RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000639501.1

PMS1-222, Transcript of PMS1 homolog 1, mismatch repair system component, human

TSL 5 BASIC

Gene PMS1, Length 2,506 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PMS1-222	ENST00000639501	CUX1	P39880	1505 aa		29.37	■■■□□ 2.29
PMS1-222	ENST00000639501	BCL11A	Q9H165	835 aa		29.36	■■■□□ 2.29
PMS1-222	ENST00000639501	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		29.33	■■■□□ 2.29
PMS1-222	ENST00000639501	RAB3GAP2	Q9H2M9	1393 aa		29.32	■■■□□ 2.28
PMS1-222	ENST00000639501	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		29.26	■■■□□ 2.27
PMS1-222	ENST00000639501	DDX10	Q13206	875 aa	Known RBP	29.26	■■■□□ 2.27
PMS1-222	ENST00000639501	WDR97	A6NE52	1622 aa		29.25	■■■□□ 2.27
PMS1-222	ENST00000639501	ARHGAP35	Q9NRY4	1499 aa		29.24	■■■□□ 2.27
PMS1-222	ENST00000639501	RBM19	Q9Y4C8	960 aa	Known RBP	29.18	■■■□□ 2.26
PMS1-222	ENST00000639501	SIN3A	Q96ST3	1273 aa		29.14	■■■□□ 2.26
PMS1-222	ENST00000639501	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		29.13	■■■□□ 2.25
PMS1-222	ENST00000639501	PPP1R15A	O75807	674 aa	Predicted RBP	29.12	■■■□□ 2.25
PMS1-222	ENST00000639501	TOPBP1	Q92547	1522 aa		29.11	■■■□□ 2.25
PMS1-222	ENST00000639501	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	29.1	■■■□□ 2.25
PMS1-222	ENST00000639501	TRIM52	Q96A61	297 aa		29.09	■■■□□ 2.25
PMS1-222	ENST00000639501	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		29.08	■■■□□ 2.25
PMS1-222	ENST00000639501	SETD5	Q9C0A6	1442 aa		29.08	■■■□□ 2.25
PMS1-222	ENST00000639501	HIRIP3	Q9BW71	556 aa	Predicted RBP	29.08	■■■□□ 2.24
PMS1-222	ENST00000639501	KIF27	Q86VH2	1401 aa		29.07	■■■□□ 2.24
PMS1-222	ENST00000639501	NEFL	P07196	543 aa		29.04	■■■□□ 2.24
PMS1-222	ENST00000639501	TIAM1	Q13009	1591 aa		29.04	■■■□□ 2.24
PMS1-222	ENST00000639501	ERCC6	Q03468	1493 aa		29.01	■■■□□ 2.23
PMS1-222	ENST00000639501	PHLDB1	Q86UU1	1377 aa		28.98	■■■□□ 2.23
PMS1-222	ENST00000639501	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	28.97	■■■□□ 2.23
PMS1-222	ENST00000639501	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		28.96	■■■□□ 2.23
PMS1-222	ENST00000639501	MSH5	O43196	834 aa		28.96	■■■□□ 2.23
PMS1-222	ENST00000639501	CCER2	I3L3R5	266 aa		28.93	■■■□□ 2.22
PMS1-222	ENST00000639501	LRRC9	Q6ZRR7	1453 aa		28.92	■■■□□ 2.22
PMS1-222	ENST00000639501	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		28.91	■■■□□ 2.22
PMS1-222	ENST00000639501	MAP3K1	Q13233	1512 aa		28.9	■■■□□ 2.22
PMS1-222	ENST00000639501	FAM50A	Q14320	339 aa	Known RBP	28.89	■■■□□ 2.22
PMS1-222	ENST00000639501	ANP32C	O43423	234 aa		28.88	■■■□□ 2.21
PMS1-222	ENST00000639501	WDR62	O43379	1518 aa		28.8	■■■□□ 2.2
PMS1-222	ENST00000639501	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	28.79	■■■□□ 2.2
PMS1-222	ENST00000639501	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		28.78	■■■□□ 2.2
PMS1-222	ENST00000639501	TIMELESS	Q9UNS1	1208 aa		28.78	■■■□□ 2.2
PMS1-222	ENST00000639501	CFAP43	Q8NDM7	1665 aa		28.76	■■■□□ 2.19
PMS1-222	ENST00000639501	IGF1R	P08069	1367 aa		28.74	■■■□□ 2.19
PMS1-222	ENST00000639501	PCF11	O94913	1555 aa	Known RBP	28.73	■■■□□ 2.19
PMS1-222	ENST00000639501	IRX6	P78412	446 aa	Predicted RBP	28.72	■■■□□ 2.19
PMS1-222	ENST00000639501	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	28.68	■■■□□ 2.18
PMS1-222	ENST00000639501	FANCI	Q9NVI1	1328 aa		28.66	■■■□□ 2.18
PMS1-222	ENST00000639501	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	28.66	■■■□□ 2.18
PMS1-222	ENST00000639501	P3H3	Q8IVL6	736 aa		28.63	■■■□□ 2.17
PMS1-222	ENST00000639501	HNRNPU	Q00839	825 aa	Known RBP eCLIP	28.63	■■■□□ 2.17
PMS1-222	ENST00000639501	TONSL	Q96HA7	1378 aa		28.62	■■■□□ 2.17
PMS1-222	ENST00000639501	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		28.61	■■■□□ 2.17
PMS1-222	ENST00000639501	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		28.6	■■■□□ 2.17
PMS1-222	ENST00000639501	ATP1B4	Q9UN42	357 aa	Predicted RBP	28.6	■■■□□ 2.17
PMS1-222	ENST00000639501	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		28.57	■■■□□ 2.16
PMS1-222	ENST00000639501	CDK11A	Q9UQ88	783 aa	Predicted RBP	28.57	■■■□□ 2.16
PMS1-222	ENST00000639501	IFT140	Q96RY7	1462 aa		28.56	■■■□□ 2.16
PMS1-222	ENST00000639501	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		28.55	■■■□□ 2.16
PMS1-222	ENST00000639501	CCDC18	Q5T9S5	1454 aa		28.52	■■■□□ 2.16
PMS1-222	ENST00000639501	FHOD3	Q2V2M9	1422 aa		28.52	■■■□□ 2.16
PMS1-222	ENST00000639501	KDM5B	Q9UGL1	1544 aa		28.51	■■■□□ 2.15
PMS1-222	ENST00000639501	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	28.5	■■■□□ 2.15	1e-9	■■■■□ 22.4
PMS1-222	ENST00000639501	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	28.49	■■■□□ 2.15
PMS1-222	ENST00000639501	DROSHA	Q9NRR4	1374 aa	Known RBP eCLIP	28.48	■■■□□ 2.15
PMS1-222	ENST00000639501	ERICH6	Q7L0X2	663 aa		28.48	■■■□□ 2.15
PMS1-222	ENST00000639501	PTPRK	Q15262	1439 aa		28.47	■■■□□ 2.15
PMS1-222	ENST00000639501	FYCO1	Q9BQS8	1478 aa		28.45	■■■□□ 2.14
PMS1-222	ENST00000639501	FGD6	Q6ZV73	1430 aa		28.45	■■■□□ 2.14
PMS1-222	ENST00000639501	UACA	Q9BZF9	1416 aa		28.44	■■■□□ 2.14
PMS1-222	ENST00000639501	PTPN23	Q9H3S7	1636 aa		28.43	■■■□□ 2.14
PMS1-222	ENST00000639501	CUL7	Q14999	1698 aa		28.41	■■■□□ 2.14
PMS1-222	ENST00000639501	WASHC2A	Q641Q2	1341 aa		28.41	■■■□□ 2.14
PMS1-222	ENST00000639501	PBRM1	Q86U86	1689 aa		28.4	■■■□□ 2.14
PMS1-222	ENST00000639501	HFM1	A2PYH4	1435 aa		28.4	■■■□□ 2.14
PMS1-222	ENST00000639501	CCDC184	Q52MB2	194 aa		28.39	■■■□□ 2.14
PMS1-222	ENST00000639501	CASKIN1	Q8WXD9	1431 aa		28.38	■■■□□ 2.13
PMS1-222	ENST00000639501	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	28.37	■■■□□ 2.13
PMS1-222	ENST00000639501	PPP4R2	Q9NY27	417 aa		28.35	■■■□□ 2.13
PMS1-222	ENST00000639501	GRIN2B	Q13224	1484 aa		28.33	■■■□□ 2.13
PMS1-222	ENST00000639501	NAIP	Q13075	1403 aa		28.32	■■■□□ 2.12
PMS1-222	ENST00000639501	HSPA5	P11021	654 aa	Known RBP	28.32	■■■□□ 2.12
PMS1-222	ENST00000639501	B4GALNT3	Q6L9W6	998 aa		28.3	■■■□□ 2.12
PMS1-222	ENST00000639501	ERICH6B	Q5W0A0	696 aa		28.28	■■■□□ 2.12
PMS1-222	ENST00000639501	EFCAB5	A4FU69	1503 aa		28.28	■■■□□ 2.12
PMS1-222	ENST00000639501	NCOA2	Q15596	1464 aa		28.26	■■■□□ 2.11
PMS1-222	ENST00000639501	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		28.24	■■■□□ 2.11
PMS1-222	ENST00000639501	CNTLN	Q9NXG0	1405 aa		28.23	■■■□□ 2.11
PMS1-222	ENST00000639501	DEK	P35659	375 aa	Known RBP	28.23	■■■□□ 2.11
PMS1-222	ENST00000639501	ADAMTS12	P58397	1594 aa		28.22	■■■□□ 2.11
PMS1-222	ENST00000639501	MTUS2	Q5JR59	1369 aa		28.22	■■■□□ 2.11
PMS1-222	ENST00000639501	LRRIQ1	Q96JM4	1722 aa		28.21	■■■□□ 2.11
PMS1-222	ENST00000639501	DENND4B	O75064	1496 aa	Predicted RBP	28.2	■■■□□ 2.11
PMS1-222	ENST00000639501	FAM9B	Q8IZU0	186 aa		28.19	■■■□□ 2.1
PMS1-222	ENST00000639501	C11orf95	C9JLR9	678 aa	Predicted RBP	28.17	■■■□□ 2.1
PMS1-222	ENST00000639501	CTTNBP2	Q8WZ74	1663 aa		28.17	■■■□□ 2.1
PMS1-222	ENST00000639501	FMN1	Q68DA7	1419 aa		28.17	■■■□□ 2.1
PMS1-222	ENST00000639501	PRKRIP1	Q9H875	184 aa	Predicted RBP	28.15	■■■□□ 2.1
PMS1-222	ENST00000639501	MYOM3	Q5VTT5	1437 aa		28.14	■■■□□ 2.1
PMS1-222	ENST00000639501	EIF4G2	P78344	907 aa	Known RBP eCLIP	28.13	■■■□□ 2.09
PMS1-222	ENST00000639501	ZBED9	Q6R2W3	1325 aa		28.12	■■■□□ 2.09
PMS1-222	ENST00000639501	MYT1L	Q9UL68	1186 aa		28.12	■■■□□ 2.09
PMS1-222	ENST00000639501	PAK3	O75914	559 aa	Predicted RBP	28.11	■■■□□ 2.09
PMS1-222	ENST00000639501	MRS2	Q9HD23	443 aa		28.11	■■■□□ 2.09
PMS1-222	ENST00000639501	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	28.1	■■■□□ 2.09
PMS1-222	ENST00000639501	RRP7BP	Q9NSQ0	103 aa		28.1	■■■□□ 2.09

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