Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC33.78■■■■□ 3
COL18A1P39060 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
COL18A1P39060 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC33.77■■■■□ 3
COL18A1P39060 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC33.77■■■■□ 3
COL18A1P39060 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC33.77■■■■□ 3
COL18A1P39060 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC33.77■■■■□ 3
COL18A1P39060 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
COL18A1P39060 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.76■■■■□ 3
COL18A1P39060 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC33.76■■■■□ 3
COL18A1P39060 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
COL18A1P39060 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
COL18A1P39060 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.75■■■□□ 2.99
COL18A1P39060 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC33.75■■■□□ 2.99
COL18A1P39060 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC33.75■■■□□ 2.99
COL18A1P39060 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
COL18A1P39060 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.74■■■□□ 2.99
COL18A1P39060 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC33.74■■■□□ 2.99
COL18A1P39060 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
COL18A1P39060 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
COL18A1P39060 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC33.73■■■□□ 2.99
COL18A1P39060 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.73■■■□□ 2.99
COL18A1P39060 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC33.73■■■□□ 2.99
COL18A1P39060 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC33.73■■■□□ 2.99
COL18A1P39060 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC33.71■■■□□ 2.99
COL18A1P39060 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC33.7■■■□□ 2.99
COL18A1P39060 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.98
COL18A1P39060 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.7■■■□□ 2.98
COL18A1P39060 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
COL18A1P39060 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.69■■■□□ 2.98
COL18A1P39060 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
COL18A1P39060 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
COL18A1P39060 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
COL18A1P39060 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC33.68■■■□□ 2.98
COL18A1P39060 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC33.67■■■□□ 2.98
COL18A1P39060 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC33.67■■■□□ 2.98
COL18A1P39060 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.66■■■□□ 2.98
COL18A1P39060 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC33.66■■■□□ 2.98
COL18A1P39060 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC33.65■■■□□ 2.98
COL18A1P39060 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC33.65■■■□□ 2.98
COL18A1P39060 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC33.65■■■□□ 2.98
COL18A1P39060 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.65■■■□□ 2.98
COL18A1P39060 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC33.64■■■□□ 2.98
COL18A1P39060 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
COL18A1P39060 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC33.64■■■□□ 2.98
COL18A1P39060 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
COL18A1P39060 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC33.63■■■□□ 2.97
COL18A1P39060 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC33.63■■■□□ 2.97
COL18A1P39060 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC33.63■■■□□ 2.97
COL18A1P39060 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.63■■■□□ 2.97
COL18A1P39060 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC33.62■■■□□ 2.97
COL18A1P39060 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.62■■■□□ 2.97
COL18A1P39060 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC33.61■■■□□ 2.97
COL18A1P39060 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
COL18A1P39060 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC33.61■■■□□ 2.97
COL18A1P39060 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.61■■■□□ 2.97
COL18A1P39060 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC33.61■■■□□ 2.97
COL18A1P39060 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC33.6■■■□□ 2.97
COL18A1P39060 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC33.6■■■□□ 2.97
COL18A1P39060 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.6■■■□□ 2.97
COL18A1P39060 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.59■■■□□ 2.97
COL18A1P39060 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
COL18A1P39060 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC33.58■■■□□ 2.97
COL18A1P39060 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.58■■■□□ 2.97
COL18A1P39060 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
COL18A1P39060 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.96
COL18A1P39060 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC33.57■■■□□ 2.96
COL18A1P39060 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC33.57■■■□□ 2.96
COL18A1P39060 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC33.57■■■□□ 2.96
COL18A1P39060 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.96
COL18A1P39060 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
COL18A1P39060 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC33.56■■■□□ 2.96
COL18A1P39060 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC33.56■■■□□ 2.96
COL18A1P39060 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
COL18A1P39060 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
COL18A1P39060 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC33.55■■■□□ 2.96
COL18A1P39060 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC33.55■■■□□ 2.96
COL18A1P39060 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.55■■■□□ 2.96
COL18A1P39060 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC33.55■■■□□ 2.96
COL18A1P39060 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.54■■■□□ 2.96
COL18A1P39060 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
COL18A1P39060 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
COL18A1P39060 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.52■■■□□ 2.96
COL18A1P39060 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC33.51■■■□□ 2.95
COL18A1P39060 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
COL18A1P39060 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC33.5■■■□□ 2.95
COL18A1P39060 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
COL18A1P39060 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.5■■■□□ 2.95
COL18A1P39060 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
COL18A1P39060 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC33.49■■■□□ 2.95
COL18A1P39060 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
COL18A1P39060 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
COL18A1P39060 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
COL18A1P39060 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
COL18A1P39060 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.47■■■□□ 2.95
COL18A1P39060 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC33.47■■■□□ 2.95
COL18A1P39060 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
COL18A1P39060 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC33.46■■■□□ 2.95
COL18A1P39060 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
COL18A1P39060 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC33.45■■■□□ 2.95
COL18A1P39060 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC33.45■■■□□ 2.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75.2 ms