Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
ZNF541Q9H0D2 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
ZNF541Q9H0D2 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
ZNF541Q9H0D2 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
ZNF541Q9H0D2 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC31.22■■■□□ 2.59
ZNF541Q9H0D2 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
ZNF541Q9H0D2 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
ZNF541Q9H0D2 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC31.22■■■□□ 2.59
ZNF541Q9H0D2 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC31.22■■■□□ 2.59
ZNF541Q9H0D2 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC31.22■■■□□ 2.59
ZNF541Q9H0D2 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
ZNF541Q9H0D2 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
ZNF541Q9H0D2 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC31.2■■■□□ 2.59
ZNF541Q9H0D2 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.59
ZNF541Q9H0D2 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.58
ZNF541Q9H0D2 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC31.2■■■□□ 2.58
ZNF541Q9H0D2 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC31.2■■■□□ 2.58
ZNF541Q9H0D2 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.19■■■□□ 2.58
ZNF541Q9H0D2 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC31.19■■■□□ 2.58
ZNF541Q9H0D2 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.18■■■□□ 2.58
ZNF541Q9H0D2 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC31.18■■■□□ 2.58
ZNF541Q9H0D2 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC31.18■■■□□ 2.58
ZNF541Q9H0D2 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC31.17■■■□□ 2.58
ZNF541Q9H0D2 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC31.16■■■□□ 2.58
ZNF541Q9H0D2 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
ZNF541Q9H0D2 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
ZNF541Q9H0D2 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC31.16■■■□□ 2.58
ZNF541Q9H0D2 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC31.16■■■□□ 2.58
ZNF541Q9H0D2 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC31.16■■■□□ 2.58
ZNF541Q9H0D2 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC31.16■■■□□ 2.58
ZNF541Q9H0D2 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC31.15■■■□□ 2.58
ZNF541Q9H0D2 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC31.15■■■□□ 2.58
ZNF541Q9H0D2 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
ZNF541Q9H0D2 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC31.14■■■□□ 2.58
ZNF541Q9H0D2 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
ZNF541Q9H0D2 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC31.14■■■□□ 2.58
ZNF541Q9H0D2 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.13■■■□□ 2.57
ZNF541Q9H0D2 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC31.13■■■□□ 2.57
ZNF541Q9H0D2 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC31.13■■■□□ 2.57
ZNF541Q9H0D2 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC31.13■■■□□ 2.57
ZNF541Q9H0D2 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
ZNF541Q9H0D2 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
ZNF541Q9H0D2 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.12■■■□□ 2.57
ZNF541Q9H0D2 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.12■■■□□ 2.57
ZNF541Q9H0D2 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.12■■■□□ 2.57
ZNF541Q9H0D2 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.11■■■□□ 2.57
ZNF541Q9H0D2 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC31.11■■■□□ 2.57
ZNF541Q9H0D2 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.11■■■□□ 2.57
ZNF541Q9H0D2 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC31.1■■■□□ 2.57
ZNF541Q9H0D2 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC31.1■■■□□ 2.57
ZNF541Q9H0D2 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
ZNF541Q9H0D2 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
ZNF541Q9H0D2 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
ZNF541Q9H0D2 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC31.08■■■□□ 2.57
ZNF541Q9H0D2 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
ZNF541Q9H0D2 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
ZNF541Q9H0D2 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.08■■■□□ 2.57
ZNF541Q9H0D2 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.07■■■□□ 2.56
ZNF541Q9H0D2 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
ZNF541Q9H0D2 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC31.06■■■□□ 2.56
ZNF541Q9H0D2 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
ZNF541Q9H0D2 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC31.06■■■□□ 2.56
ZNF541Q9H0D2 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC31.06■■■□□ 2.56
ZNF541Q9H0D2 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
ZNF541Q9H0D2 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.05■■■□□ 2.56
ZNF541Q9H0D2 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
ZNF541Q9H0D2 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
ZNF541Q9H0D2 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC31.03■■■□□ 2.56
ZNF541Q9H0D2 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC31.03■■■□□ 2.56
ZNF541Q9H0D2 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC31.03■■■□□ 2.56
ZNF541Q9H0D2 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
ZNF541Q9H0D2 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
ZNF541Q9H0D2 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
ZNF541Q9H0D2 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31■■■□□ 2.55
ZNF541Q9H0D2 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC31■■■□□ 2.55
ZNF541Q9H0D2 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
ZNF541Q9H0D2 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
ZNF541Q9H0D2 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
ZNF541Q9H0D2 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
ZNF541Q9H0D2 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC30.99■■■□□ 2.55
ZNF541Q9H0D2 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
ZNF541Q9H0D2 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
ZNF541Q9H0D2 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
ZNF541Q9H0D2 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC30.98■■■□□ 2.55
ZNF541Q9H0D2 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
ZNF541Q9H0D2 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC30.97■■■□□ 2.55
ZNF541Q9H0D2 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC30.96■■■□□ 2.55
ZNF541Q9H0D2 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
ZNF541Q9H0D2 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
ZNF541Q9H0D2 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC30.96■■■□□ 2.55
ZNF541Q9H0D2 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.55
ZNF541Q9H0D2 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.54
ZNF541Q9H0D2 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC30.94■■■□□ 2.54
ZNF541Q9H0D2 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
ZNF541Q9H0D2 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC30.94■■■□□ 2.54
ZNF541Q9H0D2 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
ZNF541Q9H0D2 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC30.94■■■□□ 2.54
ZNF541Q9H0D2 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
ZNF541Q9H0D2 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
ZNF541Q9H0D2 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 93.3 ms