RNA–Protein interactions for RNA: YDR457W

TOM1, Transcript of E3 ubiquitin ligase of the hect-domain class, yeast

Gene TOM1, Length 9,807 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
TOM1	YDR457W	MRF1	P30775	413 aa	Predicted RBP	3.01	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	PET100	P38958	111 aa		3.01	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	TMA64	Q04600	565 aa	Known RBP	3.01	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	TFC3	P34111	1160 aa		3.01	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	NOP4	P37838	685 aa	Known RBP	3.01	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	RPC17	P47076	161 aa		3.01	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	TOM22	P49334	152 aa		3.01	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	USA1	Q03714	838 aa		3.01	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	PFK2	P16862	959 aa	Known RBP RIP-Chip data	3	□□□□□ -1.93	not detected
TOM1	YDR457W	DAL1	P32375	460 aa		3	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	SHU2	P38957	223 aa		3	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	SKG6	P32900	734 aa	Predicted RBP	3	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	TIF5	P38431	405 aa	Known RBP	3	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	TOF1	P53840	1238 aa		3	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	CCT5	P40413	562 aa	Known RBP	3	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	UBP15	P50101	1230 aa		3	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	PEX19	Q07418	342 aa		3	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	APC11	Q12157	165 aa		3	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	PKC1	P24583	1151 aa		3	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	CWC22	P53333	577 aa	Known RBP	3	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	OPT2	Q06593	877 aa		3	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	ABP140	Q08641	628 aa	Known RBP	3	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	ATG36	P46983	293 aa		3	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	CWC21	Q03375	135 aa	Known RBP	3	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	LEU2	P04173	364 aa	Predicted RBP	3	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	SUI2	P20459	304 aa	Known RBP	3	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	SPB1	P25582	841 aa	Predicted RBP	3	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	SPP381	P38282	291 aa	Predicted RBP	3	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	UTP18	P40362	594 aa	Predicted RBP	3	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	PIP2	P52960	996 aa		3	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	SHE10	P53075	577 aa		3	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	NDL1	Q06568	189 aa		3	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	DOM34	P33309	386 aa		3	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	YKR078W	P36158	585 aa	Known RBP	3	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	RMR1	P53060	241 aa		3	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	YBP2	P53169	641 aa		3	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	MTF2	P10849	440 aa		3	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	BEM3	P32873	1128 aa		3	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	RTG3	P38165	486 aa		3	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	ARB1	P40024	610 aa	Known RBP	3	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	RGD2	P43556	714 aa		3	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	SUM1	P46676	1062 aa		3	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	YMR114C	Q04471	368 aa	Known RBP	3	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	ARP8	Q12386	881 aa	Known RBP RIP-Chip data	3	□□□□□ -1.93	not detected
TOM1	YDR457W	SCP160	P06105	1222 aa	Known RBP RIP-Chip data	2.99	□□□□□ -1.93	RIP-Chip
TOM1	YDR457W	PWP1	P21304	576 aa	Known RBP	2.99	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	YHR078W	P38799	552 aa		2.99	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	INA22	P40576	216 aa		2.99	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	SNX41	Q04053	625 aa		2.99	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	UBX2	Q04228	584 aa		2.99	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	GTB1	Q04924	702 aa		2.99	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	RED1	P14291	827 aa		2.99	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	MET4	P32389	672 aa		2.99	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	SPO1	P53541	631 aa		2.99	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	BNI5	P53890	448 aa	Known RBP	2.99	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	KTR5	P53966	522 aa	Predicted RBP	2.99	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	TIM50	Q02776	476 aa		2.99	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	SEC15	P22224	910 aa		2.99	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	KCC4	P25389	1037 aa		2.99	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	MDL2	P33311	773 aa		2.99	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	ATG14	P38270	344 aa		2.99	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	HRQ1	Q05549	1077 aa		2.99	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	DBP9	Q06218	594 aa	Known RBP	2.99	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	SSF2	Q12153	453 aa	Predicted RBP	2.99	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	GSY1	P23337	708 aa		2.99	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	YMR111C	Q04461	462 aa	Predicted RBP	2.99	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	CDC48	P25694	835 aa	Known RBP	2.99	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	RAD9	P14737	1309 aa		2.99	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	CSE1	P33307	960 aa		2.99	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	ERB1	Q04660	807 aa	Known RBP	2.99	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	NUP133	P36161	1157 aa		2.99	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	KAP123	P40069	1113 aa	Known RBP	2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	RRN3	P36070	627 aa		2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	SLX1	P38324	304 aa		2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	VPS8	P39702	1274 aa		2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	PDS1	P40316	373 aa	Predicted RBP	2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	LGE1	Q02796	332 aa	Known RBP	2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	YPR078C	Q06813	372 aa		2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	ROX1	P25042	368 aa		2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	SMY1	P32364	656 aa	Known RBP	2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	VPS41	P38959	992 aa		2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	CCT3	P39077	534 aa	Known RBP	2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	CMD1	P06787	147 aa	Known RBP	2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	CDC16	P09798	840 aa		2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	PCT1	P13259	424 aa		2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	SEC63	P14906	663 aa		2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	SNT1	P25357	1226 aa		2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	MRS6	P32864	603 aa	Known RBP	2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	TDA11	P38854	504 aa		2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	NAN1	Q02931	896 aa	Known RBP	2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	MCM21	Q06675	368 aa		2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	YVC1	Q12324	675 aa		2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	MSP1	P28737	362 aa		2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	SSP1	P38871	571 aa		2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	VPS75	P53853	264 aa		2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	VPS20	Q04272	221 aa		2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	FCF2	Q12035	217 aa	Predicted RBP	2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	ATG9	Q12142	997 aa		2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	GCD2	P12754	651 aa	Predicted RBP	2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	OPT1	P40897	799 aa		2.98	□□□□□ -1.93

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