.27
NPHP4O75161 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC35.5■■■■□ 3.27
NPHP4O75161 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.49■■■■□ 3.27
NPHP4O75161 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC35.49■■■■□ 3.27
NPHP4O75161 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC35.49■■■■□ 3.27
NPHP4O75161 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.49■■■■□ 3.27
NPHP4O75161 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.49■■■■□ 3.27
NPHP4O75161 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC35.49■■■■□ 3.27
NPHP4O75161 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC35.49■■■■□ 3.27
NPHP4O75161 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.48■■■■□ 3.27
NPHP4O75161 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.48■■■■□ 3.27
NPHP4O75161 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC35.48■■■■□ 3.27
NPHP4O75161 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.47■■■■□ 3.27
NPHP4O75161 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.47■■■■□ 3.27
NPHP4O75161 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC35.47■■■■□ 3.27
NPHP4O75161 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC35.47■■■■□ 3.27
NPHP4O75161 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.47■■■■□ 3.27
NPHP4O75161 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC35.46■■■■□ 3.27
NPHP4O75161 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC35.46■■■■□ 3.27
NPHP4O75161 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC35.46■■■■□ 3.27
NPHP4O75161 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC35.45■■■■□ 3.27
NPHP4O75161 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC35.45■■■■□ 3.27
NPHP4O75161 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC35.45■■■■□ 3.27
NPHP4O75161 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC35.44■■■■□ 3.26
NPHP4O75161 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC35.44■■■■□ 3.26
NPHP4O75161 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC35.44■■■■□ 3.26
NPHP4O75161 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.44■■■■□ 3.26
NPHP4O75161 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.43■■■■□ 3.26
NPHP4O75161 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC35.42■■■■□ 3.26
NPHP4O75161 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.42■■■■□ 3.26
NPHP4O75161 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.42■■■■□ 3.26
NPHP4O75161 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC35.42■■■■□ 3.26
NPHP4O75161 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC35.42■■■■□ 3.26
NPHP4O75161 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC35.41■■■■□ 3.26
NPHP4O75161 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC35.41■■■■□ 3.26
NPHP4O75161 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.41■■■■□ 3.26
NPHP4O75161 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC35.41■■■■□ 3.26
NPHP4O75161 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC35.41■■■■□ 3.26
NPHP4O75161 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC35.41■■■■□ 3.26
NPHP4O75161 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC35.4■■■■□ 3.26
NPHP4O75161 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.4■■■■□ 3.26
NPHP4O75161 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC35.4■■■■□ 3.26
NPHP4O75161 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.39■■■■□ 3.26
NPHP4O75161 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC35.39■■■■□ 3.26
NPHP4O75161 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.39■■■■□ 3.26
NPHP4O75161 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC35.39■■■■□ 3.26
NPHP4O75161 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC35.39■■■■□ 3.26
NPHP4O75161 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.39■■■■□ 3.26
NPHP4O75161 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC35.38■■■■□ 3.26
NPHP4O75161 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
NPHP4O75161 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
NPHP4O75161 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.37■■■■□ 3.25
NPHP4O75161 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC35.37■■■■□ 3.25
NPHP4O75161 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC35.35■■■■□ 3.25
NPHP4O75161 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.34■■■■□ 3.25
NPHP4O75161 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC35.34■■■■□ 3.25
NPHP4O75161 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC35.34■■■■□ 3.25
NPHP4O75161 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.34■■■■□ 3.25
NPHP4O75161 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC35.34■■■■□ 3.25
NPHP4O75161 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC35.33■■■■□ 3.25
NPHP4O75161 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.25
NPHP4O75161 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC35.32■■■■□ 3.25
NPHP4O75161 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC35.32■■■■□ 3.25
NPHP4O75161 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC35.32■■■■□ 3.25
NPHP4O75161 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.24
NPHP4O75161 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC35.32■■■■□ 3.24
NPHP4O75161 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC35.31■■■■□ 3.24
NPHP4O75161 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.31■■■■□ 3.24
NPHP4O75161 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC35.3■■■■□ 3.24
NPHP4O75161 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
NPHP4O75161 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
NPHP4O75161 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
NPHP4O75161 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
NPHP4O75161 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.9 ms