RNA–Protein interactions for RNA: YKL049C

CSE4, Transcript of Centromere protein that resembles histone H3, yeast

Gene CSE4, Length 690 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
CSE4	YKL049C	FAP1	P53971	965 aa		11.58	□□□□□ -0.56
CSE4	YKL049C	MTC1	P47018	478 aa	Known RBP	11.23	□□□□□ -0.61
CSE4	YKL049C	PRY3	P47033	881 aa		10.97	□□□□□ -0.65
CSE4	YKL049C	DRS1	P32892	752 aa	Known RBP	10.78	□□□□□ -0.68
CSE4	YKL049C	YCK3	P39962	524 aa		10.45	□□□□□ -0.74
CSE4	YKL049C	AAD16	Q02895	342 aa		10.35	□□□□□ -0.75
CSE4	YKL049C	PRI1	P10363	409 aa		10.27	□□□□□ -0.77
CSE4	YKL049C	HAA1	Q12753	694 aa	Known RBP	10.25	□□□□□ -0.77
CSE4	YKL049C	TSR3	Q12094	313 aa	Known RBP	9.59	□□□□□ -0.87
CSE4	YKL049C	ISW2	Q08773	1120 aa		9.57	□□□□□ -0.88
CSE4	YKL049C	RPG1	P38249	964 aa	Known RBP	9.53	□□□□□ -0.88
CSE4	YKL049C	DIP2	Q12220	943 aa	Predicted RBP	9.26	□□□□□ -0.93
CSE4	YKL049C	YGL015C	P33199	130 aa		9.24	□□□□□ -0.93
CSE4	YKL049C	BFR2	Q06631	534 aa	Known RBP	9.22	□□□□□ -0.93
CSE4	YKL049C	MRPL32	P25348	183 aa		9.2	□□□□□ -0.94
CSE4	YKL049C	BUD31	P25337	157 aa	Predicted RBP	9.11	□□□□□ -0.95
CSE4	YKL049C	AVT3	P36062	692 aa		9.06	□□□□□ -0.96
CSE4	YKL049C	RSE1	Q04693	1361 aa	Known RBP	8.81	□□□□□ -1
CSE4	YKL049C	CDC27	P38042	758 aa		8.55	□□□□□ -1.04
CSE4	YKL049C	TFA1	P36100	482 aa		8.49	□□□□□ -1.05
CSE4	YKL049C	RPL17A	P05740	184 aa	Known RBP	8.48	□□□□□ -1.05
CSE4	YKL049C	SIS1	P25294	352 aa	Known RBP	8.48	□□□□□ -1.05
CSE4	YKL049C	RPL17B	P46990	184 aa	Known RBP	8.48	□□□□□ -1.05
CSE4	YKL049C	UBP10	P53874	792 aa	Predicted RBP	8.48	□□□□□ -1.05
CSE4	YKL049C	REB1	P21538	810 aa		8.43	□□□□□ -1.06
CSE4	YKL049C	MAP2	P38174	421 aa	Known RBP	8.42	□□□□□ -1.06
CSE4	YKL049C	UBP9	P39967	754 aa		8.26	□□□□□ -1.09
CSE4	YKL049C	YKR023W	P36119	530 aa	Known RBP	8.2	□□□□□ -1.1
CSE4	YKL049C	SPT21	P35209	758 aa		8.16	□□□□□ -1.1
CSE4	YKL049C	TGL3	P40308	642 aa		8.15	□□□□□ -1.1
CSE4	YKL049C	TIF4632	P39936	914 aa	Known RBP	8.1	□□□□□ -1.11
CSE4	YKL049C	TFC8	Q12308	588 aa		8.02	□□□□□ -1.13
CSE4	YKL049C	DCD1	P06773	312 aa		7.99	□□□□□ -1.13
CSE4	YKL049C	HO	P09932	586 aa		7.99	□□□□□ -1.13
CSE4	YKL049C	RIM101	P33400	625 aa		7.99	□□□□□ -1.13
CSE4	YKL049C	SCY1	P53009	804 aa		7.98	□□□□□ -1.13
CSE4	YKL049C	SLX5	P32828	619 aa	Known RBP	7.97	□□□□□ -1.13
CSE4	YKL049C	OXP1	P28273	1286 aa		7.72	□□□□□ -1.17
CSE4	YKL049C	BCH2	P36122	765 aa		7.71	□□□□□ -1.18
CSE4	YKL049C	YBL029C-A	Q3E756	94 aa		7.7	□□□□□ -1.18
CSE4	YKL049C	MST1	P07236	462 aa		7.69	□□□□□ -1.18
CSE4	YKL049C	PTP3	P40048	928 aa		7.63	□□□□□ -1.19
CSE4	YKL049C	YIL055C	P40523	627 aa	Known RBP	7.63	□□□□□ -1.19
CSE4	YKL049C	YAH1	Q12184	172 aa	Known RBP	7.6	□□□□□ -1.19
CSE4	YKL049C	VNX1	P42839	908 aa		7.58	□□□□□ -1.2
CSE4	YKL049C	AIR2	Q12476	344 aa	Known RBP	7.53	□□□□□ -1.2
CSE4	YKL049C	SSP1	P38871	571 aa		7.52	□□□□□ -1.21
CSE4	YKL049C	RSM7	P47150	247 aa		7.51	□□□□□ -1.21
CSE4	YKL049C	YOR238W	Q08634	303 aa		7.51	□□□□□ -1.21
CSE4	YKL049C	YLR271W	Q06152	274 aa		7.48	□□□□□ -1.21
CSE4	YKL049C	SPP1	Q03012	353 aa		7.47	□□□□□ -1.21
CSE4	YKL049C	ARP8	Q12386	881 aa	Known RBP RIP-Chip data	7.46	□□□□□ -1.22	not detected
CSE4	YKL049C	FKH1	P40466	484 aa		7.45	□□□□□ -1.22
CSE4	YKL049C	YJL171C	P46992	396 aa		7.45	□□□□□ -1.22
CSE4	YKL049C	AI2	P03876	854 aa		7.41	□□□□□ -1.22
CSE4	YKL049C	BDF1	P35817	686 aa		7.41	□□□□□ -1.22
CSE4	YKL049C	EPS1	P40557	701 aa		7.41	□□□□□ -1.22
CSE4	YKL049C	NSR1	P27476	414 aa	Known RBP RIP-Chip data	7.4	□□□□□ -1.22	not detected
CSE4	YKL049C	BBC1	P47068	1157 aa		7.39	□□□□□ -1.23
CSE4	YKL049C	WSC3	Q12215	556 aa		7.34	□□□□□ -1.23
CSE4	YKL049C	TIF11	P38912	153 aa	Known RBP	7.33	□□□□□ -1.24
CSE4	YKL049C	PSD2	P53037	1138 aa	Known RBP	7.31	□□□□□ -1.24
CSE4	YKL049C	MGA2	P40578	1113 aa		7.29	□□□□□ -1.24
CSE4	YKL049C	BMT6	Q12291	365 aa		7.27	□□□□□ -1.25
CSE4	YKL049C	YAP5	P40574	245 aa		7.26	□□□□□ -1.25
CSE4	YKL049C	CST9	Q06032	482 aa		7.24	□□□□□ -1.25
CSE4	YKL049C	LDB19	Q12502	818 aa		7.21	□□□□□ -1.26
CSE4	YKL049C	IOC2	Q12072	812 aa		7.19	□□□□□ -1.26
CSE4	YKL049C	MRM1	P25270	412 aa		7.17	□□□□□ -1.26
CSE4	YKL049C	ULI1	P43604	169 aa		7.14	□□□□□ -1.27
CSE4	YKL049C	GTT3	P39996	337 aa		7.09	□□□□□ -1.27
CSE4	YKL049C	RTG3	P38165	486 aa		7.05	□□□□□ -1.28
CSE4	YKL049C	RCR1	P38212	213 aa		7.02	□□□□□ -1.29
CSE4	YKL049C	RGA2	Q06407	1009 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CSE4	YKL049C	VPS29	P38759	282 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CSE4	YKL049C	RTG1	P32607	177 aa		6.96	□□□□□ -1.3
CSE4	YKL049C	YMR1	P47147	688 aa	Known RBP RIP-Chip data	6.96	□□□□□ -1.3	not detected
CSE4	YKL049C	RQC2	Q12532	1038 aa	Known RBP	6.96	□□□□□ -1.3
CSE4	YKL049C	NCR1	Q12200	1170 aa		6.95	□□□□□ -1.3
CSE4	YKL049C	RAM2	P29703	316 aa		6.94	□□□□□ -1.3
CSE4	YKL049C	MSB4	Q12317	492 aa		6.94	□□□□□ -1.3
CSE4	YKL049C	EAP1	P36041	632 aa	Known RBP	6.92	□□□□□ -1.3
CSE4	YKL049C	DMA1	P38823	416 aa		6.91	□□□□□ -1.3
CSE4	YKL049C	PIB1	Q06651	286 aa		6.91	□□□□□ -1.3
CSE4	YKL049C	DBP1	P24784	617 aa	Known RBP	6.9	□□□□□ -1.3
CSE4	YKL049C	STS1	P38637	319 aa		6.9	□□□□□ -1.3
CSE4	YKL049C	BCK2	P33306	851 aa		6.89	□□□□□ -1.31
CSE4	YKL049C	YFR006W	P43590	535 aa		6.89	□□□□□ -1.31
CSE4	YKL049C	MAK11	P20484	414 aa	Known RBP	6.87	□□□□□ -1.31
CSE4	YKL049C	SEC61	P32915	480 aa		6.87	□□□□□ -1.31
CSE4	YKL049C	TRP5	P00931	707 aa	Known RBP	6.86	□□□□□ -1.31
CSE4	YKL049C	YNL035C	P53962	389 aa	Known RBP	6.85	□□□□□ -1.31
CSE4	YKL049C	YOL036W	Q08206	761 aa		6.81	□□□□□ -1.32
CSE4	YKL049C	VMA1	P17255	1071 aa	Known RBP	6.8	□□□□□ -1.32
CSE4	YKL049C	SET4	P42948	560 aa		6.79	□□□□□ -1.32
CSE4	YKL049C	MIF2	P35201	549 aa		6.78	□□□□□ -1.32
CSE4	YKL049C	CHL1	P22516	861 aa	Predicted RBP	6.77	□□□□□ -1.33
CSE4	YKL049C	COQ8	P27697	501 aa		6.77	□□□□□ -1.33
CSE4	YKL049C	SET1	P38827	1080 aa	Known RBP	6.74	□□□□□ -1.33
CSE4	YKL049C	EDS1	P38073	919 aa		6.73	□□□□□ -1.33

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