Protein–RNA interactions for Protein: P53618

COPB1, Coatomer subunit beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 953 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COPB1P53618 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
COPB1P53618 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
COPB1P53618 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
COPB1P53618 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
COPB1P53618 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
COPB1P53618 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COPB1P53618 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COPB1P53618 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COPB1P53618 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COPB1P53618 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
COPB1P53618 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COPB1P53618 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COPB1P53618 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COPB1P53618 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
COPB1P53618 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
COPB1P53618 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
COPB1P53618 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COPB1P53618 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COPB1P53618 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COPB1P53618 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COPB1P53618 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COPB1P53618 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COPB1P53618 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COPB1P53618 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COPB1P53618 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
COPB1P53618 NFIB-207ENST00000397579 3129 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COPB1P53618 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COPB1P53618 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COPB1P53618 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COPB1P53618 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COPB1P53618 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COPB1P53618 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COPB1P53618 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COPB1P53618 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COPB1P53618 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COPB1P53618 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COPB1P53618 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COPB1P53618 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COPB1P53618 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COPB1P53618 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
COPB1P53618 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
COPB1P53618 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
COPB1P53618 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COPB1P53618 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COPB1P53618 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COPB1P53618 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COPB1P53618 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COPB1P53618 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COPB1P53618 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COPB1P53618 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
COPB1P53618 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COPB1P53618 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COPB1P53618 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COPB1P53618 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
COPB1P53618 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COPB1P53618 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COPB1P53618 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COPB1P53618 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COPB1P53618 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COPB1P53618 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COPB1P53618 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COPB1P53618 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COPB1P53618 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COPB1P53618 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COPB1P53618 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COPB1P53618 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COPB1P53618 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COPB1P53618 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COPB1P53618 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COPB1P53618 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COPB1P53618 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COPB1P53618 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COPB1P53618 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COPB1P53618 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COPB1P53618 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COPB1P53618 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COPB1P53618 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COPB1P53618 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COPB1P53618 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COPB1P53618 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COPB1P53618 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COPB1P53618 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COPB1P53618 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COPB1P53618 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COPB1P53618 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
COPB1P53618 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COPB1P53618 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COPB1P53618 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COPB1P53618 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COPB1P53618 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COPB1P53618 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COPB1P53618 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COPB1P53618 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COPB1P53618 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COPB1P53618 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COPB1P53618 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COPB1P53618 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COPB1P53618 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COPB1P53618 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COPB1P53618 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.2 ms