Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC43.66■■■■■ 4.58
CUX1P39880 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.66■■■■■ 4.58
CUX1P39880 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC43.66■■■■■ 4.58
CUX1P39880 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC43.65■■■■■ 4.58
CUX1P39880 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.65■■■■■ 4.58
CUX1P39880 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.65■■■■■ 4.58
CUX1P39880 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC43.65■■■■■ 4.58
CUX1P39880 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.65■■■■■ 4.58
CUX1P39880 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC43.65■■■■■ 4.58
CUX1P39880 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.65■■■■■ 4.58
CUX1P39880 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.65■■■■■ 4.58
CUX1P39880 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC43.65■■■■■ 4.58
CUX1P39880 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC43.64■■■■■ 4.58
CUX1P39880 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC43.64■■■■■ 4.58
CUX1P39880 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC43.63■■■■■ 4.58
CUX1P39880 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC43.63■■■■■ 4.58
CUX1P39880 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC43.63■■■■■ 4.58
CUX1P39880 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC43.63■■■■■ 4.57
CUX1P39880 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC43.63■■■■■ 4.57
CUX1P39880 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43.62■■■■■ 4.57
CUX1P39880 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43.62■■■■■ 4.57
CUX1P39880 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.62■■■■■ 4.57
CUX1P39880 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.61■■■■■ 4.57
CUX1P39880 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC43.6■■■■■ 4.57
CUX1P39880 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.6■■■■■ 4.57
CUX1P39880 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC43.6■■■■■ 4.57
CUX1P39880 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC43.6■■■■■ 4.57
CUX1P39880 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC43.58■■■■■ 4.57
CUX1P39880 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC43.58■■■■■ 4.57
CUX1P39880 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC43.58■■■■■ 4.57
CUX1P39880 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC43.57■■■■■ 4.56
CUX1P39880 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC43.57■■■■■ 4.56
CUX1P39880 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC43.57■■■■■ 4.56
CUX1P39880 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.56■■■■■ 4.56
CUX1P39880 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC43.54■■■■■ 4.56
CUX1P39880 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.54■■■■■ 4.56
CUX1P39880 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC43.54■■■■■ 4.56
CUX1P39880 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC43.53■■■■■ 4.56
CUX1P39880 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.53■■■■■ 4.56
CUX1P39880 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC43.53■■■■■ 4.56
CUX1P39880 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC43.52■■■■■ 4.56
CUX1P39880 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC43.51■■■■■ 4.56
CUX1P39880 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.51■■■■■ 4.56
CUX1P39880 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43.5■■■■■ 4.55
CUX1P39880 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43.5■■■■■ 4.55
CUX1P39880 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.48■■■■■ 4.55
CUX1P39880 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC43.48■■■■■ 4.55
CUX1P39880 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC43.48■■■■■ 4.55
CUX1P39880 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC43.48■■■■■ 4.55
CUX1P39880 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.47■■■■■ 4.55
CUX1P39880 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC43.47■■■■■ 4.55
CUX1P39880 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43.47■■■■■ 4.55
CUX1P39880 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC43.47■■■■■ 4.55
CUX1P39880 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC43.47■■■■■ 4.55
CUX1P39880 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC43.47■■■■■ 4.55
CUX1P39880 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC43.46■■■■■ 4.55
CUX1P39880 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC43.46■■■■■ 4.55
CUX1P39880 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43.44■■■■■ 4.54
CUX1P39880 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC43.44■■■■■ 4.54
CUX1P39880 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.44■■■■■ 4.54
CUX1P39880 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.43■■■■■ 4.54
CUX1P39880 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC43.43■■■■■ 4.54
CUX1P39880 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC43.43■■■■■ 4.54
CUX1P39880 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC43.42■■■■■ 4.54
CUX1P39880 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.4■■■■■ 4.54
CUX1P39880 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC43.4■■■■■ 4.54
CUX1P39880 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC43.4■■■■■ 4.54
CUX1P39880 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.4■■■■■ 4.54
CUX1P39880 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC43.4■■■■■ 4.54
CUX1P39880 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.39■■■■■ 4.54
CUX1P39880 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC43.39■■■■■ 4.54
CUX1P39880 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.36■■■■■ 4.53
CUX1P39880 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.36■■■■■ 4.53
CUX1P39880 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC43.36■■■■■ 4.53
CUX1P39880 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC43.36■■■■■ 4.53
CUX1P39880 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC43.34■■■■■ 4.53
CUX1P39880 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.34■■■■■ 4.53
CUX1P39880 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.34■■■■■ 4.53
CUX1P39880 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.33■■■■■ 4.53
CUX1P39880 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC43.32■■■■■ 4.52
CUX1P39880 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.31■■■■■ 4.52
CUX1P39880 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC43.31■■■■■ 4.52
CUX1P39880 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC43.3■■■■■ 4.52
CUX1P39880 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC43.3■■■■■ 4.52
CUX1P39880 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.29■■■■■ 4.52
CUX1P39880 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC43.28■■■■■ 4.52
CUX1P39880 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC43.28■■■■■ 4.52
CUX1P39880 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC43.27■■■■■ 4.52
CUX1P39880 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC43.26■■■■■ 4.52
CUX1P39880 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.26■■■■■ 4.52
CUX1P39880 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC43.23■■■■■ 4.51
CUX1P39880 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.22■■■■■ 4.51
CUX1P39880 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC43.22■■■■■ 4.51
CUX1P39880 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC43.22■■■■■ 4.51
CUX1P39880 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC43.22■■■■■ 4.51
CUX1P39880 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC43.22■■■■■ 4.51
CUX1P39880 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC43.21■■■■■ 4.51
CUX1P39880 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.21■■■■■ 4.51
CUX1P39880 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.21■■■■■ 4.51
CUX1P39880 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC43.2■■■■■ 4.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8.7 ms