Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SDC1P18827 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SDC1P18827 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SDC1P18827 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SDC1P18827 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SDC1P18827 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SDC1P18827 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SDC1P18827 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SDC1P18827 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SDC1P18827 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SDC1P18827 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SDC1P18827 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SDC1P18827 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SDC1P18827 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
SDC1P18827 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SDC1P18827 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SDC1P18827 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SDC1P18827 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SDC1P18827 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SDC1P18827 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SDC1P18827 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SDC1P18827 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SDC1P18827 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
SDC1P18827 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
SDC1P18827 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
SDC1P18827 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SDC1P18827 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SDC1P18827 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SDC1P18827 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SDC1P18827 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SDC1P18827 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SDC1P18827 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SDC1P18827 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SDC1P18827 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SDC1P18827 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SDC1P18827 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SDC1P18827 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SDC1P18827 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SDC1P18827 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SDC1P18827 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SDC1P18827 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SDC1P18827 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SDC1P18827 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
SDC1P18827 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SDC1P18827 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SDC1P18827 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SDC1P18827 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SDC1P18827 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SDC1P18827 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SDC1P18827 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SDC1P18827 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SDC1P18827 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SDC1P18827 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SDC1P18827 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SDC1P18827 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
SDC1P18827 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SDC1P18827 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SDC1P18827 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SDC1P18827 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
SDC1P18827 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SDC1P18827 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SDC1P18827 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SDC1P18827 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SDC1P18827 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SDC1P18827 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SDC1P18827 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SDC1P18827 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
SDC1P18827 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
SDC1P18827 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
SDC1P18827 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SDC1P18827 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SDC1P18827 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SDC1P18827 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SDC1P18827 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
SDC1P18827 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SDC1P18827 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SDC1P18827 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SDC1P18827 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SDC1P18827 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SDC1P18827 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SDC1P18827 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SDC1P18827 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SDC1P18827 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SDC1P18827 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SDC1P18827 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SDC1P18827 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SDC1P18827 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SDC1P18827 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
SDC1P18827 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SDC1P18827 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SDC1P18827 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SDC1P18827 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SDC1P18827 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SDC1P18827 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SDC1P18827 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SDC1P18827 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SDC1P18827 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SDC1P18827 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SDC1P18827 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SDC1P18827 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.7 ms