Protein–RNA interactions for Protein: Q9BRZ2

TRIM56, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM56, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 755 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM56Q9BRZ2 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC25.75■■□□□ 1.71
TRIM56Q9BRZ2 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
TRIM56Q9BRZ2 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
TRIM56Q9BRZ2 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
TRIM56Q9BRZ2 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
TRIM56Q9BRZ2 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
TRIM56Q9BRZ2 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
TRIM56Q9BRZ2 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
TRIM56Q9BRZ2 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
TRIM56Q9BRZ2 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM56Q9BRZ2 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM56Q9BRZ2 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM56Q9BRZ2 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM56Q9BRZ2 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRIM56Q9BRZ2 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRIM56Q9BRZ2 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRIM56Q9BRZ2 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
TRIM56Q9BRZ2 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRIM56Q9BRZ2 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRIM56Q9BRZ2 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRIM56Q9BRZ2 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRIM56Q9BRZ2 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRIM56Q9BRZ2 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
TRIM56Q9BRZ2 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
TRIM56Q9BRZ2 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
TRIM56Q9BRZ2 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
TRIM56Q9BRZ2 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
TRIM56Q9BRZ2 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC25.68■■□□□ 1.7
TRIM56Q9BRZ2 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
TRIM56Q9BRZ2 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
TRIM56Q9BRZ2 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
TRIM56Q9BRZ2 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
TRIM56Q9BRZ2 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
TRIM56Q9BRZ2 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
TRIM56Q9BRZ2 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
TRIM56Q9BRZ2 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
TRIM56Q9BRZ2 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
TRIM56Q9BRZ2 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC25.66■■□□□ 1.7
TRIM56Q9BRZ2 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
TRIM56Q9BRZ2 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
TRIM56Q9BRZ2 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
TRIM56Q9BRZ2 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
TRIM56Q9BRZ2 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
TRIM56Q9BRZ2 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
TRIM56Q9BRZ2 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
TRIM56Q9BRZ2 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
TRIM56Q9BRZ2 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
TRIM56Q9BRZ2 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
TRIM56Q9BRZ2 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
TRIM56Q9BRZ2 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
TRIM56Q9BRZ2 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
TRIM56Q9BRZ2 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
TRIM56Q9BRZ2 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
TRIM56Q9BRZ2 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC25.64■■□□□ 1.69
TRIM56Q9BRZ2 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
TRIM56Q9BRZ2 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
TRIM56Q9BRZ2 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
TRIM56Q9BRZ2 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
TRIM56Q9BRZ2 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
TRIM56Q9BRZ2 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
TRIM56Q9BRZ2 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
TRIM56Q9BRZ2 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
TRIM56Q9BRZ2 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
TRIM56Q9BRZ2 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
TRIM56Q9BRZ2 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
TRIM56Q9BRZ2 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
TRIM56Q9BRZ2 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
TRIM56Q9BRZ2 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
TRIM56Q9BRZ2 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
TRIM56Q9BRZ2 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
TRIM56Q9BRZ2 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
TRIM56Q9BRZ2 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
TRIM56Q9BRZ2 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
TRIM56Q9BRZ2 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC25.58■■□□□ 1.69
TRIM56Q9BRZ2 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
TRIM56Q9BRZ2 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
TRIM56Q9BRZ2 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
TRIM56Q9BRZ2 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
TRIM56Q9BRZ2 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
TRIM56Q9BRZ2 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
TRIM56Q9BRZ2 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
TRIM56Q9BRZ2 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
TRIM56Q9BRZ2 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
TRIM56Q9BRZ2 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC25.55■■□□□ 1.68
TRIM56Q9BRZ2 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
TRIM56Q9BRZ2 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
TRIM56Q9BRZ2 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
TRIM56Q9BRZ2 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
TRIM56Q9BRZ2 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
TRIM56Q9BRZ2 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
TRIM56Q9BRZ2 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
TRIM56Q9BRZ2 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
TRIM56Q9BRZ2 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
TRIM56Q9BRZ2 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
TRIM56Q9BRZ2 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
TRIM56Q9BRZ2 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
TRIM56Q9BRZ2 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
TRIM56Q9BRZ2 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
TRIM56Q9BRZ2 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
TRIM56Q9BRZ2 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.8 ms