Protein–RNA interactions for Protein: O95025

SEMA3D, Semaphorin-3D, humanhuman

Predictions only

Length 777 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SEMA3DO95025 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SEMA3DO95025 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SEMA3DO95025 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SEMA3DO95025 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SEMA3DO95025 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SEMA3DO95025 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SEMA3DO95025 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SEMA3DO95025 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SEMA3DO95025 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SEMA3DO95025 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SEMA3DO95025 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SEMA3DO95025 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SEMA3DO95025 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SEMA3DO95025 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SEMA3DO95025 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
SEMA3DO95025 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SEMA3DO95025 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SEMA3DO95025 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SEMA3DO95025 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SEMA3DO95025 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SEMA3DO95025 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SEMA3DO95025 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SEMA3DO95025 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SEMA3DO95025 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
SEMA3DO95025 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SEMA3DO95025 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SEMA3DO95025 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SEMA3DO95025 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SEMA3DO95025 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SEMA3DO95025 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SEMA3DO95025 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SEMA3DO95025 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SEMA3DO95025 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
SEMA3DO95025 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SEMA3DO95025 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SEMA3DO95025 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SEMA3DO95025 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SEMA3DO95025 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SEMA3DO95025 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SEMA3DO95025 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
SEMA3DO95025 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SEMA3DO95025 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SEMA3DO95025 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SEMA3DO95025 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SEMA3DO95025 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SEMA3DO95025 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
SEMA3DO95025 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SEMA3DO95025 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SEMA3DO95025 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SEMA3DO95025 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SEMA3DO95025 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SEMA3DO95025 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SEMA3DO95025 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SEMA3DO95025 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SEMA3DO95025 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SEMA3DO95025 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SEMA3DO95025 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SEMA3DO95025 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SEMA3DO95025 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SEMA3DO95025 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SEMA3DO95025 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SEMA3DO95025 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SEMA3DO95025 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
SEMA3DO95025 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SEMA3DO95025 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SEMA3DO95025 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SEMA3DO95025 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SEMA3DO95025 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SEMA3DO95025 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SEMA3DO95025 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SEMA3DO95025 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
SEMA3DO95025 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SEMA3DO95025 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SEMA3DO95025 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SEMA3DO95025 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SEMA3DO95025 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SEMA3DO95025 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SEMA3DO95025 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SEMA3DO95025 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SEMA3DO95025 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SEMA3DO95025 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.08■■□□□ 1.44
SEMA3DO95025 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.08■■□□□ 1.44
SEMA3DO95025 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SEMA3DO95025 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SEMA3DO95025 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SEMA3DO95025 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SEMA3DO95025 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SEMA3DO95025 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SEMA3DO95025 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SEMA3DO95025 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SEMA3DO95025 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SEMA3DO95025 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SEMA3DO95025 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SEMA3DO95025 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SEMA3DO95025 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SEMA3DO95025 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SEMA3DO95025 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SEMA3DO95025 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SEMA3DO95025 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SEMA3DO95025 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8.7 ms