Protein–RNA interactions for Protein: H3BMG3

SMKR1, Small lysine-rich protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 65 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMKR1H3BMG3 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SMKR1H3BMG3 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SMKR1H3BMG3 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SMKR1H3BMG3 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
SMKR1H3BMG3 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SMKR1H3BMG3 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
SMKR1H3BMG3 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
SMKR1H3BMG3 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
SMKR1H3BMG3 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
SMKR1H3BMG3 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
SMKR1H3BMG3 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
SMKR1H3BMG3 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
SMKR1H3BMG3 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
SMKR1H3BMG3 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
SMKR1H3BMG3 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SMKR1H3BMG3 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SMKR1H3BMG3 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SMKR1H3BMG3 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SMKR1H3BMG3 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SMKR1H3BMG3 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
SMKR1H3BMG3 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SMKR1H3BMG3 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
SMKR1H3BMG3 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
SMKR1H3BMG3 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SMKR1H3BMG3 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SMKR1H3BMG3 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SMKR1H3BMG3 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SMKR1H3BMG3 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SMKR1H3BMG3 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SMKR1H3BMG3 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
SMKR1H3BMG3 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
SMKR1H3BMG3 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
SMKR1H3BMG3 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
SMKR1H3BMG3 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
SMKR1H3BMG3 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
SMKR1H3BMG3 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC19.05■□□□□ 0.64
SMKR1H3BMG3 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
SMKR1H3BMG3 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
SMKR1H3BMG3 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
SMKR1H3BMG3 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
SMKR1H3BMG3 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
SMKR1H3BMG3 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
SMKR1H3BMG3 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
SMKR1H3BMG3 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
SMKR1H3BMG3 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
SMKR1H3BMG3 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
SMKR1H3BMG3 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
SMKR1H3BMG3 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
SMKR1H3BMG3 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
SMKR1H3BMG3 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
SMKR1H3BMG3 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
SMKR1H3BMG3 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
SMKR1H3BMG3 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
SMKR1H3BMG3 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
SMKR1H3BMG3 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
SMKR1H3BMG3 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
SMKR1H3BMG3 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
SMKR1H3BMG3 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
SMKR1H3BMG3 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
SMKR1H3BMG3 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
SMKR1H3BMG3 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
SMKR1H3BMG3 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
SMKR1H3BMG3 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
SMKR1H3BMG3 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
SMKR1H3BMG3 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
SMKR1H3BMG3 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
SMKR1H3BMG3 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
SMKR1H3BMG3 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
SMKR1H3BMG3 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
SMKR1H3BMG3 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
SMKR1H3BMG3 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC18.97■□□□□ 0.63
SMKR1H3BMG3 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
SMKR1H3BMG3 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
SMKR1H3BMG3 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
SMKR1H3BMG3 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
SMKR1H3BMG3 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
SMKR1H3BMG3 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC18.96■□□□□ 0.63
SMKR1H3BMG3 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
SMKR1H3BMG3 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC18.96■□□□□ 0.63
SMKR1H3BMG3 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SMKR1H3BMG3 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SMKR1H3BMG3 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SMKR1H3BMG3 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SMKR1H3BMG3 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SMKR1H3BMG3 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SMKR1H3BMG3 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SMKR1H3BMG3 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SMKR1H3BMG3 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
SMKR1H3BMG3 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SMKR1H3BMG3 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
SMKR1H3BMG3 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
SMKR1H3BMG3 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
SMKR1H3BMG3 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
SMKR1H3BMG3 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
SMKR1H3BMG3 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
SMKR1H3BMG3 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
SMKR1H3BMG3 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
SMKR1H3BMG3 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
SMKR1H3BMG3 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
SMKR1H3BMG3 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC18.88■□□□□ 0.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 112.4 ms