Protein–RNA interactions for Protein: Q8N205

SYNE4, Nesprin-4, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE4Q8N205 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SYNE4Q8N205 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SYNE4Q8N205 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SYNE4Q8N205 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SYNE4Q8N205 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SYNE4Q8N205 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SYNE4Q8N205 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SYNE4Q8N205 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SYNE4Q8N205 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SYNE4Q8N205 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SYNE4Q8N205 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SYNE4Q8N205 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SYNE4Q8N205 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SYNE4Q8N205 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SYNE4Q8N205 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.5 ms