Protein–RNA interactions for Protein: Q04844

CHRNE, Acetylcholine receptor subunit epsilon, humanhuman

Predictions only

Length 493 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHRNEQ04844 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHRNEQ04844 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHRNEQ04844 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHRNEQ04844 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHRNEQ04844 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHRNEQ04844 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHRNEQ04844 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHRNEQ04844 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHRNEQ04844 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
CHRNEQ04844 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHRNEQ04844 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHRNEQ04844 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
CHRNEQ04844 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
CHRNEQ04844 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHRNEQ04844 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHRNEQ04844 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHRNEQ04844 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHRNEQ04844 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHRNEQ04844 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
CHRNEQ04844 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHRNEQ04844 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
CHRNEQ04844 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHRNEQ04844 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHRNEQ04844 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHRNEQ04844 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHRNEQ04844 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHRNEQ04844 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHRNEQ04844 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHRNEQ04844 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHRNEQ04844 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHRNEQ04844 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHRNEQ04844 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHRNEQ04844 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHRNEQ04844 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHRNEQ04844 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHRNEQ04844 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
CHRNEQ04844 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHRNEQ04844 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHRNEQ04844 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHRNEQ04844 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHRNEQ04844 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHRNEQ04844 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHRNEQ04844 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHRNEQ04844 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHRNEQ04844 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHRNEQ04844 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHRNEQ04844 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHRNEQ04844 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHRNEQ04844 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHRNEQ04844 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHRNEQ04844 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHRNEQ04844 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHRNEQ04844 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CHRNEQ04844 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CHRNEQ04844 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CHRNEQ04844 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CHRNEQ04844 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CHRNEQ04844 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CHRNEQ04844 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CHRNEQ04844 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CHRNEQ04844 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CHRNEQ04844 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CHRNEQ04844 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CHRNEQ04844 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CHRNEQ04844 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CHRNEQ04844 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CHRNEQ04844 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CHRNEQ04844 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CHRNEQ04844 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.35
CHRNEQ04844 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CHRNEQ04844 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CHRNEQ04844 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CHRNEQ04844 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CHRNEQ04844 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CHRNEQ04844 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
CHRNEQ04844 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CHRNEQ04844 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHRNEQ04844 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHRNEQ04844 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHRNEQ04844 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHRNEQ04844 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHRNEQ04844 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHRNEQ04844 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHRNEQ04844 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHRNEQ04844 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHRNEQ04844 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHRNEQ04844 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHRNEQ04844 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHRNEQ04844 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHRNEQ04844 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHRNEQ04844 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHRNEQ04844 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHRNEQ04844 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHRNEQ04844 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHRNEQ04844 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHRNEQ04844 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
CHRNEQ04844 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHRNEQ04844 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
CHRNEQ04844 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHRNEQ04844 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.7 ms