Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SKA1Q96BD8 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SKA1Q96BD8 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
SKA1Q96BD8 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC25.45■■□□□ 1.67
SKA1Q96BD8 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SKA1Q96BD8 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SKA1Q96BD8 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SKA1Q96BD8 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SKA1Q96BD8 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SKA1Q96BD8 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SKA1Q96BD8 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SKA1Q96BD8 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SKA1Q96BD8 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SKA1Q96BD8 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SKA1Q96BD8 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SKA1Q96BD8 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
SKA1Q96BD8 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SKA1Q96BD8 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SKA1Q96BD8 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SKA1Q96BD8 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SKA1Q96BD8 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SKA1Q96BD8 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SKA1Q96BD8 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SKA1Q96BD8 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SKA1Q96BD8 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SKA1Q96BD8 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SKA1Q96BD8 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SKA1Q96BD8 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
SKA1Q96BD8 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SKA1Q96BD8 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
SKA1Q96BD8 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
SKA1Q96BD8 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SKA1Q96BD8 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.65
SKA1Q96BD8 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SKA1Q96BD8 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
SKA1Q96BD8 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SKA1Q96BD8 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
SKA1Q96BD8 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SKA1Q96BD8 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SKA1Q96BD8 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SKA1Q96BD8 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
SKA1Q96BD8 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SKA1Q96BD8 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SKA1Q96BD8 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SKA1Q96BD8 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SKA1Q96BD8 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SKA1Q96BD8 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SKA1Q96BD8 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SKA1Q96BD8 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SKA1Q96BD8 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SKA1Q96BD8 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SKA1Q96BD8 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SKA1Q96BD8 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SKA1Q96BD8 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SKA1Q96BD8 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SKA1Q96BD8 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
SKA1Q96BD8 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SKA1Q96BD8 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SKA1Q96BD8 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SKA1Q96BD8 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SKA1Q96BD8 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SKA1Q96BD8 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SKA1Q96BD8 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SKA1Q96BD8 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
SKA1Q96BD8 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SKA1Q96BD8 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SKA1Q96BD8 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SKA1Q96BD8 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SKA1Q96BD8 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SKA1Q96BD8 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SKA1Q96BD8 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SKA1Q96BD8 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SKA1Q96BD8 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SKA1Q96BD8 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SKA1Q96BD8 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SKA1Q96BD8 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SKA1Q96BD8 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SKA1Q96BD8 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SKA1Q96BD8 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SKA1Q96BD8 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SKA1Q96BD8 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
SKA1Q96BD8 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SKA1Q96BD8 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SKA1Q96BD8 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SKA1Q96BD8 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SKA1Q96BD8 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SKA1Q96BD8 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SKA1Q96BD8 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SKA1Q96BD8 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SKA1Q96BD8 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SKA1Q96BD8 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SKA1Q96BD8 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.9 ms