Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC34.7■■■■□ 3.15
USP54Q70EL1 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC34.7■■■■□ 3.15
USP54Q70EL1 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC34.7■■■■□ 3.14
USP54Q70EL1 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC34.69■■■■□ 3.14
USP54Q70EL1 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC34.69■■■■□ 3.14
USP54Q70EL1 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC34.68■■■■□ 3.14
USP54Q70EL1 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC34.68■■■■□ 3.14
USP54Q70EL1 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC34.68■■■■□ 3.14
USP54Q70EL1 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC34.68■■■■□ 3.14
USP54Q70EL1 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC34.67■■■■□ 3.14
USP54Q70EL1 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC34.67■■■■□ 3.14
USP54Q70EL1 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.67■■■■□ 3.14
USP54Q70EL1 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.66■■■■□ 3.14
USP54Q70EL1 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.66■■■■□ 3.14
USP54Q70EL1 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.66■■■■□ 3.14
USP54Q70EL1 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.66■■■■□ 3.14
USP54Q70EL1 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC34.66■■■■□ 3.14
USP54Q70EL1 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.66■■■■□ 3.14
USP54Q70EL1 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.65■■■■□ 3.14
USP54Q70EL1 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC34.65■■■■□ 3.14
USP54Q70EL1 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC34.65■■■■□ 3.14
USP54Q70EL1 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC34.63■■■■□ 3.13
USP54Q70EL1 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
USP54Q70EL1 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC34.61■■■■□ 3.13
USP54Q70EL1 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.61■■■■□ 3.13
USP54Q70EL1 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.61■■■■□ 3.13
USP54Q70EL1 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC34.6■■■■□ 3.13
USP54Q70EL1 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.59■■■■□ 3.13
USP54Q70EL1 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC34.58■■■■□ 3.13
USP54Q70EL1 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC34.58■■■■□ 3.13
USP54Q70EL1 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC34.58■■■■□ 3.13
USP54Q70EL1 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC34.57■■■■□ 3.13
USP54Q70EL1 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.57■■■■□ 3.12
USP54Q70EL1 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC34.57■■■■□ 3.12
USP54Q70EL1 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC34.57■■■■□ 3.12
USP54Q70EL1 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC34.57■■■■□ 3.12
USP54Q70EL1 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC34.57■■■■□ 3.12
USP54Q70EL1 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.56■■■■□ 3.12
USP54Q70EL1 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.56■■■■□ 3.12
USP54Q70EL1 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.56■■■■□ 3.12
USP54Q70EL1 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC34.55■■■■□ 3.12
USP54Q70EL1 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC34.55■■■■□ 3.12
USP54Q70EL1 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.55■■■■□ 3.12
USP54Q70EL1 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC34.54■■■■□ 3.12
USP54Q70EL1 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC34.54■■■■□ 3.12
USP54Q70EL1 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.54■■■■□ 3.12
USP54Q70EL1 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC34.54■■■■□ 3.12
USP54Q70EL1 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.53■■■■□ 3.12
USP54Q70EL1 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC34.53■■■■□ 3.12
USP54Q70EL1 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.53■■■■□ 3.12
USP54Q70EL1 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC34.52■■■■□ 3.12
USP54Q70EL1 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC34.52■■■■□ 3.12
USP54Q70EL1 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.52■■■■□ 3.12
USP54Q70EL1 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC34.51■■■■□ 3.12
USP54Q70EL1 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC34.49■■■■□ 3.11
USP54Q70EL1 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.49■■■■□ 3.11
USP54Q70EL1 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC34.49■■■■□ 3.11
USP54Q70EL1 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
USP54Q70EL1 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
USP54Q70EL1 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC34.48■■■■□ 3.11
USP54Q70EL1 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
USP54Q70EL1 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC34.47■■■■□ 3.11
USP54Q70EL1 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.47■■■■□ 3.11
USP54Q70EL1 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC34.46■■■■□ 3.11
USP54Q70EL1 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.45■■■■□ 3.11
USP54Q70EL1 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.44■■■■□ 3.1
USP54Q70EL1 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
USP54Q70EL1 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC34.44■■■■□ 3.1
USP54Q70EL1 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC34.44■■■■□ 3.1
USP54Q70EL1 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
USP54Q70EL1 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC34.44■■■■□ 3.1
USP54Q70EL1 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.43■■■■□ 3.1
USP54Q70EL1 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC34.43■■■■□ 3.1
USP54Q70EL1 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.42■■■■□ 3.1
USP54Q70EL1 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC34.42■■■■□ 3.1
USP54Q70EL1 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.42■■■■□ 3.1
USP54Q70EL1 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC34.41■■■■□ 3.1
USP54Q70EL1 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC34.4■■■■□ 3.1
USP54Q70EL1 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC34.4■■■■□ 3.1
USP54Q70EL1 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC34.4■■■■□ 3.1
USP54Q70EL1 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
USP54Q70EL1 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC34.38■■■■□ 3.09
USP54Q70EL1 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC34.38■■■■□ 3.09
USP54Q70EL1 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC34.38■■■■□ 3.09
USP54Q70EL1 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC34.37■■■■□ 3.09
USP54Q70EL1 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.37■■■■□ 3.09
USP54Q70EL1 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.36■■■■□ 3.09
USP54Q70EL1 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.36■■■■□ 3.09
USP54Q70EL1 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC34.35■■■■□ 3.09
USP54Q70EL1 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC34.35■■■■□ 3.09
USP54Q70EL1 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC34.35■■■■□ 3.09
USP54Q70EL1 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC34.35■■■■□ 3.09
USP54Q70EL1 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
USP54Q70EL1 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
USP54Q70EL1 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC34.34■■■■□ 3.09
USP54Q70EL1 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC34.32■■■■□ 3.08
USP54Q70EL1 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.32■■■■□ 3.08
USP54Q70EL1 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
USP54Q70EL1 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC34.31■■■■□ 3.08
USP54Q70EL1 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 114 ms