Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC54Q8NEL0 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC54Q8NEL0 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC54Q8NEL0 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC54Q8NEL0 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC54Q8NEL0 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC54Q8NEL0 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC54Q8NEL0 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC54Q8NEL0 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC54Q8NEL0 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC54Q8NEL0 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC54Q8NEL0 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC54Q8NEL0 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC54Q8NEL0 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC54Q8NEL0 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC54Q8NEL0 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC54Q8NEL0 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC54Q8NEL0 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC54Q8NEL0 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC54Q8NEL0 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC54Q8NEL0 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC54Q8NEL0 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC54Q8NEL0 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC54Q8NEL0 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC54Q8NEL0 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC54Q8NEL0 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC54Q8NEL0 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC54Q8NEL0 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC54Q8NEL0 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC54Q8NEL0 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC54Q8NEL0 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC54Q8NEL0 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC54Q8NEL0 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC54Q8NEL0 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC54Q8NEL0 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC54Q8NEL0 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC54Q8NEL0 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC54Q8NEL0 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC54Q8NEL0 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC54Q8NEL0 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC54Q8NEL0 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC54Q8NEL0 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC54Q8NEL0 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC54Q8NEL0 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC54Q8NEL0 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC54Q8NEL0 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC54Q8NEL0 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC54Q8NEL0 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC54Q8NEL0 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC54Q8NEL0 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC54Q8NEL0 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC54Q8NEL0 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC54Q8NEL0 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC54Q8NEL0 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC54Q8NEL0 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC54Q8NEL0 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC54Q8NEL0 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC54Q8NEL0 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC54Q8NEL0 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC54Q8NEL0 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 124.8 ms