RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558469.5

CUX1-216, Transcript of cut like homeobox 1, humanhuman

TSL 4

Gene CUX1, Length 588 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1-216ENST00000558469 ITSN2Q9NZM3 1697 aa14.85□□□□□ -0.03
CUX1-216ENST00000558469 CDC42BPBQ9Y5S2 1711 aa14.84□□□□□ -0.03
CUX1-216ENST00000558469 FAM69CQ0P6D2 419 aa14.84□□□□□ -0.03
CUX1-216ENST00000558469 MAP3K4Q9Y6R4 1608 aa14.84□□□□□ -0.03
CUX1-216ENST00000558469 CCNB3Q8WWL7 1395 aa14.84□□□□□ -0.03
CUX1-216ENST00000558469 PREX2Q70Z35 1606 aa14.82□□□□□ -0.04
CUX1-216ENST00000558469 DMRT2Q9Y5R5 561 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-216ENST00000558469 PHLDB1Q86UU1 1377 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-216ENST00000558469 TRHP20396 242 aaPredicted RBP14.8□□□□□ -0.04
CUX1-216ENST00000558469 GPATCH8Q9UKJ3 1502 aaKnown RBP14.8□□□□□ -0.04
CUX1-216ENST00000558469 MYOM3Q5VTT5 1437 aa14.79□□□□□ -0.04
CUX1-216ENST00000558469 CD109Q6YHK3 1445 aa14.79□□□□□ -0.04
CUX1-216ENST00000558469 ARHGAP5Q13017 1502 aa14.77□□□□□ -0.04
CUX1-216ENST00000558469 PLCH2O75038 1416 aa14.77□□□□□ -0.04
CUX1-216ENST00000558469 PPRC1Q5VV67 1664 aaKnown RBP14.77□□□□□ -0.05
CUX1-216ENST00000558469 CFDP1Q9UEE9 299 aaPredicted RBP14.76□□□□□ -0.05
CUX1-216ENST00000558469 PTPN23Q9H3S7 1636 aa14.75□□□□□ -0.05
CUX1-216ENST00000558469 ARAP3Q8WWN8 1544 aa14.75□□□□□ -0.05
CUX1-216ENST00000558469 FGD6Q6ZV73 1430 aa14.75□□□□□ -0.05
CUX1-216ENST00000558469 CFAP74Q9C0B2 1584 aa14.74□□□□□ -0.05
CUX1-216ENST00000558469 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP14.74□□□□□ -0.05
CUX1-216ENST00000558469 MIA2Q96PC5 1412 aa14.73□□□□□ -0.05
CUX1-216ENST00000558469 FANCAO15360 1455 aa14.72□□□□□ -0.05
CUX1-216ENST00000558469 EFCAB2Q5VUJ9 269 aa14.72□□□□□ -0.05
CUX1-216ENST00000558469 SAMD9LQ8IVG5 1584 aa14.72□□□□□ -0.05
CUX1-216ENST00000558469 CAMSAP2Q08AD1 1489 aa14.7□□□□□ -0.06
CUX1-216ENST00000558469 ZNF644Q9H582 1327 aaPredicted RBP14.7□□□□□ -0.06
CUX1-216ENST00000558469 TEX14Q8IWB6 1497 aa14.69□□□□□ -0.06
CUX1-216ENST00000558469 RRBP1Q9P2E9 1410 aaKnown RBP14.69□□□□□ -0.06
CUX1-216ENST00000558469 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP14.69□□□□□ -0.06
CUX1-216ENST00000558469 TCOF1Q13428 1488 aaKnown RBP14.68□□□□□ -0.06
CUX1-216ENST00000558469 NEO1Q92859 1461 aa14.68□□□□□ -0.06
CUX1-216ENST00000558469 AKNAQ7Z591 1439 aa14.67□□□□□ -0.06
CUX1-216ENST00000558469 ABCC1P33527 1531 aa14.66□□□□□ -0.06
CUX1-216ENST00000558469 SYCP2Q9BX26 1530 aa14.66□□□□□ -0.06
CUX1-216ENST00000558469 ADGRL1O94910 1474 aa14.65□□□□□ -0.06
CUX1-216ENST00000558469 PLEKHH2Q8IVE3 1493 aa14.64□□□□□ -0.07
CUX1-216ENST00000558469 HNRNPMP52272 730 aaKnown RBP eCLIP14.64□□□□□ -0.079e-7■■■□□ 19.2
CUX1-216ENST00000558469 DNMT1P26358 1616 aaKnown RBP14.63□□□□□ -0.07
CUX1-216ENST00000558469 ARHGEF12Q9NZN5 1544 aa14.63□□□□□ -0.07
CUX1-216ENST00000558469 CROCC2H7BZ55 1655 aa14.63□□□□□ -0.07
CUX1-216ENST00000558469 SCAPERQ9BY12 1400 aa14.63□□□□□ -0.07
CUX1-216ENST00000558469 DROSHAQ9NRR4 1374 aaKnown RBP eCLIP14.62□□□□□ -0.07
CUX1-216ENST00000558469 ARHGEF5Q12774 1597 aa14.62□□□□□ -0.07
CUX1-216ENST00000558469 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP14.62□□□□□ -0.07
CUX1-216ENST00000558469 KIAA1107Q9UPP5 1409 aa14.62□□□□□ -0.07
CUX1-216ENST00000558469 RICTORQ6R327 1708 aa14.61□□□□□ -0.07
CUX1-216ENST00000558469 ITGAEP38570 1179 aa14.61□□□□□ -0.07
CUX1-216ENST00000558469 MBD5Q9P267 1494 aa14.61□□□□□ -0.07
CUX1-216ENST00000558469 DAPK1P53355 1430 aa14.58□□□□□ -0.07
CUX1-216ENST00000558469 TRAPPC8Q9Y2L5 1435 aa14.58□□□□□ -0.07
CUX1-216ENST00000558469 DENND4BO75064 1496 aaPredicted RBP14.58□□□□□ -0.08
CUX1-216ENST00000558469 CCDC141Q6ZP82 1450 aa14.58□□□□□ -0.08
CUX1-216ENST00000558469 KDM6BO15054 1643 aa14.57□□□□□ -0.08
CUX1-216ENST00000558469 RAPGEF3O95398 923 aa14.57□□□□□ -0.08
CUX1-216ENST00000558469 RSPH4AQ5TD94 716 aa14.57□□□□□ -0.08
CUX1-216ENST00000558469 AFAP1Q8N556 730 aa14.57□□□□□ -0.08
CUX1-216ENST00000558469 ADGBQ8N7X0 1667 aa14.57□□□□□ -0.08
CUX1-216ENST00000558469 ABCC5O15440 1437 aa14.57□□□□□ -0.08
CUX1-216ENST00000558469 POGZQ7Z3K3 1410 aa14.57□□□□□ -0.08
CUX1-216ENST00000558469 ZNF518AQ6AHZ1 1483 aa14.57□□□□□ -0.08
CUX1-216ENST00000558469 FRMPD1Q5SYB0 1578 aa14.56□□□□□ -0.08
CUX1-216ENST00000558469 CNKSR2Q8WXI2 1034 aa14.56□□□□□ -0.08
CUX1-216ENST00000558469 TSPY4P0CV99 314 aa14.55□□□□□ -0.08
CUX1-216ENST00000558469 TSPY10P0CW01 314 aa14.55□□□□□ -0.08
CUX1-216ENST00000558469 COL17A1Q9UMD9 1497 aaPredicted RBP14.55□□□□□ -0.08
CUX1-216ENST00000558469 KDM5CP41229 1560 aa14.55□□□□□ -0.08
CUX1-216ENST00000558469 CHIC2Q9UKJ5 165 aa14.54□□□□□ -0.08
CUX1-216ENST00000558469 PTPRKQ15262 1439 aa14.54□□□□□ -0.08
CUX1-216ENST00000558469 KIDINS220Q9ULH0 1771 aa14.53□□□□□ -0.08
CUX1-216ENST00000558469 MAST1Q9Y2H9 1570 aa14.53□□□□□ -0.08
CUX1-216ENST00000558469 SHANK2Q9UPX8 1470 aa14.53□□□□□ -0.08
CUX1-216ENST00000558469 HECW2Q9P2P5 1572 aa14.52□□□□□ -0.08
CUX1-216ENST00000558469 INO80Q9ULG1 1556 aaPredicted RBP14.52□□□□□ -0.08
CUX1-216ENST00000558469 C9orf84Q5VXU9 1444 aa14.52□□□□□ -0.08
CUX1-216ENST00000558469 SPAG9O60271 1321 aaKnown RBP14.52□□□□□ -0.08
CUX1-216ENST00000558469 MYT1LQ9UL68 1186 aa14.52□□□□□ -0.09
CUX1-216ENST00000558469 ATP7AQ04656 1500 aa14.51□□□□□ -0.09
CUX1-216ENST00000558469 PCGF6Q9BYE7 350 aa14.5□□□□□ -0.09
CUX1-216ENST00000558469 ZMYM4Q5VZL5 1548 aa14.5□□□□□ -0.09
CUX1-216ENST00000558469 ZFYVE16Q7Z3T8 1539 aa14.5□□□□□ -0.09
CUX1-216ENST00000558469 RTEL1-TNFRSF6BF6WH68 1400 aa14.49□□□□□ -0.09
CUX1-216ENST00000558469 PLXNC1O60486 1568 aa14.48□□□□□ -0.09
CUX1-216ENST00000558469 MLH3Q9UHC1 1453 aa14.48□□□□□ -0.09
CUX1-216ENST00000558469 ADGRL2O95490 1459 aa14.47□□□□□ -0.09
CUX1-216ENST00000558469 RRP7BPQ9NSQ0 103 aa14.47□□□□□ -0.09
CUX1-216ENST00000558469 ABCA6Q8N139 1617 aa14.47□□□□□ -0.09
CUX1-216ENST00000558469 ANKRD30AQ9BXX3 1397 aa14.47□□□□□ -0.09
CUX1-216ENST00000558469 GCC2Q8IWJ2 1684 aa14.46□□□□□ -0.09
CUX1-216ENST00000558469 NCOA1Q15788 1441 aa14.46□□□□□ -0.09
CUX1-216ENST00000558469 ROCK1Q13464 1354 aa14.46□□□□□ -0.1
CUX1-216ENST00000558469 MAGI2Q86UL8 1455 aa14.45□□□□□ -0.1
CUX1-216ENST00000558469 DIP2CQ9Y2E4 1556 aa14.45□□□□□ -0.1
CUX1-216ENST00000558469 YEATS2Q9ULM3 1422 aa14.43□□□□□ -0.1
CUX1-216ENST00000558469 KIF15Q9NS87 1388 aa14.43□□□□□ -0.1
CUX1-216ENST00000558469 ARHGEF40Q8TER5 1519 aa14.42□□□□□ -0.1
CUX1-216ENST00000558469 NCBP3Q53F19 620 aaKnown RBP14.42□□□□□ -0.1
CUX1-216ENST00000558469 HFM1A2PYH4 1435 aa14.41□□□□□ -0.1
CUX1-216ENST00000558469 NAIPQ13075 1403 aa14.41□□□□□ -0.1
CUX1-216ENST00000558469 DUOX2Q9NRD8 1548 aa14.41□□□□□ -0.1
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 46.4 ms