Protein–RNA interactions for Protein: Q8N205

SYNE4, Nesprin-4, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE4Q8N205 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 AC012618.2-201ENST00000428058 849 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SYNE4Q8N205 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 99.5 ms