Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL4A3Q01955 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL4A3Q01955 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
COL4A3Q01955 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
COL4A3Q01955 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC27.01■■□□□ 1.91
COL4A3Q01955 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
COL4A3Q01955 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
COL4A3Q01955 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL4A3Q01955 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL4A3Q01955 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL4A3Q01955 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL4A3Q01955 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL4A3Q01955 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL4A3Q01955 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL4A3Q01955 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL4A3Q01955 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL4A3Q01955 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL4A3Q01955 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL4A3Q01955 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC26.98■■□□□ 1.91
COL4A3Q01955 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC26.97■■□□□ 1.91
COL4A3Q01955 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.91
COL4A3Q01955 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
COL4A3Q01955 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
COL4A3Q01955 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC26.95■■□□□ 1.91
COL4A3Q01955 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
COL4A3Q01955 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
COL4A3Q01955 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL4A3Q01955 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
COL4A3Q01955 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
COL4A3Q01955 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
COL4A3Q01955 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
COL4A3Q01955 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.9■■□□□ 1.9
COL4A3Q01955 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
COL4A3Q01955 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
COL4A3Q01955 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL4A3Q01955 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL4A3Q01955 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL4A3Q01955 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL4A3Q01955 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
COL4A3Q01955 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC26.87■■□□□ 1.89
COL4A3Q01955 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
COL4A3Q01955 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL4A3Q01955 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL4A3Q01955 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL4A3Q01955 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL4A3Q01955 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL4A3Q01955 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL4A3Q01955 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL4A3Q01955 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL4A3Q01955 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL4A3Q01955 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL4A3Q01955 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL4A3Q01955 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.88
COL4A3Q01955 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL4A3Q01955 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL4A3Q01955 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL4A3Q01955 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL4A3Q01955 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL4A3Q01955 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
COL4A3Q01955 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL4A3Q01955 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL4A3Q01955 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL4A3Q01955 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL4A3Q01955 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL4A3Q01955 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL4A3Q01955 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL4A3Q01955 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL4A3Q01955 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL4A3Q01955 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
COL4A3Q01955 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC26.75■■□□□ 1.87
COL4A3Q01955 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
COL4A3Q01955 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL4A3Q01955 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL4A3Q01955 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
COL4A3Q01955 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL4A3Q01955 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL4A3Q01955 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL4A3Q01955 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL4A3Q01955 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL4A3Q01955 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
COL4A3Q01955 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
COL4A3Q01955 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
COL4A3Q01955 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL4A3Q01955 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL4A3Q01955 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL4A3Q01955 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL4A3Q01955 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL4A3Q01955 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL4A3Q01955 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
COL4A3Q01955 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL4A3Q01955 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
COL4A3Q01955 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
COL4A3Q01955 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.66■■□□□ 1.86
COL4A3Q01955 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
COL4A3Q01955 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC26.66■■□□□ 1.86
COL4A3Q01955 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
COL4A3Q01955 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
COL4A3Q01955 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
COL4A3Q01955 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
COL4A3Q01955 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 115.8 ms