Protein–RNA interactions for Protein: Q96A99

PTX4, Pentraxin-4, humanhuman

Predictions only

Length 478 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTX4Q96A99 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
PTX4Q96A99 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
PTX4Q96A99 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
PTX4Q96A99 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
PTX4Q96A99 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
PTX4Q96A99 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
PTX4Q96A99 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
PTX4Q96A99 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
PTX4Q96A99 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
PTX4Q96A99 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
PTX4Q96A99 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
PTX4Q96A99 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
PTX4Q96A99 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC21.43■■□□□ 1.02
PTX4Q96A99 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
PTX4Q96A99 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
PTX4Q96A99 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
PTX4Q96A99 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
PTX4Q96A99 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
PTX4Q96A99 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
PTX4Q96A99 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
PTX4Q96A99 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
PTX4Q96A99 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC21.41■■□□□ 1.02
PTX4Q96A99 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
PTX4Q96A99 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
PTX4Q96A99 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
PTX4Q96A99 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
PTX4Q96A99 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
PTX4Q96A99 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
PTX4Q96A99 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
PTX4Q96A99 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
PTX4Q96A99 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
PTX4Q96A99 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
PTX4Q96A99 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
PTX4Q96A99 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
PTX4Q96A99 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC21.35■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
PTX4Q96A99 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
PTX4Q96A99 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
PTX4Q96A99 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
PTX4Q96A99 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
PTX4Q96A99 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
PTX4Q96A99 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
PTX4Q96A99 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC21.32■■□□□ 1
PTX4Q96A99 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
PTX4Q96A99 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
PTX4Q96A99 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
PTX4Q96A99 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
PTX4Q96A99 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
PTX4Q96A99 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
PTX4Q96A99 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
PTX4Q96A99 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
PTX4Q96A99 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
PTX4Q96A99 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
PTX4Q96A99 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
PTX4Q96A99 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
PTX4Q96A99 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
PTX4Q96A99 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
PTX4Q96A99 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
PTX4Q96A99 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
PTX4Q96A99 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
PTX4Q96A99 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
PTX4Q96A99 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38 ms