RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000512193.5

NEK1-208, Transcript of NIMA related kinase 1, human

APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC

Gene NEK1, Length 4,430 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NEK1-208	ENST00000512193	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		14.04	□□□□□ -0.16
NEK1-208	ENST00000512193	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		14.02	□□□□□ -0.17
NEK1-208	ENST00000512193	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	13.64	□□□□□ -0.23
NEK1-208	ENST00000512193	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		13.48	□□□□□ -0.25
NEK1-208	ENST00000512193	EHMT2	Q96KQ7	1210 aa		13.07	□□□□□ -0.32
NEK1-208	ENST00000512193	PCGF6	Q9BYE7	350 aa		12.88	□□□□□ -0.35
NEK1-208	ENST00000512193	FAM9A	Q8IZU1	332 aa	Predicted RBP	12.82	□□□□□ -0.36
NEK1-208	ENST00000512193	TTBK1	Q5TCY1	1321 aa	Predicted RBP	12.63	□□□□□ -0.39
NEK1-208	ENST00000512193	TRIM41	Q8WV44	630 aa		12.57	□□□□□ -0.4
NEK1-208	ENST00000512193	APLP2	Q06481	763 aa		12.51	□□□□□ -0.41
NEK1-208	ENST00000512193	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		12.41	□□□□□ -0.42
NEK1-208	ENST00000512193	CCER1	Q8TC90	406 aa	Predicted RBP	12.41	□□□□□ -0.42
NEK1-208	ENST00000512193	ZEB1	P37275	1124 aa	Predicted RBP	12.4	□□□□□ -0.42
NEK1-208	ENST00000512193	RANGAP1	P46060	587 aa	Predicted RBP	12.4	□□□□□ -0.42
NEK1-208	ENST00000512193	LOC105371045	A0A1W2PR82	267 aa		12.39	□□□□□ -0.43
NEK1-208	ENST00000512193	PPARGC1B	Q86YN6	1023 aa	Known RBP	12.38	□□□□□ -0.43
NEK1-208	ENST00000512193	HRC	P23327	699 aa		12.37	□□□□□ -0.43
NEK1-208	ENST00000512193	UBTF	P17480	764 aa	Known RBP	12.31	□□□□□ -0.44
NEK1-208	ENST00000512193	PELP1	Q8IZL8	1130 aa	Known RBP	12.3	□□□□□ -0.44
NEK1-208	ENST00000512193	TRIM26	Q12899	539 aa	Predicted RBP	12.29	□□□□□ -0.44
NEK1-208	ENST00000512193	CENPB	P07199	599 aa	Predicted RBP	12.26	□□□□□ -0.45
NEK1-208	ENST00000512193	YTHDC1	Q96MU7	727 aa	Known RBP	12.15	□□□□□ -0.46
NEK1-208	ENST00000512193	ATP1B4	Q9UN42	357 aa	Predicted RBP	12.13	□□□□□ -0.47
NEK1-208	ENST00000512193	HNRNPUL2-BSCL2	H3BQZ7	746 aa	Predicted RBP	12	□□□□□ -0.49
NEK1-208	ENST00000512193	HNRNPUL2	Q1KMD3	747 aa	Known RBP	11.98	□□□□□ -0.49
NEK1-208	ENST00000512193	ITGAE	P38570	1179 aa		11.94	□□□□□ -0.5
NEK1-208	ENST00000512193	NEFL	P07196	543 aa		11.85	□□□□□ -0.51
NEK1-208	ENST00000512193	DIEXF	Q68CQ4	756 aa	Known RBP	11.84	□□□□□ -0.51
NEK1-208	ENST00000512193	ERICH6	Q7L0X2	663 aa		11.83	□□□□□ -0.52
NEK1-208	ENST00000512193	ABCC9	O60706	1549 aa		11.8	□□□□□ -0.52
NEK1-208	ENST00000512193	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	11.77	□□□□□ -0.53
NEK1-208	ENST00000512193	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	11.67	□□□□□ -0.54
NEK1-208	ENST00000512193	GTF3C3	Q9Y5Q9	886 aa		11.67	□□□□□ -0.54
NEK1-208	ENST00000512193	MYT1	Q01538	1121 aa		11.66	□□□□□ -0.54
NEK1-208	ENST00000512193	CNGB1	Q14028	1251 aa	Predicted RBP	11.64	□□□□□ -0.55
NEK1-208	ENST00000512193	POLR3GL	Q9BT43	218 aa		11.64	□□□□□ -0.55
NEK1-208	ENST00000512193	FAM50A	Q14320	339 aa	Known RBP	11.6	□□□□□ -0.55
NEK1-208	ENST00000512193	CSRNP3	Q8WYN3	585 aa		11.6	□□□□□ -0.55
NEK1-208	ENST00000512193	ZNF316	A6NFI3	1004 aa	Predicted RBP	11.58	□□□□□ -0.56
NEK1-208	ENST00000512193	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		11.58	□□□□□ -0.56
NEK1-208	ENST00000512193	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		11.57	□□□□□ -0.56
NEK1-208	ENST00000512193	NEUROD1	Q13562	356 aa		11.57	□□□□□ -0.56
NEK1-208	ENST00000512193	ACIN1	Q9UKV3	1341 aa	Known RBP	11.54	□□□□□ -0.56
NEK1-208	ENST00000512193	BCAN	Q96GW7	911 aa		11.5	□□□□□ -0.57
NEK1-208	ENST00000512193	SCRIB	Q14160	1630 aa		11.49	□□□□□ -0.57
NEK1-208	ENST00000512193	TRIM52	Q96A61	297 aa		11.45	□□□□□ -0.58
NEK1-208	ENST00000512193	P3H3	Q8IVL6	736 aa		11.44	□□□□□ -0.58
NEK1-208	ENST00000512193	MYT1L	Q9UL68	1186 aa		11.41	□□□□□ -0.58
NEK1-208	ENST00000512193	ANP32C	O43423	234 aa		11.38	□□□□□ -0.59
NEK1-208	ENST00000512193	SCAF1	Q9H7N4	1312 aa	Known RBP	11.36	□□□□□ -0.59
NEK1-208	ENST00000512193	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	11.35	□□□□□ -0.59
NEK1-208	ENST00000512193	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		11.34	□□□□□ -0.59
NEK1-208	ENST00000512193	ZNF326	Q5BKZ1	582 aa	Known RBP	11.34	□□□□□ -0.59
NEK1-208	ENST00000512193	ARID3C	A6NKF2	412 aa		11.33	□□□□□ -0.6
NEK1-208	ENST00000512193	DAXX	Q9UER7	740 aa	Predicted RBP	11.33	□□□□□ -0.6
NEK1-208	ENST00000512193	MIER1	Q8N108	512 aa		11.28	□□□□□ -0.6
NEK1-208	ENST00000512193	DDX10	Q13206	875 aa	Known RBP	11.27	□□□□□ -0.61
NEK1-208	ENST00000512193	SLC4A1AP	Q9BWU0	796 aa	Known RBP	11.24	□□□□□ -0.61
NEK1-208	ENST00000512193	FBLN2	P98095	1184 aa		11.24	□□□□□ -0.61
NEK1-208	ENST00000512193	CDK11A	Q9UQ88	783 aa	Predicted RBP	11.23	□□□□□ -0.61
NEK1-208	ENST00000512193	FKBP8	Q14318	412 aa		11.22	□□□□□ -0.61
NEK1-208	ENST00000512193	RTL5	Q5HYW3	569 aa	Predicted RBP	11.21	□□□□□ -0.62
NEK1-208	ENST00000512193	CLIP1	P30622	1438 aa		11.2	□□□□□ -0.62
NEK1-208	ENST00000512193	CEP162	Q5TB80	1403 aa		11.2	□□□□□ -0.62
NEK1-208	ENST00000512193	CLSPN	Q9HAW4	1339 aa		11.19	□□□□□ -0.62
NEK1-208	ENST00000512193	HIRIP3	Q9BW71	556 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
NEK1-208	ENST00000512193	TONSL	Q96HA7	1378 aa		11.17	□□□□□ -0.62
NEK1-208	ENST00000512193	ZNF777	Q9ULD5	760 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
NEK1-208	ENST00000512193	HNRNPU	Q00839	825 aa	Known RBP eCLIP	11.15	□□□□□ -0.62
NEK1-208	ENST00000512193	CHIC2	Q9UKJ5	165 aa		11.14	□□□□□ -0.63
NEK1-208	ENST00000512193	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		11.13	□□□□□ -0.63
NEK1-208	ENST00000512193	FAM9B	Q8IZU0	186 aa		11.1	□□□□□ -0.63
NEK1-208	ENST00000512193	TNIK	Q9UKE5	1360 aa		11.1	□□□□□ -0.63
NEK1-208	ENST00000512193	GOLGA3	Q08378	1498 aa		11.09	□□□□□ -0.63
NEK1-208	ENST00000512193	EEA1	Q15075	1411 aa		11.09	□□□□□ -0.63
NEK1-208	ENST00000512193	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	11.08	□□□□□ -0.64
NEK1-208	ENST00000512193	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		11.05	□□□□□ -0.64
NEK1-208	ENST00000512193	IRX6	P78412	446 aa	Predicted RBP	11.04	□□□□□ -0.64
NEK1-208	ENST00000512193	SOGA1	O94964	1423 aa		11.03	□□□□□ -0.64
NEK1-208	ENST00000512193	SALL2	Q9Y467	1007 aa	Predicted RBP	11.03	□□□□□ -0.64
NEK1-208	ENST00000512193	MTUS2	Q5JR59	1369 aa		11.03	□□□□□ -0.64
NEK1-208	ENST00000512193	NPM2	Q86SE8	214 aa	Known RBP	11.01	□□□□□ -0.65
NEK1-208	ENST00000512193	RRP7BP	Q9NSQ0	103 aa		11.01	□□□□□ -0.65
NEK1-208	ENST00000512193	MRS2	Q9HD23	443 aa		11	□□□□□ -0.65
NEK1-208	ENST00000512193	ANP32A	P39687	249 aa	Known RBP	10.99	□□□□□ -0.65
NEK1-208	ENST00000512193	NACAD	O15069	1562 aa		10.99	□□□□□ -0.65
NEK1-208	ENST00000512193	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		10.98	□□□□□ -0.65
NEK1-208	ENST00000512193	SIN3A	Q96ST3	1273 aa		10.98	□□□□□ -0.65
NEK1-208	ENST00000512193	TMC1	Q8TDI8	760 aa		10.96	□□□□□ -0.65
NEK1-208	ENST00000512193	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		10.96	□□□□□ -0.65
NEK1-208	ENST00000512193	CANX	P27824	592 aa	Known RBP	10.96	□□□□□ -0.66
NEK1-208	ENST00000512193	KDM2A	Q9Y2K7	1162 aa		10.95	□□□□□ -0.66
NEK1-208	ENST00000512193	BCL11A	Q9H165	835 aa		10.95	□□□□□ -0.66
NEK1-208	ENST00000512193	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	10.94	□□□□□ -0.66
NEK1-208	ENST00000512193	EIF4G2	P78344	907 aa	Known RBP eCLIP	10.94	□□□□□ -0.66
NEK1-208	ENST00000512193	SENP3-EIF4A1	A0A087X0R7	540 aa		10.93	□□□□□ -0.66
NEK1-208	ENST00000512193	CCDC136	Q96JN2	1154 aa		10.93	□□□□□ -0.66
NEK1-208	ENST00000512193	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	10.93	□□□□□ -0.66
NEK1-208	ENST00000512193	KIF27	Q86VH2	1401 aa		10.92	□□□□□ -0.66
NEK1-208	ENST00000512193	GRWD1	Q9BQ67	446 aa	Known RBP eCLIP	10.92	□□□□□ -0.66

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