RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000639501.1

PMS1-222, Transcript of PMS1 homolog 1, mismatch repair system component, human

TSL 5 BASIC

Gene PMS1, Length 2,506 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PMS1-222	ENST00000639501	NOP58	Q9Y2X3	529 aa	Known RBP	28.09	■■■□□ 2.09
PMS1-222	ENST00000639501	CCDC7	Q96M83	1385 aa		28.08	■■■□□ 2.09
PMS1-222	ENST00000639501	NCOA1	Q15788	1441 aa		28.08	■■■□□ 2.09
PMS1-222	ENST00000639501	KDM6B	O15054	1643 aa		28.08	■■■□□ 2.09
PMS1-222	ENST00000639501	HECW1	Q76N89	1606 aa		28.08	■■■□□ 2.09
PMS1-222	ENST00000639501	NBR1	Q14596	966 aa		28.07	■■■□□ 2.08
PMS1-222	ENST00000639501	CHIC2	Q9UKJ5	165 aa		28.05	■■■□□ 2.08
PMS1-222	ENST00000639501	SUPT6H	Q7KZ85	1726 aa	Known RBP	28.04	■■■□□ 2.08
PMS1-222	ENST00000639501	FBLN2	P98095	1184 aa		28.03	■■■□□ 2.08
PMS1-222	ENST00000639501	GCC2	Q8IWJ2	1684 aa		28.02	■■■□□ 2.08
PMS1-222	ENST00000639501	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	28.01	■■■□□ 2.08
PMS1-222	ENST00000639501	L3MBTL2	Q969R5	705 aa		28.01	■■■□□ 2.07
PMS1-222	ENST00000639501	SYNJ2	O15056	1496 aa		28.01	■■■□□ 2.07
PMS1-222	ENST00000639501	GRIN2A	Q12879	1464 aa		28	■■■□□ 2.07
PMS1-222	ENST00000639501	AKNA	Q7Z591	1439 aa		28	■■■□□ 2.07
PMS1-222	ENST00000639501	FOXD1	Q16676	465 aa		27.98	■■■□□ 2.07
PMS1-222	ENST00000639501	UGGT2	Q9NYU1	1516 aa		27.98	■■■□□ 2.07
PMS1-222	ENST00000639501	MAGI3	Q5TCQ9	1506 aa		27.98	■■■□□ 2.07
PMS1-222	ENST00000639501	EHBP1L1	Q8N3D4	1523 aa		27.97	■■■□□ 2.07
PMS1-222	ENST00000639501	SAMD9	Q5K651	1589 aa		27.97	■■■□□ 2.07
PMS1-222	ENST00000639501	ARHGEF11	O15085	1522 aa		27.94	■■■□□ 2.06
PMS1-222	ENST00000639501	NBPF8	Q3BBV2	869 aa		27.92	■■■□□ 2.06
PMS1-222	ENST00000639501	KIF7	Q2M1P5	1343 aa		27.91	■■■□□ 2.06
PMS1-222	ENST00000639501	MPHOSPH9	Q99550	1183 aa		27.91	■■■□□ 2.06
PMS1-222	ENST00000639501	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	27.88	■■■□□ 2.05
PMS1-222	ENST00000639501	SMG6	Q86US8	1419 aa	Known RBP	27.88	■■■□□ 2.05
PMS1-222	ENST00000639501	IQGAP2	Q13576	1575 aa		27.87	■■■□□ 2.05
PMS1-222	ENST00000639501	POLR1A	O95602	1720 aa	Predicted RBP	27.86	■■■□□ 2.05
PMS1-222	ENST00000639501	SPATA31E1	Q6ZUB1	1445 aa		27.85	■■■□□ 2.05
PMS1-222	ENST00000639501	CEP170	Q5SW79	1584 aa		27.85	■■■□□ 2.05
PMS1-222	ENST00000639501	TEX14	Q8IWB6	1497 aa		27.84	■■■□□ 2.05
PMS1-222	ENST00000639501	SENP3-EIF4A1	A0A087X0R7	540 aa		27.83	■■■□□ 2.05
PMS1-222	ENST00000639501	CNGB1	Q14028	1251 aa	Predicted RBP	27.82	■■■□□ 2.04
PMS1-222	ENST00000639501	KIAA0586	Q9BVV6	1533 aa		27.82	■■■□□ 2.04
PMS1-222	ENST00000639501	CHD1	O14646	1710 aa		27.81	■■■□□ 2.04
PMS1-222	ENST00000639501	RNF123	Q5XPI4	1314 aa		27.81	■■■□□ 2.04
PMS1-222	ENST00000639501	CCDC136	Q96JN2	1154 aa		27.81	■■■□□ 2.04
PMS1-222	ENST00000639501	IPO9	Q96P70	1041 aa	Known RBP	27.81	■■■□□ 2.04
PMS1-222	ENST00000639501	NUDC	Q9Y266	331 aa		27.8	■■■□□ 2.04
PMS1-222	ENST00000639501	RPRD2	Q5VT52	1461 aa	Known RBP	27.79	■■■□□ 2.04
PMS1-222	ENST00000639501	ANP32A	P39687	249 aa	Known RBP	27.77	■■■□□ 2.04
PMS1-222	ENST00000639501	NUP160	Q12769	1436 aa		27.77	■■■□□ 2.04
PMS1-222	ENST00000639501	ANKRD30B	Q9BXX2	1392 aa		27.77	■■■□□ 2.04
PMS1-222	ENST00000639501	DHX29	Q7Z478	1369 aa	Known RBP	27.77	■■■□□ 2.04
PMS1-222	ENST00000639501	PRKCSH	P14314	528 aa	Predicted RBP	27.7	■■■□□ 2.02
PMS1-222	ENST00000639501	ZBTB47	Q9UFB7	747 aa	Predicted RBP	27.7	■■■□□ 2.02
PMS1-222	ENST00000639501	BCORL1	Q5H9F3	1711 aa		27.68	■■■□□ 2.02
PMS1-222	ENST00000639501	RTL5	Q5HYW3	569 aa	Predicted RBP	27.66	■■■□□ 2.02
PMS1-222	ENST00000639501	CDK13	Q14004	1512 aa	Known RBP	27.65	■■■□□ 2.02
PMS1-222	ENST00000639501	POLR3GL	Q9BT43	218 aa		27.64	■■■□□ 2.01
PMS1-222	ENST00000639501	MIA2	Q96PC5	1412 aa		27.62	■■■□□ 2.01
PMS1-222	ENST00000639501	ANO8	Q9HCE9	1232 aa	Predicted RBP	27.62	■■■□□ 2.01
PMS1-222	ENST00000639501	JPH4	Q96JJ6	628 aa		27.62	■■■□□ 2.01
PMS1-222	ENST00000639501	EPRS	P07814	1512 aa	Known RBP	27.61	■■■□□ 2.01
PMS1-222	ENST00000639501	ARID3C	A6NKF2	412 aa		27.61	■■■□□ 2.01
PMS1-222	ENST00000639501	DISP1	Q96F81	1524 aa		27.61	■■■□□ 2.01
PMS1-222	ENST00000639501	KIAA0556	O60303	1618 aa		27.59	■■■□□ 2.01
PMS1-222	ENST00000639501	DAPK1	P53355	1430 aa		27.58	■■■□□ 2.01
PMS1-222	ENST00000639501	IL27	Q8NEV9	243 aa		27.58	■■■□□ 2
PMS1-222	ENST00000639501	SLC4A1AP	Q9BWU0	796 aa	Known RBP	27.58	■■■□□ 2
PMS1-222	ENST00000639501	PNISR	Q8TF01	805 aa	Known RBP	27.57	■■■□□ 2
PMS1-222	ENST00000639501	NPM2	Q86SE8	214 aa	Known RBP	27.56	■■■□□ 2
PMS1-222	ENST00000639501	USP47	Q96K76	1375 aa		27.55	■■■□□ 2
PMS1-222	ENST00000639501	MBD5	Q9P267	1494 aa		27.54	■■■□□ 2
PMS1-222	ENST00000639501	ABCC5	O15440	1437 aa		27.52	■■■□□ 2
PMS1-222	ENST00000639501	ROCK1	Q13464	1354 aa		27.52	■■■□□ 2
PMS1-222	ENST00000639501	ZNF326	Q5BKZ1	582 aa	Known RBP	27.5	■■□□□ 1.99
PMS1-222	ENST00000639501	SALL2	Q9Y467	1007 aa	Predicted RBP	27.5	■■□□□ 1.99
PMS1-222	ENST00000639501	DNMT1	P26358	1616 aa	Known RBP	27.5	■■□□□ 1.99
PMS1-222	ENST00000639501	ZNF644	Q9H582	1327 aa	Predicted RBP	27.5	■■□□□ 1.99
PMS1-222	ENST00000639501	CARMIL2	Q6F5E8	1435 aa		27.49	■■□□□ 1.99
PMS1-222	ENST00000639501	KDM5C	P41229	1560 aa		27.49	■■□□□ 1.99
PMS1-222	ENST00000639501	PZP	P20742	1482 aa		27.49	■■□□□ 1.99
PMS1-222	ENST00000639501	EXOC6	Q8TAG9	804 aa		27.48	■■□□□ 1.99
PMS1-222	ENST00000639501	LAS1L	Q9Y4W2	734 aa	Known RBP	27.48	■■□□□ 1.99
PMS1-222	ENST00000639501	TMC1	Q8TDI8	760 aa		27.46	■■□□□ 1.99
PMS1-222	ENST00000639501	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	27.46	■■□□□ 1.99
PMS1-222	ENST00000639501	RRP1	P56182	461 aa	Known RBP	27.45	■■□□□ 1.99
PMS1-222	ENST00000639501	RTN4	Q9NQC3	1192 aa	Known RBP	27.45	■■□□□ 1.99
PMS1-222	ENST00000639501	KIF14	Q15058	1648 aa		27.44	■■□□□ 1.98
PMS1-222	ENST00000639501	LRPPRC	P42704	1394 aa	Known RBP	27.43	■■□□□ 1.98
PMS1-222	ENST00000639501	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		27.42	■■□□□ 1.98
PMS1-222	ENST00000639501	SHROOM2	Q13796	1616 aa		27.41	■■□□□ 1.98
PMS1-222	ENST00000639501	PDE4A	P27815	886 aa		27.41	■■□□□ 1.98
PMS1-222	ENST00000639501	NEFM	P07197	916 aa		27.4	■■□□□ 1.98
PMS1-222	ENST00000639501	TCERG1	O14776	1098 aa	Known RBP	27.38	■■□□□ 1.97
PMS1-222	ENST00000639501	BACH2	Q9BYV9	841 aa		27.36	■■□□□ 1.97
PMS1-222	ENST00000639501	ARID4B	Q4LE39	1312 aa	Predicted RBP	27.34	■■□□□ 1.97
PMS1-222	ENST00000639501	RCAN3	Q9UKA8	241 aa		27.33	■■□□□ 1.97
PMS1-222	ENST00000639501	KIF15	Q9NS87	1388 aa		27.33	■■□□□ 1.97
PMS1-222	ENST00000639501	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		27.33	■■□□□ 1.97
PMS1-222	ENST00000639501	KIAA1107	Q9UPP5	1409 aa		27.32	■■□□□ 1.96
PMS1-222	ENST00000639501	SKAP1	Q86WV1	359 aa		27.31	■■□□□ 1.96
PMS1-222	ENST00000639501	ROCK2	O75116	1388 aa	Known RBP	27.31	■■□□□ 1.96
PMS1-222	ENST00000639501	RAPGEF6	Q8TEU7	1601 aa		27.31	■■□□□ 1.96
PMS1-222	ENST00000639501	BRD4	O60885	1362 aa	Predicted RBP	27.3	■■□□□ 1.96
PMS1-222	ENST00000639501	PLB1	Q6P1J6	1458 aa		27.3	■■□□□ 1.96
PMS1-222	ENST00000639501	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		27.3	■■□□□ 1.96
PMS1-222	ENST00000639501	MYBBP1A	Q9BQG0	1328 aa	Known RBP	27.29	■■□□□ 1.96
PMS1-222	ENST00000639501	RALGAPB	Q86X10	1494 aa		27.28	■■□□□ 1.96

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