Protein–RNA interactions for Protein: Q08174

PCDH1, Protocadherin-1, humanhuman

Predictions only

Length 1,060 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDH1Q08174 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
PCDH1Q08174 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
PCDH1Q08174 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
PCDH1Q08174 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCDH1Q08174 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCDH1Q08174 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCDH1Q08174 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCDH1Q08174 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCDH1Q08174 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
PCDH1Q08174 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCDH1Q08174 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCDH1Q08174 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
PCDH1Q08174 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
PCDH1Q08174 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
PCDH1Q08174 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
PCDH1Q08174 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
PCDH1Q08174 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
PCDH1Q08174 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
PCDH1Q08174 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
PCDH1Q08174 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
PCDH1Q08174 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
PCDH1Q08174 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.51
PCDH1Q08174 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
PCDH1Q08174 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
PCDH1Q08174 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
PCDH1Q08174 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
PCDH1Q08174 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
PCDH1Q08174 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
PCDH1Q08174 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
PCDH1Q08174 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
PCDH1Q08174 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
PCDH1Q08174 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
PCDH1Q08174 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
PCDH1Q08174 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
PCDH1Q08174 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
PCDH1Q08174 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
PCDH1Q08174 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
PCDH1Q08174 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
PCDH1Q08174 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
PCDH1Q08174 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
PCDH1Q08174 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
PCDH1Q08174 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
PCDH1Q08174 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
PCDH1Q08174 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
PCDH1Q08174 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
PCDH1Q08174 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
PCDH1Q08174 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
PCDH1Q08174 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
PCDH1Q08174 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
PCDH1Q08174 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
PCDH1Q08174 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
PCDH1Q08174 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
PCDH1Q08174 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
PCDH1Q08174 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
PCDH1Q08174 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
PCDH1Q08174 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
PCDH1Q08174 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC24.36■■□□□ 1.49
PCDH1Q08174 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
PCDH1Q08174 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
PCDH1Q08174 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
PCDH1Q08174 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
PCDH1Q08174 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
PCDH1Q08174 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
PCDH1Q08174 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC24.35■■□□□ 1.49
PCDH1Q08174 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
PCDH1Q08174 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
PCDH1Q08174 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
PCDH1Q08174 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
PCDH1Q08174 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
PCDH1Q08174 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
PCDH1Q08174 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
PCDH1Q08174 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC24.33■■□□□ 1.49
PCDH1Q08174 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
PCDH1Q08174 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
PCDH1Q08174 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
PCDH1Q08174 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
PCDH1Q08174 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
PCDH1Q08174 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
PCDH1Q08174 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
PCDH1Q08174 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
PCDH1Q08174 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
PCDH1Q08174 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
PCDH1Q08174 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
PCDH1Q08174 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
PCDH1Q08174 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
PCDH1Q08174 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
PCDH1Q08174 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
PCDH1Q08174 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
PCDH1Q08174 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
PCDH1Q08174 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
PCDH1Q08174 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
PCDH1Q08174 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
PCDH1Q08174 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
PCDH1Q08174 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
PCDH1Q08174 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC24.29■■□□□ 1.48
PCDH1Q08174 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
PCDH1Q08174 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
PCDH1Q08174 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
PCDH1Q08174 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
PCDH1Q08174 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.6 ms