RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000512193.5

NEK1-208, Transcript of NIMA related kinase 1, human

APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC

Gene NEK1, Length 4,430 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NEK1-208	ENST00000512193	KRTAP4-5	Q9BYR2	181 aa		3.71	□□□□□ -1.82
NEK1-208	ENST00000512193	PRO2289	Q9P1D8	64 aa		3.7	□□□□□ -1.82
NEK1-208	ENST00000512193	FAT1	Q14517	4588 aa		3.65	□□□□□ -1.83
NEK1-208	ENST00000512193	KRTAP15-1	Q3LI76	137 aa		3.64	□□□□□ -1.83
NEK1-208	ENST00000512193	VPS13D	Q5THJ4	4388 aa		3.61	□□□□□ -1.83
NEK1-208	ENST00000512193	LOR	P23490	312 aa	Predicted RBP	3.6	□□□□□ -1.83
NEK1-208	ENST00000512193	STARD9	Q9P2P6	4700 aa		3.6	□□□□□ -1.83
NEK1-208	ENST00000512193	DNAH17	Q9UFH2	4485 aa		3.6	□□□□□ -1.83
NEK1-208	ENST00000512193	LRP1B	Q9NZR2	4599 aa		3.6	□□□□□ -1.83
NEK1-208	ENST00000512193	DNAH8	Q96JB1	4490 aa		3.59	□□□□□ -1.83
NEK1-208	ENST00000512193	DYNC1H1	Q14204	4646 aa	Known RBP	3.57	□□□□□ -1.84
NEK1-208	ENST00000512193	DNAH2	Q9P225	4427 aa		3.54	□□□□□ -1.84
NEK1-208	ENST00000512193	PRKDC	P78527	4128 aa	Known RBP	3.54	□□□□□ -1.84
NEK1-208	ENST00000512193	MYCBP2	O75592	4640 aa		3.52	□□□□□ -1.85
NEK1-208	ENST00000512193	RYR1	P21817	5038 aa		3.51	□□□□□ -1.85
NEK1-208	ENST00000512193	ALMS1	Q8TCU4	4167 aa		3.51	□□□□□ -1.85
NEK1-208	ENST00000512193	KMT2A	Q03164	3969 aa		3.5	□□□□□ -1.85
NEK1-208	ENST00000512193	LYST	Q99698	3801 aa		3.5	□□□□□ -1.85
NEK1-208	ENST00000512193	LCE2D	Q5TA82	110 aa	Predicted RBP	3.49	□□□□□ -1.85
NEK1-208	ENST00000512193	KRTAP4-1	Q9BYQ7	146 aa		3.47	□□□□□ -1.85
NEK1-208	ENST00000512193	ANK2	Q01484	3957 aa		3.47	□□□□□ -1.85
NEK1-208	ENST00000512193	SACS	Q9NZJ4	4579 aa		3.46	□□□□□ -1.86
NEK1-208	ENST00000512193	KIAA1109	Q2LD37	5005 aa		3.44	□□□□□ -1.86
NEK1-208	ENST00000512193	KRTAP10-12	P60413	245 aa		3.44	□□□□□ -1.86
NEK1-208	ENST00000512193	VPS13B	Q7Z7G8	4022 aa		3.42	□□□□□ -1.86
NEK1-208	ENST00000512193	DNAH3	Q8TD57	4116 aa		3.42	□□□□□ -1.86
NEK1-208	ENST00000512193	DYNC2H1	Q8NCM8	4307 aa	Known RBP	3.42	□□□□□ -1.86
NEK1-208	ENST00000512193	LCE3A	Q5TA76	89 aa		3.41	□□□□□ -1.86
NEK1-208	ENST00000512193	APOB	P04114	4563 aa	Known RBP	3.41	□□□□□ -1.86
NEK1-208	ENST00000512193	KRTAP12-3	P60328	96 aa		3.39	□□□□□ -1.87
NEK1-208	ENST00000512193	FAT2	Q9NYQ8	4349 aa		3.39	□□□□□ -1.87
NEK1-208	ENST00000512193	FAT3	Q8TDW7	4589 aa		3.38	□□□□□ -1.87
NEK1-208	ENST00000512193	LRP1	Q07954	4544 aa	Known RBP	3.38	□□□□□ -1.87
NEK1-208	ENST00000512193	KRTAP17-1	Q9BYP8	105 aa		3.38	□□□□□ -1.87
NEK1-208	ENST00000512193	FRAS1	Q86XX4	4008 aa		3.36	□□□□□ -1.87
NEK1-208	ENST00000512193	KRTAP23-1	A1A580	65 aa		3.36	□□□□□ -1.87
NEK1-208	ENST00000512193	DNAH6	Q9C0G6	4158 aa		3.34	□□□□□ -1.87
NEK1-208	ENST00000512193	RYR3	Q15413	4870 aa		3.34	□□□□□ -1.88
NEK1-208	ENST00000512193	DNAH7	Q8WXX0	4024 aa		3.3	□□□□□ -1.88
NEK1-208	ENST00000512193	CMYA5	Q8N3K9	4069 aa		3.3	□□□□□ -1.88
NEK1-208	ENST00000512193	INE1	O15225	51 aa		3.28	□□□□□ -1.88
NEK1-208	ENST00000512193	HECTD4	Q9Y4D8	3996 aa		3.28	□□□□□ -1.88
NEK1-208	ENST00000512193	CRCT1	Q9UGL9	99 aa		3.27	□□□□□ -1.89
NEK1-208	ENST00000512193	MT1H	P80294	61 aa		3.25	□□□□□ -1.89
NEK1-208	ENST00000512193	LRP2	P98164	4655 aa		3.25	□□□□□ -1.89
NEK1-208	ENST00000512193	MT2A	P02795	61 aa		3.25	□□□□□ -1.89
NEK1-208	ENST00000512193	SPRR2G	Q9BYE4	73 aa		3.24	□□□□□ -1.89
NEK1-208	ENST00000512193	HYDIN	Q4G0P3	5121 aa		3.22	□□□□□ -1.89
NEK1-208	ENST00000512193	MT1F	P04733	61 aa		3.21	□□□□□ -1.9
NEK1-208	ENST00000512193	PKHD1	P08F94	4074 aa		3.2	□□□□□ -1.9
NEK1-208	ENST00000512193	KMT2C	Q8NEZ4	4911 aa	Known RBP	3.19	□□□□□ -1.9
NEK1-208	ENST00000512193	RYR2	Q92736	4967 aa		3.17	□□□□□ -1.9
NEK1-208	ENST00000512193	HERC2	O95714	4834 aa		3.15	□□□□□ -1.9
NEK1-208	ENST00000512193	KRTAP19-1	Q8IUB9	90 aa		3.13	□□□□□ -1.91
NEK1-208	ENST00000512193	KRTAP8-1	Q8IUC2	63 aa		3.11	□□□□□ -1.91
NEK1-208	ENST00000512193	HSPG2	P98160	4391 aa		3.07	□□□□□ -1.92
NEK1-208	ENST00000512193	KRTAP19-5	Q3LI72	72 aa		3.07	□□□□□ -1.92
NEK1-208	ENST00000512193	KRTAP10-5	P60370	271 aa		3.06	□□□□□ -1.92
NEK1-208	ENST00000512193	BIRC6	Q9NR09	4857 aa		3.05	□□□□□ -1.92
NEK1-208	ENST00000512193	LPA	P08519	4548 aa		3.05	□□□□□ -1.92
NEK1-208	ENST00000512193	EPPK1	P58107	5090 aa	Known RBP	3.04	□□□□□ -1.92
NEK1-208	ENST00000512193	PKD1	P98161	4303 aa		3.04	□□□□□ -1.92
NEK1-208	ENST00000512193	KRTAP10-7	P60409	375 aa	Predicted RBP	3.03	□□□□□ -1.92
NEK1-208	ENST00000512193	KRTAP19-8	Q3LI54	63 aa		3.02	□□□□□ -1.93
NEK1-208	ENST00000512193	LCE2B	O14633	110 aa		3.02	□□□□□ -1.93
NEK1-208	ENST00000512193	LCE3C	Q5T5A8	94 aa		3	□□□□□ -1.93
NEK1-208	ENST00000512193	LCE2C	Q5TA81	110 aa		2.99	□□□□□ -1.93
NEK1-208	ENST00000512193	MT1X	P80297	61 aa		2.99	□□□□□ -1.93
NEK1-208	ENST00000512193	PCLO	Q9Y6V0	5065 aa		2.98	□□□□□ -1.93
NEK1-208	ENST00000512193	MT1B	P07438	61 aa		2.98	□□□□□ -1.93
NEK1-208	ENST00000512193	KRTAP9-8	Q9BYQ0	159 aa		2.98	□□□□□ -1.93
NEK1-208	ENST00000512193	HERC1	Q15751	4861 aa		2.94	□□□□□ -1.94
NEK1-208	ENST00000512193	KRTAP19-2	Q3LHN2	52 aa		2.94	□□□□□ -1.94
NEK1-208	ENST00000512193	SPRR5	A0A1B0GTR4	108 aa		2.92	□□□□□ -1.94
NEK1-208	ENST00000512193	MUC17	Q685J3	4493 aa		2.92	□□□□□ -1.94
NEK1-208	ENST00000512193	ABCA13	Q86UQ4	5058 aa		2.9	□□□□□ -1.94
NEK1-208	ENST00000512193	KRTAP4-8	A0A0G2JLE6	195 aa		2.9	□□□□□ -1.94
NEK1-208	ENST00000512193	KRTAP4-8	Q9BYQ9	185 aa		2.9	□□□□□ -1.94
NEK1-208	ENST00000512193	TNXB	P22105	4242 aa		2.9	□□□□□ -1.95
NEK1-208	ENST00000512193	SPRR2F	Q96RM1	72 aa		2.89	□□□□□ -1.95
NEK1-208	ENST00000512193	PKHD1L1	Q86WI1	4243 aa		2.89	□□□□□ -1.95
NEK1-208	ENST00000512193	KRTAP9-3	Q9BYQ3	159 aa		2.88	□□□□□ -1.95
NEK1-208	ENST00000512193	LCE2A	Q5TA79	106 aa	Predicted RBP	2.86	□□□□□ -1.95
NEK1-208	ENST00000512193	SYNE1	Q8NF91	8797 aa	Known RBP	2.85	□□□□□ -1.95
NEK1-208	ENST00000512193	UBR4	Q5T4S7	5183 aa		2.84	□□□□□ -1.96
NEK1-208	ENST00000512193	FLG	P20930	4061 aa	Predicted RBP	2.84	□□□□□ -1.96
NEK1-208	ENST00000512193	KRTAP19-4	Q3LI73	84 aa		2.8	□□□□□ -1.96
NEK1-208	ENST00000512193	FSIP2	Q5CZC0	6907 aa		2.78	□□□□□ -1.97
NEK1-208	ENST00000512193	LOC100996750	A0A140TA64	210 aa		2.77	□□□□□ -1.97
NEK1-208	ENST00000512193	MT1G	P13640	62 aa		2.77	□□□□□ -1.97
NEK1-208	ENST00000512193	KRTAP4-6	Q9BYQ5	205 aa		2.77	□□□□□ -1.97
NEK1-208	ENST00000512193	KRTAP4-7	Q9BYR0	210 aa		2.77	□□□□□ -1.97
NEK1-208	ENST00000512193	MUC2	Q02817	5179 aa		2.76	□□□□□ -1.97
NEK1-208	ENST00000512193	FAT4	Q6V0I7	4981 aa		2.75	□□□□□ -1.97
NEK1-208	ENST00000512193	RNF213	Q63HN8	5207 aa		2.74	□□□□□ -1.97
NEK1-208	ENST00000512193	LCE3B	Q5TA77	95 aa		2.73	□□□□□ -1.97
NEK1-208	ENST00000512193	HMCN2	Q8NDA2	5059 aa		2.73	□□□□□ -1.97
NEK1-208	ENST00000512193	KRTAP12-4	P60329	112 aa		2.72	□□□□□ -1.97
NEK1-208	ENST00000512193	MT1L	Q93083	61 aa		2.67	□□□□□ -1.98
NEK1-208	ENST00000512193	MT1E	P04732	61 aa		2.65	□□□□□ -1.98

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