Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC26.64■■□□□ 1.86
COL4A3Q01955 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC26.64■■□□□ 1.85
COL4A3Q01955 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
COL4A3Q01955 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
COL4A3Q01955 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
COL4A3Q01955 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
COL4A3Q01955 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
COL4A3Q01955 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
COL4A3Q01955 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
COL4A3Q01955 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
COL4A3Q01955 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
COL4A3Q01955 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
COL4A3Q01955 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
COL4A3Q01955 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
COL4A3Q01955 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
COL4A3Q01955 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC26.6■■□□□ 1.85
COL4A3Q01955 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
COL4A3Q01955 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
COL4A3Q01955 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
COL4A3Q01955 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
COL4A3Q01955 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
COL4A3Q01955 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
COL4A3Q01955 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
COL4A3Q01955 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
COL4A3Q01955 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
COL4A3Q01955 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
COL4A3Q01955 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
COL4A3Q01955 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
COL4A3Q01955 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
COL4A3Q01955 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
COL4A3Q01955 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
COL4A3Q01955 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC26.56■■□□□ 1.84
COL4A3Q01955 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
COL4A3Q01955 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
COL4A3Q01955 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
COL4A3Q01955 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
COL4A3Q01955 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC26.54■■□□□ 1.84
COL4A3Q01955 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
COL4A3Q01955 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
COL4A3Q01955 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
COL4A3Q01955 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
COL4A3Q01955 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
COL4A3Q01955 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
COL4A3Q01955 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL4A3Q01955 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL4A3Q01955 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL4A3Q01955 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
COL4A3Q01955 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
COL4A3Q01955 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
COL4A3Q01955 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
COL4A3Q01955 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
COL4A3Q01955 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
COL4A3Q01955 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC26.5■■□□□ 1.83
COL4A3Q01955 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.49■■□□□ 1.83
COL4A3Q01955 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
COL4A3Q01955 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
COL4A3Q01955 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
COL4A3Q01955 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC26.48■■□□□ 1.83
COL4A3Q01955 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC26.48■■□□□ 1.83
COL4A3Q01955 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
COL4A3Q01955 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
COL4A3Q01955 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
COL4A3Q01955 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
COL4A3Q01955 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
COL4A3Q01955 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
COL4A3Q01955 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL4A3Q01955 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL4A3Q01955 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL4A3Q01955 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
COL4A3Q01955 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC26.45■■□□□ 1.82
COL4A3Q01955 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
COL4A3Q01955 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL4A3Q01955 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL4A3Q01955 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL4A3Q01955 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL4A3Q01955 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL4A3Q01955 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL4A3Q01955 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
COL4A3Q01955 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL4A3Q01955 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL4A3Q01955 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL4A3Q01955 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL4A3Q01955 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL4A3Q01955 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL4A3Q01955 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL4A3Q01955 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL4A3Q01955 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL4A3Q01955 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL4A3Q01955 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL4A3Q01955 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL4A3Q01955 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC26.39■■□□□ 1.82
COL4A3Q01955 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
COL4A3Q01955 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC26.39■■□□□ 1.82
COL4A3Q01955 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
COL4A3Q01955 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
COL4A3Q01955 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.81
COL4A3Q01955 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
COL4A3Q01955 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL4A3Q01955 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL4A3Q01955 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC26.37■■□□□ 1.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.2 ms