Protein–RNA interactions for Protein: P53618

COPB1, Coatomer subunit beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 953 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COPB1P53618 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
COPB1P53618 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
COPB1P53618 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
COPB1P53618 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
COPB1P53618 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
COPB1P53618 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
COPB1P53618 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
COPB1P53618 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC28.09■■■□□ 2.09
COPB1P53618 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
COPB1P53618 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
COPB1P53618 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
COPB1P53618 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
COPB1P53618 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC28.08■■■□□ 2.09
COPB1P53618 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
COPB1P53618 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
COPB1P53618 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
COPB1P53618 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
COPB1P53618 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
COPB1P53618 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
COPB1P53618 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
COPB1P53618 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
COPB1P53618 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
COPB1P53618 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
COPB1P53618 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
COPB1P53618 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
COPB1P53618 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC28.04■■■□□ 2.08
COPB1P53618 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
COPB1P53618 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
COPB1P53618 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
COPB1P53618 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
COPB1P53618 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
COPB1P53618 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
COPB1P53618 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
COPB1P53618 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
COPB1P53618 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC28.02■■■□□ 2.08
COPB1P53618 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
COPB1P53618 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
COPB1P53618 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
COPB1P53618 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
COPB1P53618 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
COPB1P53618 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
COPB1P53618 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
COPB1P53618 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
COPB1P53618 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC28■■■□□ 2.07
COPB1P53618 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC28■■■□□ 2.07
COPB1P53618 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
COPB1P53618 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
COPB1P53618 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
COPB1P53618 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
COPB1P53618 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COPB1P53618 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC27.98■■■□□ 2.07
COPB1P53618 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
COPB1P53618 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
COPB1P53618 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC27.97■■■□□ 2.07
COPB1P53618 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
COPB1P53618 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC27.96■■■□□ 2.07
COPB1P53618 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
COPB1P53618 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
COPB1P53618 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC27.95■■■□□ 2.06
COPB1P53618 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
COPB1P53618 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
COPB1P53618 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
COPB1P53618 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
COPB1P53618 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
COPB1P53618 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
COPB1P53618 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
COPB1P53618 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
COPB1P53618 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
COPB1P53618 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
COPB1P53618 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
COPB1P53618 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
COPB1P53618 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
COPB1P53618 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC27.9■■■□□ 2.06
COPB1P53618 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
COPB1P53618 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC27.9■■■□□ 2.06
COPB1P53618 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
COPB1P53618 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
COPB1P53618 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
COPB1P53618 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC27.89■■■□□ 2.06
COPB1P53618 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
COPB1P53618 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.05
COPB1P53618 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
COPB1P53618 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
COPB1P53618 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
COPB1P53618 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
COPB1P53618 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
COPB1P53618 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
COPB1P53618 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
COPB1P53618 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC27.88■■■□□ 2.05
COPB1P53618 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
COPB1P53618 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
COPB1P53618 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
COPB1P53618 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
COPB1P53618 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
COPB1P53618 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
COPB1P53618 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC27.84■■■□□ 2.05
COPB1P53618 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
COPB1P53618 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC27.84■■■□□ 2.05
COPB1P53618 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC27.84■■■□□ 2.05
COPB1P53618 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.2 ms