Protein–RNA interactions for Protein: O60663

LMX1B, LIM homeobox transcription factor 1-beta, humanhuman

Predictions only

Length 402 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMX1BO60663 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LMX1BO60663 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LMX1BO60663 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LMX1BO60663 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LMX1BO60663 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LMX1BO60663 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LMX1BO60663 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
LMX1BO60663 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LMX1BO60663 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LMX1BO60663 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LMX1BO60663 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LMX1BO60663 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LMX1BO60663 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LMX1BO60663 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LMX1BO60663 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LMX1BO60663 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LMX1BO60663 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
LMX1BO60663 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LMX1BO60663 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LMX1BO60663 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LMX1BO60663 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LMX1BO60663 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
LMX1BO60663 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LMX1BO60663 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
LMX1BO60663 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LMX1BO60663 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LMX1BO60663 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LMX1BO60663 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LMX1BO60663 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LMX1BO60663 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LMX1BO60663 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LMX1BO60663 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LMX1BO60663 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LMX1BO60663 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LMX1BO60663 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LMX1BO60663 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LMX1BO60663 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
LMX1BO60663 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LMX1BO60663 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LMX1BO60663 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LMX1BO60663 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LMX1BO60663 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LMX1BO60663 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LMX1BO60663 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
LMX1BO60663 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LMX1BO60663 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LMX1BO60663 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LMX1BO60663 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LMX1BO60663 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LMX1BO60663 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LMX1BO60663 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LMX1BO60663 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LMX1BO60663 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LMX1BO60663 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LMX1BO60663 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LMX1BO60663 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LMX1BO60663 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LMX1BO60663 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LMX1BO60663 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LMX1BO60663 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LMX1BO60663 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LMX1BO60663 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LMX1BO60663 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LMX1BO60663 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LMX1BO60663 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LMX1BO60663 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LMX1BO60663 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
LMX1BO60663 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LMX1BO60663 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
LMX1BO60663 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LMX1BO60663 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LMX1BO60663 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LMX1BO60663 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LMX1BO60663 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LMX1BO60663 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LMX1BO60663 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LMX1BO60663 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LMX1BO60663 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LMX1BO60663 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LMX1BO60663 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LMX1BO60663 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LMX1BO60663 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
LMX1BO60663 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LMX1BO60663 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LMX1BO60663 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LMX1BO60663 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LMX1BO60663 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LMX1BO60663 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LMX1BO60663 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LMX1BO60663 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LMX1BO60663 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LMX1BO60663 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LMX1BO60663 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LMX1BO60663 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LMX1BO60663 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LMX1BO60663 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LMX1BO60663 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LMX1BO60663 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LMX1BO60663 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LMX1BO60663 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.8 ms